El 1 de noviembre de 1609 tras obtener la cédula real para la fundación en la Villa de Selaya [Celaya] el provincial Fray Diego del Águila con la asistencia de los P.P. Franciscanos y Carmelitas (único clero en la Villa) fue colocada y bendecida la primera piedra del Templo y Convento de San Agustín.

Tras la partida del P. Provincial del Águila a Valladolid (Morelia) a mediados de 1610, la obra quedó en manos del primer prior Fray Jerónimo de Morales.

La construcción duró 31 años, de 1609 a 1640, sin embargo la decoración, ornamentación y acabados se fueron realizando en las décadas siguientes.

De 1658 a 1703 se colocaron los ocho retablos que poseía la nave, y fue entre 1712 y 1718 que el claustro del convento fue ornamentado y pintado con lienzos con marcados simbolismos agustinianos.

Tras la exclaustración sufrida por los religiosos en 1860 la Iglesia quedó en manos del párroco local hasta que en 1884 se designó prior al p. Fray Pedro del Socorro, quien realizó cambios importantes en los atavíos colaterales de la nave dado que sustituyó su decorado churrigueresco por uno tipo gótico, con cantera rosa y madera.

Durante este periodo el monasterio fue restituido por el Imperio hasta que en el año de 1876 se expropio definitivamente para ser utilizado como cuartel y más tarde como cárcel municipal, conservándose así hasta 1961 (Archivo Histórico Jorge Enciso). A partir de entonces, según lo dispuesto por decreto presidencial, dicho inmueble se destinó a la Secretaria de Educación Pública para que en él se estableciera un centro cultural llamado “Francisco Tresguerras" (Oficio No. 401-39C-529)


Sara M. Vázquez en el Boletín 3 de “Inmueble Declarados Monumentos en la República Mexicana I” lista al Convento de San Agustín como uno de los monumentos que obtuvieron su declaratoria el 5 de enero de 1933 (Vázquez, 1979) A, sin embargo, en oficios archivados en el Expediente del Templo y ex Convento se menciona como monumento histórico “según la declaratoria expedida por el entonces secretario de educación pública, en oficio número 3372 con fecha del 8 de junio de 1959” (Oficio No. 0448, 1970), (Oficio No. 401-39C-529, 1993).