La fundación del Hospital de San Hipólito, obedece de igual forma a la creación de la Orden de San Hipólito propia de la Ciudad de México, conocida mejor como la Orden Hospitalaria de la Caridad de San Hipólito. Su fundador fue Bernardino Álvarez, quien comenzó su vida siendo soldado, el cual dejó más adelante y continuo con una vida disipada que lo llevaría a la cárcel. Sin embargo, logró fugarse y se fue a Perú donde amasó una gran fortuna. En el año de 1556, cambió su actitud por un interés de caridad hacia el prójimo, situación que lo llevó a servir durante una década a la población de enfermos del Hospital de la Concepción, conocido después como de Jesús Nazareno. Tras estos años de arduas labores y al enfrentar el hecho de que no eran suficientes los hospitales, decidió fundar el propio; y el 9 de noviembre de 1566 el arzobispo Alonso Montúfar le otorgó a Álvarez la licencia para la fundación del hospital.

Es así que se le concedió un solar en la calle de Zelada, hoy de San Bernardo, por parte del matrimonio de Miguel Dueñas e Isabel Ojeda; sin embargo y antes de iniciar con las obras de construcción, se fijó en un lote baldío apostado al lado de la ermita de San Hipólito (Vizuete 2019:422), el cual adquirió para empezar a construir lo que sería el Hospital de San Hipólito.

Apoyado por el virrey Don Martín Enríquez y el Arzobispo fray Alonso de Montúfar se le otorgó una segunda licencia el 28 de enero de 1567 para que la nueva construcción se ubicara en el terreno adyacente a la ermita y que la advocación del hospital fuese San Hipólito (Muriel 1990:203). La estructura inicial fue muy sencilla, ya que a los cuartos de adobe ya existentes el fundador añadió otros, en ellos empezó a dar alojamiento a convalecientes de otros Hospitales como el de Veracruz, del Amor de Dios y de La Concepción (Muriel 1990:203). Posteriormente dio asilo a los denominados “inocentes” o enfermos mentales. Toda esta atención a los enfermos fue apoyada por otros clérigos seculares del arzobispado de México, quienes se trasladaron a vivir con él en 1569 para poder ayudarlo en tan noble labor.

Debido a esta hermandad, Álvarez decidió formar la Orden de San Hipólito. Es así como creo reglas a seguir dentro de la misma, consolidando la aprobación del Papa Gregorio XIII. El padre Bernardino Álvarez, falleció el 12 de agosto de 1584; nueve meses después los estatutos y constituciones de la orden que fundó y que enviaron a Roma en 1569 fueron aprobados por el papa Gregorio XIII, pero los breves fueron expedidos por su sucesor Sixto V el primero de mayo de 1585. Fue hasta 1700 que el Papa Inocencio XII la erigió en religión formal y regular (Muriel 1990:206), por lo cual sus votos fueron de castidad, obediencia, pobreza y hospitalidad.

De acuerdo con Jesús Galindo y Villa se tiene la noticia de una inscripción, que él mismo verificó en una esquela, la cual publicó el excapellán de la iglesia, el presbítero Nicolás Palmieri el 19 de marzo de 1889, se lee lo siguiente:

[…] y que a su bondad debemos haber copiado la inscripción que lleva el sepulcro del insigne fundador del Hospital de San Hipólito, contiguo a esta iglesia, Bernardino Álvarez, el mismo fundó el Hospital de Huastepec, en el cual estuvo el célebre Gregorio López […].

Las cenizas del venerable Álvarez descansan en el templo que nos ocupa, en el muro del lado del Evangelio en el altar mayor. Cierra la sepultura una piedra de vara y cuarta de largo, por tres cuartas de ancho. Las letras son pintadas, y la escritura es antigua. He aquí lo que allí se lee, con su ortografía propia, un tanto disparatada:

EPITAFIO. No la pompa del mundo, y Vanidad/ encierra aquesta losa húmeda y fría. / El cuerpo guarda sí, de una alma pía. / Hi fundador de la Hospitalidad/ De aquel patriarca cuya caridad/ El Señor proverá, solo decía./ Hi con esta expresión abastecia/ De beneficios a la Humanidad/ Bernardino Alvarez: murió en el Señor,/ Su humanidad, su pureza, su candor,/ Demuestra en Hospitales que fundo/ Hi de ser al principio pecador/ Su alma con el Hece Homo lla voló.

La ermita conocida como “De los Mártires” fue demolida en 1581 pasando los restos a lo que sería la iglesia de San Hipólito. En 1584 la ermita dedicada a San Hipólito fue derribada debido al estado deplorable en que se encontraba; por ello fue que se destinó una enfermería del Hospital a manera de iglesia provisional. Fue Felipe II quien ordenó a la ciudad reedificase la iglesia (Muriel 1990:205), la cual inició su construcción en 1602 y se terminó en 1740.

Cabe señalar que, con esta reedificación del templo, al hospital también se le dio mantenimiento, ya que la antigua estructura se encontraba deteriorada, de hecho, la historiadora Martha Fernández señala que:
En 1602 se comenzaron a abrir los cimientos del templo Hospitalario de San Hipólito, cuyos planos, según las cartas de Cabildo de 22 de agosto de 1611, obraban en poder de Andrés de Concha, por lo cual es muy factible atribuirle ese proyecto (Fernández 1983:91).

En 1700 las condiciones del hospital eran deplorables, por lo que el Ayuntamiento de la ciudad construyó el edificio que ahora se conoce, derribando, por supuesto la ermita, hito del humanista Bernardino Álvarez. El virrey Bucareli nombró a José González Calderón y Ambrosio de Meave para que vigilaran la construcción del nuevo edificio, misma que duró dos años, el cual abrió sus puertas, hospital e iglesia, el 20 de enero de 1777 día del cumpleaños de Carlos III. A la solemne función de apertura, asistió el virrey Bucareli, acompañado del prior y cónsules en forma de tribunal y otras personas.

El edificio fue mejorando y acrecentando gracias a las donaciones, ya que los aposentos provisionales fueron substituidos por amplias enfermerías, salones de estudio, comedores públicos, etc., como indica Josefina Muriel:

Las enfermerías y oficinas se hallaban distribuidas alrededor de patios o jardines con fuentes. Lo más importante de este edificio fue su funcionalidad, pues fue planteado para servir exclusivamente a enfermos mentales, y esto exigió cambios estructurales que antes no se habían tenido en cuenta en la arquitectura hospitalaria, como lo fueron entre otras cosas la sustitución de enfermerías por cubículos o cuartos privados (Muriel 1990:206).

Si bien, hubo muchos hospitales que se fueron fundando en la Nueva España, ninguno tenía las adecuaciones que poseía el Hospital de San Hipólito; su ubicación cerca del cruce que vincularon a la ciudad de México con los manantiales de Chapultepec o el de Santa Fe, facilitó las labores para hospedar peregrinos, comerciar y albergar enfermos y personas menesterosas, asi como a los locos (García 2013:70), siendo el primer hospital de América en dedicarse a pacientes que sufrían demencia.

Cabe mencionar que, gracias a la labor de caridad de Bernardino Álvarez, se crearon dos redes hospitalarias:
La primera, dirigida hacia el Pacífico, la formaron los hospitales de Santa Cruz de Oaxtepex, Morelos, y Santa María de la consolación de Acapulco, Guerrero; la segunda la realizaron los de San Roque de Puebla, Santa María de Belem de Perote, La concepción de Jalapa y San Martín de Veracruz, y aún más como avanzada en la ruta, se forma un hospital en La Habana, Cuba. Todos éstos dependían del hospital de San Hipólito de México (Muriel 1990:211).

Para poder sustentar económicamente los gastos, no solo Álvarez aportó de su fortuna lograda en Perú o de las limosnas otorgadas por los donantes, también obtuvieron sustento por medio de unas accesorias. Se construyeron siete accesorias, cuyas rentas se destinaron a los gastos de alimentación y vestido de los enfermos.

Éstas se localizaron a un costado de la iglesia, siendo de un solo piso originalmente. Sin embargo, esta construcción al correr con el apoyo del Consulado, no se tomó en cuenta un convento en el que los frailes pudieran habitar, de este modo son ellos quienes se ocupan de la construcción del segundo nivel para tal fin, y es en 1779 que se aumentó un piso. De esta manera quedaron dos pisos al inmueble y pasó a ser conocido como el Convento de San Hipólito (Ruíz 2018:285).

El Hospital de San Hipólito, si bien tuvo su punto álgido en el siglo XVIII, con el paso del tiempo fue pasando por modificaciones en conjunto a los avatares de la época. Un ejemplo de ello fue a la constitución española de 1818 (Muriel y Gonzalez:682), en la cual se ordenó que todos los hospitales pasaran a depender del Ayuntamiento. La orden fue suprimida por las Cortes Españolas el primero de octubre de 1820; y por orden, el 21 de febrero de 1821, el Ayuntamiento recibió los bienes de las comunidades extinguidas, haciéndose cargo de los respectivos hospitales y, en consecuencia, recibió la suma de 187 413 pesos en fincas y capitales impuestos; el municipio conservó y cuidó estos bienes hasta que los entregó al tesorero del Estado por el decreto de la legislatura del 4 de mayo de 1824.

Es así que, durante el período de la Independencia de México, el hospital sufrió un desbarajuste administrativo, ya que, al quedar en manos del Ayuntamiento, éste lo despojó de ciertos bienes como el pago de algunas rentas. A pesar de la supresión de las órdenes hospitalarias, la Orden de San Hipólito siguió al cuidado de los enfermos mentales hasta 1843, año en que murió el último de los religiosos, por lo que le hospital pasó a cargo de los administradores. Pasando un tiempo, el hospital pasó a pertenecer al Real Patronato, y son las Hermanas de la Caridad quienes se hicieron cargo por un tiempo de los pacientes.

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