El Antiguo Conjunto Religioso de San Francisco se ubica en el Centro Histórico de la ciudad de Zacatecas, fue de los primeros centros religiosos creados para la evangelización de los nativos y las incursiones a otros territorios del norte del país (Macías 2019:4).
La presencia de la orden franciscana en estas tierras se remonta a la excursión liderada por Juan de Tolosa en 1546, quien iba acompañado de cuatro frailes franciscanos quienes además de dar apoyo en el reconocimiento de nuevas tierras tenían la misión de evangelizar a los lugareños. Su estadía permanente en la ya fundada ciudad de Zacatecas se produjo tras la llegada de fray Jerónimo de Mendoza y dos frailes más en 1558, tras ser comisionados por el virrey Don Luis de Velasco para evangelizar la zona de Zacatecas y Durango (Muñiz 2016:42).
Para el establecimiento de su primer convento, los franciscanos eligieron ese mismo año el sitio en donde hoy está ubicado el Obispado de Zacatecas (del Hoyo 2015:1) El convento tuvo su origen con nombre de hospicio en 1564, sin embargo, sus actividades cesaron, y fueron retomadas hasta en 1567 cuando fueron construidas sus instalaciones al norte de la ciudad (Arlegui 1851:48); esto último se corrobora con una frase del informe oficial de la diócesis de Nueva Galicia de 1570, en el que se habla del “reciente fundado" convento franciscano de Zacatecas (McCarty 1962:334). El convento estuvo dedicado a la Purísima Concepción de María Santísima y su comunidad estuvo compuesta de poco menos de cuarenta religiosos (Arlegui 1851:47).
Este convento tendría una relevancia en torno a la evangelización del norte, pues de aquí salieron más franciscanos a misionar (Aguilar 2021:2).
Posterior al asentamiento de los franciscanos al norte de la ciudad, se sumaron otras órdenes religiosas a lo largo de los siglos XVI al XVIII, tales como los agustinos (1576-1577), los dominicos (1604), los juaninos (1608), los jesuitas (finales del siglo XVI) y los merceditas (principios del siglo XVIII); de entre ellos destacan los agustinos, pues son quienes a su llegada a Zacatecas ocupan el antiguo convento franciscano, edificio que más tarde pasó a convertirse en el Obispado de Zacatecas (del Hoyo 2015:2).
El 7 de diciembre de 1648 el templo de San Francisco sufrió un incendio de gran magnitud que dejó a la construcción en ruinas, en él se perdieron numerosos altares y ornamentos, esto motivó una colecta entre los vecinos de la ciudad para su reedificación. Con un costo de “ochenta mil reales de a ocho” dio inicio el 10 de marzo de 1649 bajo la dirección de fray Domingo de Arteaga (Arlegui 1851: 329, 330).
Más tarde, durante la segunda década del siglo XVIII, el padre fray Antonio de Mendigutia, reconstruyó el templo realizando la ampliación de la capilla de San Antonio, a la que le agregó un cuerpo más y un camarín (Ríos 2020 :99).
La Orden de San Francisco siguió con su labor de evangelización hasta que en 1856 su misión se vio truncada por la Ley de Nacionalización de Bienes Eclesiásticos (Ciudades Mexicanas Patrimonio Mundial 1). Contrario al convento, el templo continuó en uso hasta que en 1924 se presentó un derrumbe parcial en las bóvedas de su nave (González 2022: 4). Por varios años el conjunto arquitectónico de San Francisco quedó en estado deplorable y sin atención por parte del Estado, por lo que fue utilizado de diversas formas, entre las que destaca como vivienda, esto acarreó que parte de su material de construcción fuera removido para adaptar espacios habitacionales, lo que ocasionó que partes del convento se destruyeran (Aguilar 2021:3).
Posteriormente, en el año de 1953, surgió la inquietud de rescatar el monumento, pero fue hasta 1987 que esto dio paso a su restauración, la cual corrió a cargo de Federico Sescosse y con la cual se pudo rescatar la cúpula, la bóveda del presbiterio y la sacristía originales (Aguilar 2021:4). La remodelación se basó en la necesidad de crear un museo, mismo que el 5 de julio de 1990 abrió sus puertas al público como Museo Rafael Coronel (Estrada 2020:35).
Esta remodelación fue impulsada en gran parte para su conservación, ya que en el año de 1972 se expidió la Ley Federal de Monumentos y Zonas Arqueológicos, Históricos y Artísticos, lo que le permitió estar bajo la protección del Instituto Nacional de Antropología e Historia para su resguardo, protección y conservación.
En 2010 el museo fue ampliado en sus instalaciones y su acervo, y en 2019, tras la muerte de Rafael Coronel su colección se consolidó. Actualmente, el Museo Rafael Coronel cuenta con un acervo de 16,000 piezas de arte, entre las que se encuentran 5,000 máscaras mexicanas, por las cuales el sitio es también conocido por los habitantes como el “Museo de las Máscaras” (Estrada 2020: 35, 37).

En el 1993, la UNESCO inscribió en la Lista del Patrimonio Mundial al “Centro Histórico de Zacatecas” (UNESCO 1993); el Conjunto Religioso de San Francisco se encuentra dentro del polígono que comprende dicha inscripción. Posteriormente, en 2010, este centro histórico formó parte de una inscripción más amplia que incluyó cinco sitios ya inscritos en la Lista del Patrimonio Mundial y otros 55 territorios más, ubicados en el llamado “Camino Real de Tierra Adentro”, cuyo trazo de 2600 kilómetros abarca poblaciones desde la Ciudad de México, en el centro del país, hasta Nuevo México en los Estados Unidos (UNESCO 2010). Testigo de ello es una placa conmemorativa colocada un año después en la Plaza de San Francisco, a un costado del ahora Museo Rafael Coronel, en la que se puede leer: “Centro Histórico de Zacatecas, Patrimonio Cultural de la Humanidad/1994/Unesco”.

El 8 de julio de 1959, la Secretaría de Educación Pública emitió una declaratoria en la que se determinan “Monumento Histórico”, todos los edificios religiosos de propiedad Nacional construidos entre los siglos XVI y XIX (Torres 1959: f. 6).