El fuerte de San José se levantó sobre la serranía conocida como Vigía Vieja, bajo el diseño original del ingeniero militar Agustín Crame y las modificaciones del ingeniero Juan José de León. El monumento –abandonado a finales del siglo XIX– forma parte de las seis últimas defensas construidas en la segunda mitad del siglo XVIII. Esta construcción militar contaba con dos auxiliares menores denominadas Baterías de Costa: San Matías y San Lucas. Ambas cruzaban sus fuegos para defender las costas de barlovento, las de menores posibilidades de desembarco, aunque también sufrió algún ataque pirata.

De acuerdo con una inscripción que se conserva en la portada, el inmueble se erigió por instrucciones del teniente José Sabido de Vargas que ocupó el cargo entre 1784 y 1793. Años después, se observa este reducto a través de un plano elaborado en 1799 por Juan José de León, en donde se determina que su superficie es de 1,828.79 metros. Fue concluido el 9 de agosto de 1792.

A fines del siglo XIX, al aproximarse las tropas del ejército centralista enviadas por Antonio López de Santa Anna para sitiar Campeche, durante la separación de Yucatán respecto de México en 1842, se ordenó la demolición parcial de San José el Alto, inutilizándolo junto con la batería de San Matías. Además, el Fuerte de San José el Alto fue intervenido en 1971 y en 1988 por el INAH y el Gobierno del Estado. Se reconstruyeron techos y consolidaron muros. Posteriormente el edificio fue utilizado como bodega de material prehispánico y colonial, resultado de las investigaciones arqueológicas realizadas por el Centro INAH en el Estado.

Luego, el 9 de febrero de 1995 se abrió al público una de las salas del Fuerte exhibiendo una maqueta del recinto amurallado de la ciudad de Campeche, así como los retratos de algunos de los piratas que asaltaron la plaza durante el periodo Virreinal. En la actualidad alberga al Museo Histórico de San José el Alto.