Los lagos de Chalco y Xochimilco se comunicaban a través del lago de Texcoco. Mexicaltzingo estaba en este lugar y fue fundado antes del arribo de los mexicas al Valle de México. El nombre de San Marcos Mexicaltzingo obedeció a la costumbre de la gente que le daba el prefijo cristiano que había que añadir al indígena.
El convento de San Marcos Mexicaltzingo fue construido sobre un basamento prehispánico en 1560 por los frailes franciscanos. Se restauró en 1999 aunque solo en su planta baja, la planta alta desapareció. Los arcos de la capilla abierta fueron tapiados. Actualmente es cede del Centro Juvenil “encuentro dialogo y solidaridad”
En 1946 iba a ser consolidado por encontrarse muy deteriorado. Abelardo Carrillo y Gariel rescató los restos de un Cristo de Caña conocido como el Cristo de códice, porque el esqueleto estaba constituido por escritos en náhuatl. El templo estuvo cerrado unos años desde 1952. En 1954 se clausuró el cementerio y luego de las restauraciones de 1962 y 1969, se trasladaron los restos de los difuntos sepultados al atrio a las criptas que se hicieron en el claustro del Convento o a otras criptas y cementerios, según decisión de los familiares. En 1970 fue restaurado el retablo y el templo.
Por otro lado, el muro testero fue reparado en 1965, tenía barda atrial del siglo XVI que se demolió en el año de 1982.
Se tiene registro de las siguientes intervenciones:
2002 Reparación de grietas en el interior del templo. Obra nueva: construcción de un edificio de dos niveles en el predio colindante al templo para hacer una capilla con Sacristía, el coro, el confesionario y en planta alta aulas, sanitarios y salas de juntas y privadas.
1984 Consolidación de muros, pintura a la cal en muros y fachadas y la impermeabilización de bóvedas.
1983 Excavación en el jardín del atrio, re cimentación del templo colocando pilotes de control. En este año se llevaron a cabo obras de re cimentación en el área del templo y del claustro donde a través de pozos se encontraron, grandes pisos y escalinatas que corresponden a un gran basamento prehispánico, que había sufrido varias etapas constructivas. Se trataba del templo mayor de Mexicaltzingo. Gracias a la ayuda del arqueólogo Eduardo Matos se logró registrar una serie de esculturas superpuestas orientadas al poniente del terreno. Por otro lado también se encontró otra estructura circular en el área del atrio. También con varias etapas constructivas. Como resultado de estas excavaciones se pudo identificar a la etapa II del basamento circular y a la etapa IV del templo mayor como edificaciones realizadas aproximadamente hacia finales del siglo XIII cuando Mexicaltzingo formaba parte de los señoríos culhuas, cuya capital era Culhuacán.
1982 Intervención estructural en el claustro, portal de peregrinos y en el templo.
1978 Se trasladan cinco cajas con material óseo localizado en el claustro del convento.
1977 Refuerzo estructural en el muro sur del claustro. Ribeteo de muros de fachada posterior, calafateo de fisuras en cubiertas y consolidación de la barda de celosía en azotea.
1975 Construcción de una cisterna en el atrio
1951 Se instala una nueva puerta de acceso copiando la original y utilizando el marco original.