Este inmueble es un ejemplo significativo de la arquitectura militar de Campeche. Fue utilizado principalmente en las luchas en las que se vio inmersa la ciudad de Campeche a lo largo del siglo XIX.

Con la finalidad de reforzar la defensa de la villa de San Francisco de Campeche, se inició la construcción del reducto de San Miguel, gracias al proyecto presentado por el ingeniero Agustín Crame en 1779. Una vez construido, fue modificada su traza original por el Coronel de Ingenieros, Juan José de León, quien en 1801, incluyó dos pequeños baluartes que sobresalían en el lado de tierra con el fin de proteger la puerta.

San Miguel se localiza en el cerro conocido desde la época colonial como de Bellavista, cerca de donde se ubicó una hacienda con el mismo nombre. Existen datos que indican que en el mismo sitio se alzó una batería provisional ordenada por el entonces brigadier de los reales ejércitos D. Antonio Oliver, quien en 1771 comunicó al rey de España que la plaza de Campeche era indefendible, por lo que era necesario cambiar la estrategia defensiva de la ciudad, asegurando a la población ya no desde sus muros, sino con obras exteriores situadas hacia las zonas de mayor peligro, creando así baterías donde se agruparían un determinado número de cañones y reductos.

En 1776 él mismo informaba al ministro de Indias, don José de Galves, que había mandado construir “una batería provisional a un cuarto de legua de la plaza, guarnecida por doce cañones de 24.

Al concluirse los trabajos de modificación, que le dieron su aspecto definitivo, se realizó una ceremonia de entrega, en donde fue colocado un escudo de armas en el tímpano del frontón de la portada, mismo que fue destruido después de la independencia, probablemente en 1822 y también se concluyó el glacis y el escarpado del reducto.

El presidente Antonio López de Santa Anna instaló en este espacio su cuartel cuando atacó a Campeche en 1842.

En el siglo XX, de 1925 a finales de los 50s, el edificio fue utilizado como unidad habitacional de las familias del ejército federal, después quedó en el abandono durante más de 10 años. En 1963 se rehabilitó el edificio para instalar el Museo de Armas y Marinería, para 1978 su colección fue sustituida dando paso a la inauguración del Museo de Arqueología Maya. En 1999 se lleva a cabo una intervención del inmueble, de su mobiliario museográfico y se enriqueció su colección con piezas procedentes de las diversas zonas arqueológicas del estado.

Se reinauguró con el nombre de Museo de Arqueología Maya, Fuerte de San Miguel o también conocido como Museo Arqueológico de Campeche Fuerte de San Miguel.