El poderoso señorío indígena de la región centro sur del estado de Puebla se convirtió al cristianismo entre 1527 pero fue hasta 1534 cuando se construyó la primera iglesia. Esta se sustituyó hacia 1590 cuando se construyó el actual templo y el convento franciscano. Durante el siglo XVII se construye el templo de San Juan Bautista con la lucha del poder entre el clero regular al clero secular, mismo al que en el siglo XVIII se le da el título y rango de Parroquia obedeciendo a los nuevos estatutos de administración y control de la población.

El conjunto está compuesto por un atrio, el templo, el convento, el portal de los peregrinos, la huerta y el cementerio, los cuales desplantan sobre una gran plataforma natural.

Fue diseñado por el arquitecto español Francisco Becerra, en un estilo renacentista y fue terminado en 1590.

Del año 1570, es el retablo de muro testero más antiguo de América, atribuido al pintor flamenco Simón Pereyns y a "Luis de Arciniega, escultor. Terminado entre los años 1595 y 1597, pasó a ser propiedad del convento de Tepeaca, pero por no tener un espacio suficiente, fue enviado a Cuautinchán y colocado entre los años 1601 y 1605" (AHCNMH, 1960: f. 6)

Por el traslado, el retablo sufrió muchos daños y fue retocado por el pintor Juan Arrué.

"El conjunto está orientado al poniente, se compone de un atrio que conserva restos del acceso principal sobre la esquina surponiente así, como un portal de acceso compuesto por tres arcos de medio punto. La barda perimetral que delimita el atrio se encuentra rematada por almenas y en el lado poniente tiene unos vanos de ventana con arco rebajados o escarzanos; en las esquinas de el atrio existen vestigios de las capillas posas como nichos y restos de cubiertas. Los corredores del atrio son a base de ladrillo. En el lado oriente se encuentra el templo orientado al poniente. En el lado sur se ubica el portal de peregrinos, el claustro compuesto de un patio central y crujías alrededor, dos aljibes o cisternas, un estanque y un horno destinado a la fabricación de tabique. En el lado norte se aprecian algunos monumentos funerarios y en el lado oriente un acceso posterior. El inmueble presenta grietas, hongo, humedad, vegetacion parásita y desprendimiento del aplanado y material en los muros. El estado general de conservación es malo" (CNMH, 1999)

Para efectos de organización del Catálogo de Monumentos Históricos Inmuebles se ha optado por integrar a la ficha de Conjunto elementos que por si mismos ya estaban catalogados individualmente, como los son: el aljibe, con clave 210400010011; el estanque con clave 210400010012 y el horno con clave 210400010013.