Este conjunto fue construido por los frailes franciscanos en el siglo XVI, sobre un basamento prehispánico. En un tiempo fue adaptado para albergar a un cuartel militar. El templo conserva piedras talladas con motivos fitomorfos adosados a los muros. La actual casa cural, que ocupa lo que fue el convento, posee salones que se utilizan para diversas actividades.

Ante el notario Licenciado Horacio Aguilar Álvarez de Alba, en la notaría pública no. 39 en Tlalnepantla, Estado de México con fecha de 1999, se realiza el protocolo del certificado de Registro Constitutivo de “Santa Martha Iztapalapa, D.F.” como Asociación Religiosa que la define como una división interna de la Arquidiócesis primada de México.

Por lo que respecta al convento, se empezó a construir en 1608, se secularizó en 1770, estuvo a cargo del cura interino de Mexicaltzingo (junto con Los Reyes, La Paz) hasta que se agregó al partido de Iztapalapa en mayo de 1772. Actualmente alberga a la casa cural y las oficinas parroquiales.

Se tiene registro de las siguientes intervenciones:

2002: Ampliación de dos niveles en el convento para casa de retiro con una altura máxima de nueve metros.

2003: Se construye un muro de contención a base de piedra braza y concreto armado con una separación de tres metros con respecto al muro trastero del Templo, para evitar los deslaves o desplazamientos de la nave del templo por su propio peso.