A través del Decreto del 23 de marzo de 1898, el Presidente de la Republica Porfirio Díaz, aprueba el contrato entre el Secretario de Estado y el Despacho de Comunicaciones y Obras Públicas y el señor Íñigo Noriega Lasso, como apoderado de la Negociación Agrícola Xico y Anexas S. A. y de la Compañía de las Fábricas de Papel San Rafael y Anexas. S. A. con el que se le autoriza construir y explotar por 99 años una línea de ferrocarril con su correspondiente telégrafo o teléfono para uso exclusivo del mismo ferrocarril, que partiría de la ciudad de México pasando por Chalco y de ahí aprovechar la línea del Ferrocarril Tlalmanalco (autorizada el 3 de febrero de 1881, la cual iniciaba en Chalco, pasaba por Tlalmanalco y llegaba a Amecameca) y de ahí continuar hasta Atlixco Puebla. Se determinaba en el decreto se terminara la vía en cinco años (Díaz 1898: 73-86).

En el mismo decreto se describe que una vez aceptados los planos de los primeros veinte kilómetros se iniciaría la construcción del ferrocarril, además se indica que debería de contar con la cantidad suficiente de material rodante para su pronta explotación, depósitos, talleres y estaciones. El ancho de la vía debía de ser de 914 milímetros (91 centímetros y 4 milímetros), los rieles a utilizarse deberían tener un peso de veinte kilogramos por metro lineal y el servicio se haría por tracción de vapor, además de que los primeros quince años la empresa quedaba libre de impuestos y derechos de importación aduanal (Díaz 1898: 73-86).

Los terrenos para estaciones, almacenes, depósitos de agua, y demás se entregaron a la compañía sin retribución alguna. De la misma manera la compañía tomo de los terrenos y ríos, los materiales de toda especie que necesitaron para la construcción, explotación y reparación del camino y sus dependencias, sujetándose a las leyes y reglamentos respectivos de la época para la extracción de esos materiales (Díaz 1898: 76).

El material que mas existe en este municipio es la roca ígnea extrusiva, la cual fue utilizada para la construcción de imponentes puentes y bóvedas, que sirvieron para librar áreas geográficas que limitaban el paso de ferrocarril, como fueron las barrancas . La roca extraída de algunos cerros que fueron cortados para que pasara el ferrocarril, fue cortada con exactitud y tallada majestuosamente, para ser pegada con cal formando construcciones únicas (INEGI 2009).

En la bóveda de Chichilacaxtla se encuentra una placa conmemorativa esculpida en piedra, en la que señala, que el día 7 de febrero de 1899 se inicio su construcción y se termino el día 15 de julio del mismo año.

La principal actividad del ferrocarril era la extracción de madera del monte de Ecatzingo, Morelos y Puebla para la Fábrica de Papel de San Rafael y para la Fábrica de Hilados, Tejidos y Estampados del Algodón de Atlixco.

El periódico El Imparcial de su edición día martes del 13 marzo 1900 escribe una nota sobre El ferrocarril de Xico y donde queda registrada la salida del Primer ferrocarril a Ecatzingo el día sábado 10 de marzo de ese año: : "El sábado 10 de marzo de 1900 en la mañana salió el primer tren de pasajeros del Ferrocarril Xico, cuya estación se encuentra establecida en la calle de Cuauhtemotzin. Con este motivo, la calle se veía llena de curiosos, y el andén de la estación, que aun no queda terminado completamente, estaba enchido de gente del barrio, a quien naturalmente llamaba la atención la salida de un tren por ese rumbo. Por fin, a las siete de la mañana, la locomotora No. 101 dio el tercer aviso y partió, siendo saludada su salida con aplausos de los concurrentes y vivas de los que ocuparon por primera vez ese tren. El convoy iba a cargo del señor Rafael Rubio y llevaba un regular número de pasajeros, que llegaron nada más hasta Ecatzingo, a unos noventa y tres kilómetros de la capital, y entre las estaciones de Ameca y Ozumba. A las dos de la tarde, salió otro tren, que fue objeto de las mismas demostraciones de júbilo, tanto en esta capital como en las Estaciones de tránsito, habiendo llegado el primero de dichos trenes a Ecatzingo, a las diez y veinticinco y el segundo a las cinco y veinticinco minutos de la tarde. Cuando llegaba a México, por la tarde del domingo, el último tren de pasajeros, al pasar por el puente construido sobre el canal de la viga, los que venían en las canoas saludaron al convoy con aplausos y vivas”. Así, recorría 110 kilómetros desde la Ciudad de México hasta Apapasco, Morelos, pasando por Ecatzingo (El Ferrocarril de Xico 1900: 1).

El periódico La Patria, en su edición del 26 de agosto de 1903, publica la salida y llegada de trenes diariamente, del ferrocarril de Xico y San Rafael directo a Apapasco, saliendo a las 5 p.m. y llegando a las 8:20 a.m. Su estación se encontraba en Cuauhtemotzin, dejando testimonio del servicio que daba el ferrocarril a la región de los volcanes (La Patria 1903: 3).

En el año de 1914, en plena revolución mexicana, no se concluye la construcción de la vía del Ferrocarril, dejando intercomunicados los dos tramos ferroviarios entre la hacienda de Apapasco de Huecahuasco, Morelos y la hacienda de Santa Catarina, Cuilotepec, Puebla. Nuevamente el periódico El Imparcial en su edición del día martes del 10 febrero 1914, da a conocer que la Secretaria de Comunicaciones y Obras Publicas informa que varias líneas férreas han sido suspendidas, entre ellas la de Amecameca a Apapasco (Líneas Férreas Interrumpidas, 1914: 7).

Un oficio firmado por el C. Pedro Yáñez Riverol, presidente municipal de Ecatzingo, el día 5 de febrero de 1930, donde informa al Secretario General de Gobierno de la Ciudad de Toluca, que no hay vías de comunicación, que “…solo hay una vía de la compañía del F.C.D San Rafael y Atlixco, que atraviesa estos lugares, la cual se encuentra destruida y sin trafico desde el año de 1914 (Yáñez, 1930). En esos años los zapatistas asentados en el cuartel de Tecomaxusco, afectaron la vía, dejando inservible el tramo que comprendía entre el municipio de Atlautla a Ecatzingo.