En la fachada del templo se encuentra una placa que indica que en el predio en el que se encuentra el inmueble en 1522, se estableció el fuerte de las atarazanas, que se mandaron edificar por órdenes de Hernán Cortés para albergar y dar mantenimiento a los bergantines construidos en Tlaxcala y utilizados en el sitio a Tenochtitlan; este sitio también fungió como cárcel; ahí es donde Pedro de Alvarado permaneció preso, mientras Cortés viajó a la Hibueras.

El templo fue un anexo del Hospital de San Lázaro, el segundo hospital fundado por Hernán Cortés en la ciudad de México, el cual era para los enfermos de lepra y llevó el nombre del santo que los protegía, San Lázaro. Se desconoce la fecha exacta, pero se tienen registros que para 1528 ya estaba funcionando, así que su fundación debió ocurrir entre 1521 y 1524. El establecimiento del leprosario se hizo a las afueras de la ciudad, siguiendo las leyes de la época, para evitar que el aire llevase los gérmenes a la ciudad (Muriel 1990: 51).

Con la llegada de los conquistadores, diversas epidemias azotaron la Nueva España. Las enfermedades del viejo continente, sumadas a las del nuevo, dieron resultados trágicos. Muchos factores se conjugaron para que murieran millares de personas, y la situación se agravaba más por la falta de albergues definitivos. Como solución a esta problemática, se llevó a cabo la idea cristiana en América de los hospitales, que nacen en este continente con características muy semejantes a los de la Edad Media, pero también con ideas del mundo moderno (Muriel 1990: 33).

Con la creación de hospitales en la Nueva España, se buscaba que fueran instituciones de categoría como las de aquel tiempo las de España, procurando vincularlas con ellas, es así que al hospital de San Lázaro el rey le concedió que gozase los mismos privilegios que el hospital de San Lázaro de Sevilla (Muriel 1990: 35).

Según los datos recabados por José María Marroquí, el hospital contaba con una ermita dedicada a San Lázaro (1969: 94). En 1528, Nuño de Guzmán mandó destruir este hospital con la justificación de que estaba muy cercano al acueducto que conducía el agua potable de Chapultepec a la ciudad y que los enfermos tomaban agua de ahí mismo y la infectaban (Rosell 1938: 10) (Sánchez 2010: 82), en el libro de Marroquí se hace referencia a que en el predio se levantaron “suntuosos aposentos” de Guzmán, con mano de obra de indígena; y que ello provocó la indignación de Zumárraga y los franciscanos, quienes escribieron al rey el 27 de agosto de 1529, protestando y pidiendo que Nuño de Guzmán entregara la nueva casa con cercado y huerta para que volviese a ser iglesia y Hospital de San Lázaro (Marroqui 1969: 95). A partir de la destrucción, San Lázaro se quedó sin ermita y los enfermos de lepra, se quedaron sin un lugar de atención fijo cerca de medio siglo (Muriel 1990: 52).

En 1571 se presentó ante el virrey, el doctor español Pedro López a quien el 21 de agosto ese año se le dio la licencia de la fundación del hospital para leprosos y se estableció que el ayuntamiento iba a donar el solar para su establecimiento. El nuevo hospital de San Lázaro abrió sus puertas en 1572; durante este tiempo el hospital ganó fama de que los pacientes eran atendidos eficazmente, bajo el amparo y cuidado personal del doctor (Muriel 1990: 252) además, como un medio para proteger el alma de los enfermos, se edificó una iglesia donde se colocó la imagen de San Roque.

El doctor López mantuvo la casa hasta su muerte en 1596, y por testamento quedó estipulado que quedaba bajo el mando de sus hijos. La vida del hospital continuó por un siglo más, bajo el mando de la familia del doctor López, pero al iniciarse el siglo XVIII se le empezó a descuidar y quedó en ruinas. Ante las condiciones, el entonces juez de hospitales, Manuel de Olivan, les planteó a los patronos reconstruir el templo, o en su caso renunciar a sus derechos, quienes aceptaron la segunda opción y les cedieron los derechos a los hermanos de San Juan de Dios en 1721 (juaninos) (Muriel 1990: 252).

En 1572 se realizaron obras de restauración y reconstrucción en el hospital y en el templo, por el bachiller Buenaventura de Medina. En cuanto al recinto religioso “procuró su arreglo, compró ventanas, vidrieras, mando a hacer los retablos en las que se colocaron las imágenes protectoras que existían desde la fundación del hospital” (San Roque, San Lázaro y Nuestra Señora de la Bala). “Entre aquellos altares barrocos resaltaban dos bellas pinturas, una de Nuestra Señora de Guadalupe, que se halla en el altar mayor y otra de Nuestra Señora de los Dolores, en un colateral. El camarín de Nuestra Señora de la Bala, se hallaba decorado con pinturas de Nicolás Rodríguez Juárez” (Muriel 1990: 253). La construcción de esta iglesia duró siete años, fue dedicada el 8 de cada mes.

Para 1803 el templo quedó cuarteado, y se desplomó el cimborrio a causa de un sismo; entonces se suprimieron el crucero, el cimborrio y el camarín. La reconstrucción estuvo a cargo del arquitecto Ignacio Castera y se dedicó y bendijo por tercera ocasión el 28 de marzo de aquel año.

A causa del decreto de las Cortes Españolas que suprimió las religiones hospitalarias, en 1820 el hospital dejó de estar a cargo de los juaninos y pasó a estar bajo la administración del ayuntamiento (Rosell 1938:10). En 1857 el hospital de San Lázaro fue desamortizado, la institución se clausuró en 1862 y los enfermos fueron trasladados al hospital de San Pablo.

Se tienen noticias del templo durante la época de la Reforma, en la que se menciona que “La iglesia, el camarín de Nuestra Señora de la Bala y el edificio del hospital importaron 75, 175 pesos. Todo esto fue hecho por el padre Buenaventura Picazo, para que anualmente se le hiciera a la Santísima Virgen, una solemne función y se le dijera una misa el día ocho de cada mes" (Alfaro 1863:120).

Más tarde la Virgen de la Bala fue trasladada a un templo de Iztapalapa en la Ciudad de México, por lo que el inmueble fue abandonado. Entre 1882 y 1890 el templo se vendió a particulares sirviendo a lo largo del tiempo como almacén, bodega, zona de depósitos de escombros, empacadora de conservas, fábrica de hielo, de vidrio y ladrillo. Hacia 1920, el inmueble fue abandonado.

El 9 de febrero de 1931, el templo de San Lázaro fue declarado Monumento Histórico por la Dirección de Monumentos Coloniales y de la República (Dirección de Monumentos Coloniales y de la República 1931:4).

Para 1938 Lauro Rosel redactó un artículo para una revista, en la que menciona que, para esa época, el templo “hallase una vestuosa construcción religiosa, cuyo recinto destinase hace unos años para servir a una compañía empacadora, que se incendió y en la actualidad ocúpala una empresa industrial que fabrica hielo. El edificio de antaño fue de renombre y que todavía conserva muchos detalles de su construcción antigua, era un anexo del hospital para enfermos del mal de Lázaro”.

Desde 1949 es propiedad de Bienes Raíces San Lázaro, S.A. de C.V. de la Fraternidad Mundial de las Asambleas de Dios, de la Congregación Pentecostal Asamblea de Dios. Posteriormente se otorgaron permisos para grabar comerciales y programas de televisión en su interior.

El 8 de Julio de 1959, la Secretaría de Educación Pública emitió un documento en el que se declaran “Monumento Histórico” todas las construcciones religiosas edificadas entre los siglos XVI y XIX (Torres 1959: 6).

Este inmueble es monumento histórico de acuerdo a los artículos 35 y 36 fracción I de la Ley Federal sobre Monumentos y Zonas Arqueológicos, Artísticos e Históricos publicada en el Diario Oficial de la Federación, el 6 de mayo de 1972, que establece: “por determinación de esta Ley son monumentos históricos: Los inmuebles construidos en los siglos XVI al XIX, destinados a templos y sus anexos; arzobispados, obispados y casas curales; seminarios, conventos o cualesquiera otros dedicados a la administración, divulgación, enseñanza o práctica de un culto religioso; así como a la educación y a la enseñanza, a fines asistenciales o benéficos; al servicio y ornato públicos y al uso de las autoridades civiles y militares y las obras civiles relevantes de carácter privado realizadas de los siglos XVI al XIX inclusive” (Ley Federal sobre Monumentos y Zonas Arqueológicos, Artísticos e Históricos 1972: 9).

Se encuentra inscrito en el Registro Público de Monumentos Históricos, Libro 1, Vol. 1 Foja 150, No. 148, año 1976.

El inmueble está enlistado en el Decreto de Zona de Monumentos Históricos del Centro Histórico de la Ciudad de México (Decreto por el que se declara una Zona de Monumentos Históricos denominada Centro Histórico de la Ciudad de México 1980: 11).

En 1995, la banda de rock The Rolling Stones, grabó el videoclip de la canción “I Go Wild” en las instalaciones del templo de San Lázaro. En el video se pueden observar las condiciones del templo para esa época.