Por lo que se refiere a la institución para la que fue construido este edificio, la Inquisición en la Nueva España pasó por tres etapas: la primera de 1522 a 1535, pues desde la llegada de los primeros religiosos españoles a estas tierras se ejercieron "actividades inquisitoriales, puesto que traían poderes para ello". En 1535, fray Juan de Zumárraga, primer obispo-arzobispo de México, "recibió el nombramiento de inquisidor apostólico del inquisidor general de España y arzobispo de Sevilla, don Alonso Manrique". Por tanto, en junio de 1536, Zumárraga "estableció el Santo Oficio de México de manera estable en el local del Palacio Episcopal […] De esta forma daría inicio la etapa episcopal de la Inquisición novohispana, que concluiría en 1571, cuando se erigió el Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición dependiente directo del Consejo de la Suprema y General Inquisición de España, según Real Cédula de Felipe II de 25 de enero de 1569, el cual cerraría definitivamente sus puertas en 1819, después del receso gaditano y su desabrida reapertura en 1814". (Soberanes 1998: 284, 285).

La tercera y última etapa se inicia en 1570, año en que Diego Espinosa, inquisidor general de España, nombró a Pedro Moya de Contreras como primer inquisidor en México y a Pedro de los Ríos como notario del Secreto, quienes llegaron a la capital novohispana el 12 de septiembre de 1571. "Parece ser que el virrey Martín Enríquez de Almansa no los recibió con mucha cordialidad (cosa que le valió un reproche real), les entregó como local las casas que se situaban en la acera oriente del templo y convento de Santo Domingo en la plaza del mismo nombre de la Ciudad de México, predio que ocuparía el tribunal de la fe hasta su extinción en el siglo XIX". (Soberanes 1998: 288).

“En ese terreno, comprado a Juan Velázquez de Salazar en 1578, se construyeron las residencias de los inquisidores, las cárceles y demás instancias necesarias. Para 1594 las casas se encontraban muy deterioradas, por lo que el inquisidor mayor, Alonso de Peralta, las reedificó a su costa, "construyendo, además, una capilla dedicada a San Ildefonso, y comprando una finca en la actual calle de Venezuela, para alojar a la Cárcel Perpetua; desde esta época se le empezó a llamar a esta calle con dicho nombre. En 1598, se introdujo el agua al tribunal, […] acontecimiento que quedó inscrito en una placa conmemorativa que se conserva empotrada en la escalera de las casas de la calle de Venezuela. Durante el siglo XVII, el inmueble fue objeto de diversas ampliaciones y renovaciones, que estuvieron a cargo de los arquitectos Bartolomé Bernal y Pedro Durán; época en la que el edificio ya ocupaba más de la mitad de la calle de Venezuela, casi toda la de Brasil y buena parte de la de Colombia; en esta última se encontraban las llamadas cocheras de la Inquisición". (Prieto 1988: 1310, 1311).

“Sin embargo, a finales del siglo XVII, se creyó conveniente estudiar la posibilidad de construir un nuevo edificio. El proyecto fue presentado e iniciado, ya en el siglo XVIII, por el maestro mayor de arquitectura Pedro de Arrieta, (Aguilera 2000: 31) y sometido a la aprobación de los arquitectos Miguel de Rivera y Antonio Álvarez, quienes dictaminaron la excelencia de éste y elogiaron su peculiar diseño de la portada ochavada, "pues goza de una y otra calle y de toda la plazuela", obra que "quedará con notable hermosura y con la novedad de singularizarse por única en este reino". (Prieto 1988: 1311).

Los trabajos de reedificación iniciaron el 1 de diciembre de 1732. El costo de la obra fue de $187 mil 663.5 rl. 4 gr. Después de cinco años, el 29 de noviembre de 1737 se daba aviso de la culminación de la obra". Así fue que surgió un "espléndido edificio para una decadente institución". (Aguilera 2000: 31).

“Uno de los elementos más significativos en los edificios es la fachada y la de este palacio ha causado admiración desde su construcción, por lo que resulta interesante citar las palabras de su creador: "He discurrido ochavar la esquina de hacia la plaza de Santo Domingo y dar en ella la puerta principal, en que podrá ostentar y ser cosa notable su arquitectura, gozándose así por esquina la parte poniente y la del sur, que son las dos calles que coge dicha Inquisición y por inmediación a la puerta principal de Santo Domingo, donde se celebran todas las funciones del Tribunal y al mismo tiempo desembocará directamente en dicha plaza de Santo Domingo […]". (De la Maza 1968: 12, 14).

“Todo indica que a partir de la fachada ochavada, fue que la gente apodó al palacio como la "Casa Chata" o "Esquina Chata". El edificio tiene un patio con corredor alto, sustentado por arquerías sin soportes en los ángulos, "esquinas formadas por dos arcos cruzados que prolongan sus dovelas hacia abajo creando la clave, que cuelga como una piña" (De la Maza 1968: 14).

“Posteriormente se adquirió una casa hacia el oriente, en donde se estableció la Cárcel Perpetua, que dió su nombre a la calle que actualmente se llama República de Venezuela; las obras se terminaron el día 9 de Diciembre de 1803, según inscripción que aún subsiste. Esta construcción es actualmente casa de vecindad, cuyas viviendas fueron las antiguas prisiones que rodeaban el patio conocido con el nombre del Patio de los Naranjos fue igualmente parte integrante del edificio de la Inquisición la casa de la Ave. Brasil, que fué facultad de Odontología y que hoy sirve para los laboratorios de Investigaciones Médicas, Parasitología, Farmacología y Sala de la Academia de Cirugía.” (Lombardo 1965).

"El patio de los "Naranjos" sirvió de prisión a fray Servando Teresa de Mier; en la Cárcel Perpétua -hoy Venezuela 6 y 10- , se encontraba la celda que ocupó José María Morelos y Pavón. En 1820, suprimido el Tribunal, el edificio alojó diversas instituciones: la Cárcel del Estado, el Tribunal de Guerra y Marina, el Palacio de Gobierno del recién fundado Estado de México, hasta que, en 1841, el arzobispo Manuel Posada y Garduño lo compró al gobierno y trasladó allí, el Seminario Conciliar.” (Prieto 1979: 72).

“En 1853 los profesores de la Escuela de Medicina exigieron este edificio en pago de sus sueldos atrasados, para destinarlo a la Escuela de Medicina.” (Lombardo 1965).

“En 1879 bajo la dirección del Dr. Francisco Ortega se le agregó un segundo piso, actualmente Anfiteatro de disección y Laboratorios de Química dirigiendo las obras el Arq. Luis G. Ansorena” (Lombardo 1965).

"... hasta el presente siglo en 1913, el Dr. Urrutia emprendió obras de adaptación: se quitaron los barandales de fierro forjado, substituyendolos por balaustradas de cantería, se pusieron pisos de cerámica y se proyectó cubrir el patio con arcos metálicos y cristales. Estas obras no llegaron a realizarse." (Lombardo 1965).

“En 1928, siendo Ministro de Educación el Dr. Puig Casauranc y director de la escuela el Dr. Fernando Ocaranza, se concedió permiso a una Profesora Cubana, para que hiciera excavaciones en el patio donde posteriormente se construyó el Auditorio, con el fin de descubrir un tesoro, cuya relación había llegado a Cuba por boca de un Sacerdote exiliado en México. El Arquitecto Roberto Álvarez Espinosa, fue comisionado entonces, en Enero de 1928, en su carácter de Jefe de Edificios Escolares, para inspeccionar las excavaciones, a fin de evitar perjuicios a la construcción de sus cimientos.” (Lombardo 1965).

“En 1932, el Arquitecto Carlos Tarditi, comisionado por la Universidad, procedió a hacer reparaciones de importancia, cambiando los techos de los corredores y pisos de los anfiteatros, así como amarando varias cuarteaduras en la crujía, hacia la calle de Venezuela.” (Lombardo 1965:).

“En 1933, siendo Director de la escuela el Dr. Ignacio Chávez se construyó el Auditorio, por el Arq. José Villa grán García, así como una nueva escalera para el 2° y 3er pisos, y se hizo el arreglo de las oficinas de la Dirección.” (Lombardo 1965).

“Por los antecedentes referidos, se llega a la conclusión de que las condiciones generales del suelo y sub-suelo de esa zona de la ciudad eran cenagosas e impropias para la construcción. A mayor abundamiento, si se consultan los planos de la antigua Ciudad de México, correspondientes a los años de 1715, 1737 y 1740, puede localizarse la ubicación de la Escuela de Medicina, y las antiguas zanjas y particularmente la zanja que corría a los largo de la calle de la Perpetua (hoy Rep. De Venezuela) para ir a desaguar dos cuadras al noreste hacia la acequia que corría por las calles del Apartado (hoy Rep. De Perú)” (Lombardo 1965).

"... y allí mismo, donde estuvieron los jardincillos de los presos, vivió el poeta Joaquín Pesado y, cuando funcionaba como Escuela de Medicina, vivió y murió el poeta representante del romanticismo, Manuel Acuña. Actualmente, después de llevarse a cabo su restauración, aloja el Museo de Medicina. Fue declarado monumento el 9 de febrero de 1931, por República de Venezuela nos. 6-8-10 declarado monumento el 26 de octubre de 1951. (Prieto 1979: 72).

"En 1968 se suprimió el segundo piso que se le había agregado desde el siglo antepasado, y el exterior de la casa recuperó el aspecto que proyecto Pedro Arrieta." (Enciso 2011).

"Inmueble restaurado por la UNAM. Actualmente se encuentra dividido lo que fué el conjunto del edificio del Santo Oficio. El predio de la Calle de República de Brasil no. 33 pertenece a la UNAM y se conserva en buen estado. Por la Calle de República de Venezuela números 8 y 10 pertenecen a la SEP. Incluido en el Decreto publicado en el Diario Oficial de la Federación del 11 de abril de 1980." (INAH 1987).

Incluido en el Decreto publicado en el Diario Oficial de la Federación del 11 de abril de 1980 (López 1980: 24).