La capilla original fue construida hacia la quinta década del siglo XVI. A consecuencia de las fuertes lluvias ocurridas en la cuenca del valle de México en 1689, el templo quedó prácticamente derrumbado (Argüelles, 2005).

Hacia la segunda década del siglo XVIII se deduce que el templo ya estaba reparado y con la ampliación del convento en 1725 se le adosa al primero una capilla y una torre-campanario (Enciso: f. 3).

Sobre la calle de La Asunción (al sur) existía una barda con un tramo de adobe de 30 metros de longitud, el cual por encontrarse en mal estado y “fuera del alineamiento” fue demolido por el DDF en julio de 1942 (AGCNMH: f. 12).

El 3 de abril de 1944, el INAH autoriza la reparación de la fachada del templo consistente en la limpieza de la cantería. En esta ocasión las labores de argamasa no se tocan ni se pinta la fachada. Un comité de vecinos sufraga los gastos (AGCNMH: fs. 13 y 14.).

En la década de los cuarentas del siglo XX, la bóveda de la iglesia presenta cuarteaduras en toda su longitud ocasionados por desplomes en los muros que la sustentan (…) el Arq. José Gorbea Trueba propone el 24 de julio de 1946: “colocar un sistema de tirantes de muro a muro para detener el movimiento de la bóveda y evitar el que la cuarteadura actual se siga abriendo”. Sin embargo la Comisión de Monumentos acuerda el 30 de julio de 1946: “se coloquen por lo pronto tirantes de hierro con crucetas en los muros (…) para evitar las cuarteaduras que la bóveda presenta. 30 de julio. Jorge Enciso” (AGCNMH: f. 29).

Se aprueba el sistema de pilotaje la simple construcción de contrapuentes de vigueta de acero que soporten los muros, bastaría para remediar el mal (AGCNMH: f. 26).

Entre 1948 y 1961 se sustituye el altar antiguo por el actual (AGCNMH: f. 27).

El 2 de noviembre de 1962, adquirió la categoría de parroquia (AGCNMH).

El 10 de octubre de 1963 el INAH emite un dictamen en el cual: no permite sustituir la barda de mampostería actual que se encuentra en mal estado por una de fierro, sugiriéndose se repare únicamente la barda existente para que quede en su estado original (AGCNMH: f. 32).

El 3 de junio de 1976, el Arq. Ignacio Angulo Villaseñor autoriza la restauración del reloj de la iglesia, además de los siguientes trabajos: 1.- trabajos de aplanado del templo a la talocha con cal apagada, 2. Bajar el jardín frente a la portería del convento hasta 6 metros de las bases de los arcos de esta, 3.- apertura de una cala de un metro en el corredor del convento y 4.- las ventanas deberán ser como están los vanos originales (AGCNMH: f. 34).

El 3 de julio de 1979, el INAH realiza un levantamiento de planos arquitectónicos para documentar la propiedad (AGCNMH).

El 26 de septiembre de 1983, el Pbro. Hugo Victoria Peña, solicita licencia al INAH para efectuar obras de Restauración en el templo de san matias Iztacalco (AGCNMH).

El 11 de febrero de 1985 se suspenden las obras colindantes al templo sin autorización llevadas a cabo por el propietario DDF, consistentes en la ampliación en 2° nivel para alojar la Delegación Distrital del PRI. (13).

El 6 de marzo de 1991 la Arq. Lorena Ramos Medina del INAH, autoriza el cambio de entrepisos del corredor del claustro (AGCNMH).

El 29 de mayo de 1998 el INAH autoriza mediante la Lic. 182/92, la adecuación solicitada, consistente en la construcción de nicho de madera en el lado oriente del claustro, además del cambio de piso por loseta de barro y pintura a la cal en muros de la antesacristía (AGCNMH).

En junio de 1999, se realiza un dictamen por parte del personal técnico del INAH con la finalidad de revisar y reparar la instalación eléctrica así como la instalación de la acometida (AGCNMH).

En el Archivo General de Indias, Sevilla, España; el templo se encuentra catalogado como una de las más antiguas parroquias de México (Archivo General de Indias).

Fue declarado monumento el 7 de febrero de 1933 (Prieto, 1979: 103).