Esquina 1er Callejón San Juan de Dios. Ubicado en la parte norte del conjunto.

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Expediente de la Declaratoria del Templo de San Juan de Dios como monumento histórico. Archivo Histórico Jorge Enciso, Coordinación Nacional de Monumentos Históricos, INAH.

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Sobre la plaza de Santa Veracruz se observan dos fachadas. La primera corresponde al acceso principal al museo, en planta baja se observa un arco de medio punto enmarcado por cantería sostenido por dos pilastras toscanas, a los costados dos pilastras del mismo orden con relieves geometricos en el fuste; éstas soportan un entablamento sobrio y rematan con dos pináculos. En el costado izquierdo se observa una pilastra toscana de gran dimensión.

En la planta alta se abre un vano enmarcado por cantería, con jambas prolongadas y en las esquinas superiores motivos entrecruzados con gotas. La cornisa es de cantería. El pretil remata con formas curvilíneas y una venera en el centro en cantería.

La segunda fachada sobre la plaza presenta en planta baja, seis vanos enmarcados por cantería, de menores dimensiones que en planta alta, que presenta el mismo número de vanos, de mayores dimensiones, enmarcados por cantería, con jambas prolongadas y en las esquinas superiores motivos entrecruzados con gotas. La cornisa es de cantería.

En la esquina de la plaza con el callejón de San Juan de Dios, se ubica una hornacina en cantería compuesta por un nicho con una imagen de bulto. El conjunto remata con una cruz latina.

Sobre el callejón de San Juan de Dios, en planta baja siete vanos enmarcados por cantería con jambas prolongadas. Se perciben tres contrafuertes en la esquina de la plaza con el callejón, y tres entre los dos últimos vanos. La cornisa divide las plantas y sirve de apoyo a los balcones superiores. En planta alta, los vanos son de menor dimensión, con jambas prolongadas y en las esquinas superiores motivos entrecruzados con gotas. La misma estructura de contrafuertes se repite en planta alta.

Sobre la calle de Santa Veracruz, en planta baja veintitrés vanos adintelados con rejas en hierro forjado. En planta alta, similares características, salvo que el primer vano de izquierda a derecha es horizontal y a nivel del vano número 13, 14 y 15 de la planta baja, en planta alta se percibe un pasillo que conecta con un segundo edifico.

Sobre la calle de Valerio Trujano, en planta baja, tres vanos, el primero acceso lateral, con dintel de madera, el segundo y tercero de menor dimensión con enmarcamiento en cantería. En planta alta, tres vanos, el primero tipo óculo. Se perciben tres contrafuertes, los dos primeros anteriores al primer vano, el tercero en la esquina derecha.

El Museo se distingue del resto del conjunto al que pertenece por su tono anaranjado, ubicado sobre Valerio Trujano cuenta con dos columnas que resaltan del edificio, separadas aprox. 5m entre ellas, de lado izquierdo, seguidas por una puerta pequeña de madera y hacia la derecha dos ventanas más, pequeñas con reja. Se observan dos plantas y en el segundo piso se ven dos pequeñas ventanas redondas al centro y a su derecha tres ventanas rectangulares y dos más en un nivel más bajo.
La fachada sobre Santa Veracruz es muy similar, repitiendo el patrón de ventanas de madera cubiertas por una reja, con una separación de 2m aprox. entre cada una, tanto en la planta baja como en el primer nivel. A la mitad de la fachada se encuentra un puente que cruza la calle, saliendo del primer nivel y conectándolo con el Museo. Se encuentra una puerta de fierro color verdoso a la mitad de la fachada. Sobre el 1er Callejón San Juan de Dios se repite el tipo de fachada del museo, rematando en la Plaza Santa Veracruz, con dos niveles, solo que los bordes de las ventanas parecen ser de cantera y la división entre cada nivel y en la azotea tiene un pretil de cantera. En esta fachada se tienen cinco ventanas, se observan dos columnas que resaltan del edificio. En las fachadas se cuenta con un pretil de cantera negra a nivel de piso.

El interior presenta un pasillo en cuyo costado se percibe un nicho de gran dimensión con arco de medio punto enmarcado en cantería con un busto en bronce en el centro, que permite acceder a un patio principal, compuesto por columnas con énfasis en el fuste, con series de seis y siete, que sostienen vigas madre de madera.

Los pasillos presentan vanos simples sin enmarcamiento. Los entrepisos son de entablado con viguería. En el centro del espacio una fuente en cantería de forma mixtilínea octogonal. El esquema estructural de la planta baja se repite en planta alta. El acceso a la escalera presenta un arco de medio punto en cantería con clave en forma de flor, en cuyos costados se perciben dos pilastras toscanas que sostienen un entablamento sobrio.

Las escaleras son de cantería con pasamanos de madera en el descanso una columna circular en cuya cara superior se percibe una escultura de un ángel con una flor y en planta alta, el acceso al nivel es por medio de dos arcos de medio punto en cantería con clave en forma de flor y entablamento con gotas. Algunos vanos presentan dinteles en maderas, otros enmarcamientos en cantería. Se percibe la pintura antigua en ciertas áreas del edificio. La cornisa divide las plantas. Los barandales son de hierro forjado.

El uso de talavera blanca, azul y amarilla se percibe en ciertas zonas, nichos y enmarcamientos de vanos. Sobre el pretil a nivel del patio principal se perciben gárgolas en cantería y remates en forma de copones. El área de biblioteca está recubierta completamente de madera ya sea el piso, barandales armarios y entrepisos. En los pasillos se perciben espacios de exposición con muebles antiguos.
El Museo Franz Mayer funciona como una antigua casa virreinal, con el edificio en el contorno y un gran patio con fuente al centro y caminos generados por vegetación. Los pasillos que colindan con el patio cuentan con columnas de concreto en planta baja y primer nivel, en este segundo el pasillo funciona a manera de balcón.