Las noticias que se tienen de este convento son que fue terminado en 1619 [Ortiz Lajous, 1991, p.p. 107-109], pero desde 1608 estuvo ocupado por los frailes. En 1623 se erigió en universidad [Gay, 1978, p. 192], y "...en 1669 se acabó todo el segundo patio, con celdas, y dormitorios altos, y oficinas bajas..."[Burgoa, 1934, p. 31]. Desde antes de la exclaustración, en el convento ocurrieron algunos eventos ajenos al culto, como el consejo de guerra en contra de Vicente Guerrero, realizado en la sala de Profundis. [Larumbe, 1991, p. 22].

El conjunto fue el asiento del batallón de Oaxaca y también sirvió de cárcel. Entre 1812 y 1876 el convento sufrió 23 ocupaciones militares de diversas fracciones [Zeller, 1995, p.123]. En 1898 el templo fue devuelto al culto, habiendo estado cerrado desde 1866, pero el resto del conjunto permaneció parcialmente en manos del ejército, hasta 1994.

Durante el gobierno del presidente Adolfo López Mateos se emitió un decreto otorgando el uso del claustro a la Universidad de Oaxaca; en vista de que a esta institución no le interesó, le cedió el uso al Instituto Nacional de Antropología e Historia para alojar un museo [Ortiz, 1991, p130]. Entre 1962 y 1974 se llevó a cabo una extensa restauración del convento, se convirtió en museo la zona junto al claustro principal y se rescató el atrio [Urquiaga, 1997, p. 458].

"El 25 de Enero de 1994 entregaron las autoridades militares el conjunto de Santo Domingo, iniciándose de inmediato las obras de limpieza, consolidación y demolición de las instalaciones recientes que había construido el ejército, con fondos del Gobierno del Estado. La restauración del histórico exconvento, la inició el INAH el mes de abril del mismo año cuando se empezaron a obtener los primeros resultados de las calas arqueológicas. Las obras en el edificio del Ex-cuartel de Caballería quedaron a cargo del Gobierno del Estado" [Zeller, 1995, p77].

Las calas arqueológicas fueron llevadas a cabo por Enrique Fernández; el director del proyecto fue Juan Urquiaga y Enrique Lastra de Wit; la restauración de la pintura mural corrió a cargo del Centro Nacional de Restauración de Churubusco y los estucos fueron hechos por el taller Restauro a cargo de Manuel Serrano [Urquiaga, 1997, p.460].

Actualmente en el convento se ubica el Museo Regional de Oaxaca, la Biblioteca Francisco de Burgoa, las oficinas del Instituto Oaxaqueño de las Culturas, una hemeroteca y un jardín botánico.

En vista de la importancia y complejidad de este conjunto, a continuación se proporcionan los datos de algunas de sus principales dependencias:

Claustro de procesiones: Se encuentra al norte del templo y es muy amplio; debido a los temblores, tuvo que ser reconstruido dos veces en el siglo XVII; en las columnas se hallan pintados santos dominicos, probablemente del siglo XVIII. De los cuatro lados del claustro de Procesiones, el del sur corresponde a la iglesia; el del oriente era el comedor o refectorio; en la esquina noreste se ubicaba la cocina haciendo ángulo con el comedor, a sus espaldas estaba la despensa del convento y al frente de la misma se encontraba el comedor de los huéspedes y enfermos. El lado norte correspondía a la sala de Profundis; y en el oeste se ubicaba la sala Capitular o Capítulo [Arroyo, 1955, p.p. 51].

Escalera: La escalera monumental fue construida bajo la dirección de fray Pedro de la Cueva (Burgos, 1989, p.335) En la parte superior remata con tres arcos de cantera labrada y un balcón en el centro. La bóveda del cubo de la escalera tenía en la clave a santo Domingo rodeado de los santos de la orden. En las paredes se hallaban pinturas con escenas de la vida de santo Domingo y otros santos [Arroyo, 1955 p. 48].

Sala de Dómina: Esta sala se encuentra ubicada en el primer nivel, junto a la entrada del coro; era "...toda de artesonería dorada, en medio de la clave una imagen de la Purísima Concepción de media talla... más bajo los cuatro evangelistas con sus jeroglíficos de animales..." [Burgoa, 1934, p.206] El retablo principal de esta capilla "Era de cuatro metros de alto y representaba a nuestra Madre de Misericordia sentada en un trono majestuoso, con su Hijo en los brazos, y a nuestro Padre Santo Domingo y Santa Catalina, de rodillas, a sus lados. Completaban el retablo, santos y santas de nuestra Orden." [Arroyo, 1955, p.50].

Enfermería: La enfermería, situada al oriente de la iglesia alrededor de un patio ajardinado, contaba con dos dormitorios y celdas más amplias, cubriendo todo el cuadrángulo; tenía su propio oratorio donde se celebraba misa para los enfermos (Burgoa, 1934, p.206). "La botica del convento era la mejor de la ciudad: tenía médico fijo... cirujano... y el hermano enfermero..."[Arroyo, 1955, p. 57].

Noviciado: El noviciado o casa de novicios está situado al poniente; también forma un cuadrángulo, con celdas, situadas al oriente y occidente. Al final del pasillo se encuentra una escalera que da acceso al patio de lavado y a través de él, a la huerta [Arroyo, 1955, p. 59].

Oratorio del Noviciado: "Inmediato a la puerta del noviciado que comunica con el convento está el oratorio grande de los coristas. Es un relicario por su adorno, nos dice Burgoa. Tiene un retablo de lienzos devotísimos de la Pasión, en cuyo remate hay un Santo Crucifijo milagroso, y al pie, una imagen de Nuestra Señora. En este oratorio tenían al Santísimo Sacramento, alumbrado por una lámpara de plata. Junto al altar está la imagen de Santa Catalina de Sena..."[Arroyo, 1995, p.60].

Patio con lavaderos: En la parte posterior se encuentra otro patio con un gran lavadero techado. Cerca de éste estaba una habitación destinada al secado de la ropa en época de lluvias. Este patio se comunicaba con la huerta. [Burgoa, 1934, p.209].
Huerta: La huerta del convento era muy grande, cubría más de la cuarta parte del conjunto, ya que de ella se sustentaba la comunidad conventual. Los frailes no comían carne debido a su regla y el consumo de pescado era infrecuente por la distancia a la que se encuentra Oaxaca del mar [Arroyo, p.61].

Hospedería: En los conventos dominicos hay un padre encargado de recibir a los huéspedes; para que éstos no interfirieran con la vida del convento eran hospedados en una sala aparte. Es posible que la hospedería del convento se hallase situada "...en el pabellón que parte del primer tramo de la escalera del convento.” [Arroyo, 1955, p. 53].

Biblioteca: Arroyo (1955) indica que desconoce el sitio donde se ubicaba la biblioteca, pero en 1858 fue calificada de la siguiente manera por el gobernador José María Díaz Ordaz: "La de Santo Domingo que, sin duda es la mejor del Estado, por su magnificencia y abundancia de sus libros, en el día de hoy no sirve más que como un monumento de lo que fue la ilustración y buen gusto de los religiosos de otro tiempo." [p.54].

Durante la exclaustración varios manuscritos y obras de la biblioteca desaparecieron; posteriormente fue trasladada al Instituto de Ciencias y Artes del Estado y actualmente está integrada a la del estado. En la actualidad, los libros recuperados han regresado a Santo Domingo y se ubican en la llamada Biblioteca Francisco de Burgoa.

El Ex-Convento de Santo Domingo alberga el Centro Cultural de Santo Domingo conformado por la biblioteca Fray Francisco de Burgoa y el Museo de las Culturas de Oaxaca con una importante colección museística integrada por objetos históricos del estado de Oaxaca.

Investigación inicial: V. Icaza, P. Legorreta.
Redacción: P. Legorreta.

Actualización: Guillermo Analco Reyes.