Por iniciativa de fray Francisco de Torantos el convento de San Bernardino fue fundado en 1592 teniendo como protector a don Antonio Verrú Bravo minero de Taxco. Tres años después se comenzó a construir colocándose la primera piedra el 5 de abril de 1595; su dedicación tuvo lugar el 30 de agosto de 1627. A mediados del siglo XVII la jurisdicción del convento abarcaba poblaciones como Tonatico, Ixtapa, Tecualoya, Malinalco, Cuautlán y otras. (Toussaint 1931 : 159-160)
Entre 1753 y 1787 el conjunto sufrió varias transformaciones, se enlosó el nuevo cementerio y fue bardeado con una cerca de 40 varas de largo por cuatro de ancho; se colocó en el tabernáculo del antepecho la imagen de la Virgen de Belén; se ubicó entre las dos torres la figura en piedra de Santa Prisca, que estaba en la parroquia antigua; se forraron con tablones nuevos las dos puertas del templo y al final de ese período se techó de nuevo el templo con tejamaniles y latas, empleando clavos de Xochimilco. (Toussaint 1931 : 160-165)
El 28 de marzo de 1805 un terrible incendió acabó con la mayor parte del conjunto conventual, del templo fueron destruidos los colaterales y muchas imágenes entre ellas la de San Bernardino. En los primeros años de la lucha por la Independencia, los trabajos de restauración continuaron si bien, lentamente; se construyeron entonces un dormitorio y se blanquearon las demás piezas.
El 31 de julio de 1823 se cantó la primera misa en el nuevo templo y hacia 1839 se hizo un nuevo cementerio bardeándolo de nuevo. En este convento estuvo alojado don Agustín Iturbide quien concertó con el guardián Fr. Agustín León Leal los preliminares de la entrevista con Vicente Guerrero, que culminó con el famoso abrazo de Acatempan dando fin así a la guerra de Independencia. (Toussaint 1931 : 167)
Con el propósito de establecer una escuela, el convento fue casi demolido en 1909. La capilla de San Antonio, localizada junto a la portería, despareció por completo. (Toussaint 1931 : 168)
Fue declarado monumento el 24 de agosto de 1935.
Trabajos de mantenimiento y restauración de fachada en 2003. Restauración en cúpula y consolidación de grietas 2001.