En un documento de 1569 se afirma que la fundación de la capilla y capellanía en el monasterio de San Juan, fue obra del gobernador y cacique indígena Juan de Guzmán Iztolinque y su mujer doña Mencia (Carrasco 1976: 71), sobre un terreno donado por la misma. Hacia 1533 el gobernador don Juan de Guzmán Iztolinque, entre otros, se comprometieron a que, hubiera doscientos hombres ocupados a diario en la obra de esta iglesia, para terminarla lo posible. Parte de esta obra se hizo con el tributo de fanegas de cal que se llevó a esta iglesia y monasterio por cuatro años; además, algunas fuentes destacan la participación de la hija de Domingo de Guzmán, para el término de la construcción (Gamboa 1991: 53).

La construcción del templo actual se inició después de 1560, intervinieron: fray Ambrosio de Santa María (Gómez 1932: 26) (Suárez 1961:18) (Kubler 1983: 631), fray Tomás de la Corte (McAndrew 1965: 127) y fray Juan de la Cruz (Rojas 1968: 40). En cuanto a la fecha de terminó de la obra, José Cossío afirma que fue en 1582 (Cossío 1946: 27), mientras que Silvestre Baxter menciona que fue en 1583.

En la portada del templo se encuentra una inscripción con la fecha del 5 de abril de 1582, lo cual algunos investigadores se la han atribuido a el día en que se terminó solamente la fachada principal (Rivera 1882: 418), aunque al parecer la fachada actual es del siglo XVIII (Suárez 1961: 83) (Dubernard 1992: 57) (Cossío 1946:48).

Existe una carta dirigida al rey por el marqués de Villamanrique, virrey de la Nueva España, datada el 23 de febrero de 1586 donde se indica que en ese año los indios de Coyoacán le presentaron una cédula real fechada el 20 de febrero de 1584, en Madrid- para que se les eximiera de ir a trabajar a la ciudad de México (Zavala 1984: 685) y continuar con la construcción del templo de Coyoacán. Esta iglesia debía de medir 27 varas de largo y 26 de ancho (Díaz 1983: 22) (Villarruel 1995:27). El virrey consideraba que dichos indios eran más necesarios en la Ciudad de México, y que el tamaño planeado para la iglesia de Coyoacán era excesivo (Zavala 1984: 685).

La iglesia fue abovedada pero al quitarse la cimbra sus bóvedas se derrumbaron; se construyó entonces un hermoso techo de viguería (Rojas 1968: 40) (Kubler 1983: 335), la tradición oral del lugar, indica que en el momento del derrumbe se encontraban hablando del juicio final y la caída de edificios.

El templo de San Juan Bautista fue objeto de varias intervenciones durante el año de 1753 (Pulido 1973: 2) (Díaz 1983: 22). En enero de 1787 necesitaba "reedificio", según registran los autos en que el licenciado Manuel Quixano Zabala, alegaba que el marqués del Valle no tenía la obligación de pagar los 8 808 pesos que se necesitaban para iniciar la obra. El licenciado Quixano, después de hacer indagaciones, aseguró que los marqueses del Valle no tenían obligación sobre la parroquia, ya que el marqués muchas veces no cobraba tributos, ni por los percances sufridos ni por los diezmos (Archivo General de la Nación).

En 1789 el director de arquitectura de la Academia de San Carlos, don Antonio González Velázquez, realizó un presupuesto de reparación del templo en 21 728 pesos, y el tiempo de la obra en dos años. Su propuesta se utilizó para tener una base y pregonar la obra, con el objeto de que pudiese rematarse al mejor postor (Archivo General de la Nación), otra reparación se llevó a cabo entre 1793 1795(Díaz 1983: 22).

El 14 de abril de 1802 el virrey pidió al fiscal un informe sobre la obra de la iglesia, quien contestó que sólo se contaba con 12 000 pesos, donados por el señor deán y cabildo de catedral, el juez privativo conservador del estado y el marqués de San Miguel de Aguayo, por lo que se decidió comenzar, con las reparaciones más urgentes. Entre los gastos se había calculado el entarimado y blanqueado de la iglesia, el techo de la sacristía y el piso. El deán y cabildo de la Santa Iglesia Metropolitana nombró al teniente coronel del regimiento de la ciudad de México, Gabriel Iturbe, como tesorero administrador de la obra (Archivo General de la Nación). Dos años después se consignó una inscripción en el templo que puede indicar la fecha en que terminó esta reconstrucción (Díaz 1983: 22).

En 1929 se llevaron a cabo algunas modificaciones (Enciclopedia de México 1987: 1870). En 1933 se colocaron en su interior varios altares de cedro en el presbiterio y en las naves laterales, con pinturas de motivos religiosos relacionados con la orden franciscana, a cargo del artista catalán Juan Fabregat (Villarruel 1995: 27).

Las obras emprendidas modificaron por completo su aspecto interior: las tres amplias naves quedaron reducidas a una sola (Gómez de Orozco 1932: 26) (Dubernard 1995: 52) (Villarrruel 1995: 27), su techumbre de viguería de cedro con zapatas (Cossío 1946: 56- 57) fue sustituida por una cubierta moderna (Enciclopedia de México 1987: 1870) y se eliminó la portada que comunicaba al presbiterio de la nave mayor con la sacristía (Dubernard 1995: 52).

Durante la presidencia del general Lázaro Cárdenas entre 1934 y 1940, corrió la noticia de que el templo sufriría un atentado, por lo que sus fieles montaron guardias nocturnas con la intención de prevenirlo (Aguilar 1979: 175). El domingo 30 de diciembre de 1934 se dio, frente a este templo, el trágico incidente de los Camisas Rojas (Cossío 1946: 93.) Al día siguiente se velaron los cuerpos de las víctimas en el interior de la parroquia, llevándolos después al cementerio (Aguilar 1979: 161-163).

En 1936 el techo continuaba cubierto por vigas de madera y un salón, perteneciente a los anexos del templo, fue usado como teatro (AGCNMH). El edificio conserva un extenso portal de peregrinos que enmarca la capilla abierta del siglo XVI, altares esquineros, portadas, dinteles, una pila de agua bendita esculpida en cantera y dos artesonados con casetones policromos que relatan la historia de la orden dominica (Dubernard1992: 55). En esta época la parroquia vigilaba y ayudaba en la impartición del culto, catequesis, limpieza y conservación de trece capillas dispersas en el perímetro de Coyoacán con la colaboración de trece encargados, la Acción Católica para Jóvenes Laicos (ACJM), y la Acción Católica Femenina (ACF) (Aguilar 1979: 170).

Las pinturas del interior se encontraban en 1964 muy deterioradas por la humedad, su restauración se realizó seis años más tarde por el pintor Mario Velázquez (Villarruel 1995: 27).

La capilla dedicada actualmente al Santísimo Sacramento (Díaz 1983: 24- 25), anexa a la iglesia de San Juan Bautista, (Dubernard 1992: 50) fue construida por los dominicos para honrar a la virgen del Rosario; (Díaz 1983: 24, 25) su planta de crucero está rematada por una pequeña cúpula. En su interior conserva un retablo formado por columnas salomónicas que debe datar de principios del siglo XVIII, (Dubernard 1992: 57) cuya pintura principal muestra una inscripción que se refiere al donante de apellido Fernández de Chapa. Dicho retablo está presidido por una historia de la virgen del Rosario (Rojas 1968: 46).

En 1934 la Parroquia de Coyoacán fue declarado Monumento Histórico por el Depto. de Monumentos Artísticos, Arqueológicos e Históricos de la SEP, dicha declaratoria incluye el templo y ex convento (Magro 1934: 114 y 123).

El 8 de Julio de 1959, la Secretaría de Educación Pública emitió un documento en el que se declara “Monumento Histórico” todos los edificios religiosos de propiedad Nacional construidos entre los siglos XVI y XIX (Torres 1959: f. 6).

Este inmueble es monumento histórico de acuerdo a los artículos 35 y 36 fracción I de la Ley Federal sobre Monumentos y Zonas Arqueológicos, Artísticos e Históricos publicada en el Diario Oficial de la Federación, el 6 de mayo de 1972, que establece: “por determinación de esta Ley son monumentos históricos: Los inmuebles construidos en los siglos XVI al XIX, destinados a templos y sus anexos; arzobispados, obispados y casas curales; seminarios, conventos o cualesquiera otros dedicados a la administración, divulgación, enseñanza o práctica de un culto religioso; así como a la educación y a la enseñanza, a fines asistenciales o benéficos; al servicio y ornato públicos y al uso de las autoridades civiles y militares y las obras civiles relevantes de carácter privado realizadas de los siglos XVI al XIX inclusive” (Ley Federal sobre Monumentos y Zonas Arqueológicos, Artísticos e Históricos 1972: 9).

El inmueble está ubicado dentro de la Zona de Monumentos Históricos en Coyoacán, Ciudad de México (Decreto por el que se declara una Zona de Monumentos Históricos en la Delegación Coyoacán 1990: 14).

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