De acuerdo con la relación del encomendero Antonio Méndez, Tihosuco tenía una iglesia labrada en cal y canto, con retablos al óleo, sacristía, campana, ornamentos de cáliz y patena de plata, una cruz dorada con mangas de terciopelo bordadas en oro y seda, frontales de Damasco de Castilla, entre otros. Oficiaban misa un sacristán, cantores y monaguillos. Algunos historiadores señalan que el santo venerado era San Agustín.

Posteriormente, a finales del siglo XVIII, con el auge proporcionado por la agricultura y al activo comercio de contrabando que se ejercía a través de Bacalar y el puerto de Vigía Chico, Tihosuco se convirtió en un pueblo prospero, cuyo auge vendría a recaer de igual forma sobre su templo principal y sus anexos; así, el templo pasó a contar con una nave de grandes proporciones, sostenida por arcos y rollizos; un altar que ha sido descrito como bellamente ornamentado; tenía esculturas de madera colocadas en nichos tallados también en madera y pintados en oro; baptisterio, considerado una joya artística; pila bautismal y coro. En el interior de la pared izquierda, todavía se aprecia un oculto paso de ronda, se trata de un pasillo estrecho que tiene mirillas a lo largo de la pared, que sin duda fueron utilizadas para la vigilancia del pueblo y más adelante para el disparo de armas. El frontispicio estaba delimitado por columnas empotradas, en cuyos espacios debieron colocarse esculturas religiosas. Es probable que originalmente haya tenido dos campanarios. Las paredes de la iglesia remataban en una sucesión de almenas, a manera de torrecillas.

La Guerra de Castas inició en 1847 y duró más de 50 años, en los que la población fue atacada en diversas ocasiones, llevando a su posterior abandono. Es durante esta etapa en la que la fachada principal es destruida por una explosión mediante la cual los mayas lograron ingresar a la iglesia debido a que la población blanca se había refugiado en ella.

En 1932, casi un año después del inicio del movimiento, un grupo de personas provenientes de poblados yucatecos como Dzinup, Chichimilá, Ebtun, Tekon y Tixcacalcupul arribaron en busca de mejores tierras; ellos iniciaron la limpieza del pueblo y ocuparon las ruinas de las casas dentro de las cuales construyeron chozas a la usanza tradicional. Parte de los restos de las viejas casonas cedieron sus piedras labradas para reconstruir el piso de la iglesia en la década de 1980.”
El programa Solidaridad, propio del gobierno de Carlos Salinas de Gortari, realizó una serie de intervenciones en el poblado, entre las que se encuentra la inauguración del Museo de la Guerra de Castas; posiblemente, durante esta etapa, el templo contó con diversas restauraciones (Xacur 1998).