En el claustro se ubica el Museo de arte religioso, con imágenes de madera tallada como el trío formado por Santa Ana, la Virgen María y el Niño Jesús, y un Cristo de pasta de maíz. En las paredes quedan restos de pinturas murales, destacando imágenes como la Anunciación, rodeada de los símbolos prehispánicos del jaguar y el águila. También alguna curiosidad como un colmillo de mamut fosilizado.

El Museo también dedica un espacio a la historia del lugar. Cuauhtinchan fue un importante centro cultural prehispánico; en esta población se elaboraron los códices que han facilitado la reconstrucción de la historia de Mesoamérica durante siglos.