El actual barrio de Santo Domingo se fundó en 1690 con el nombre de barrio de San José, al congregarse allí algunos naturales labradores descendientes de los Chochones del lugar.

El Cristo del Señor de la Clemencia, según las viejas crónicas, fue traído de España, a su llegada se le instaló en una pequeña capilla de adobe construida por los indios a un costado de la hacienda de Sánchez, conociendosele como la capilla del Calvario. Estando a punto de derrumbarse, los padres franciscanos determinaron trasladarlo al pueblo de San José de Amoles, hoy Cortazar. Cuenta una antigua leyenda que cuando se intentó llevarlo a ese lugar se puso tan pesado que no fue posible cargarlo. Provisionalmente los religiosos optaron, ante tal hecho, llevarlo a la Parroquia que en ese entonces era el templo franciscano, mientras se le levantaba otra capilla en los terrenos de lo que hoy es el templo de Santo Domingo. La capilla fue hecha de adobe, pero se derrumbó en una de las avenidas del río. En 1737 decidieron construir otra de piedra que los vecinos del barrio sacaron del lecho del río, la cual correspondería a la capilla anexa del templo actual.
En base a las inscripciones ubicadas en la bóveda del coro, la portada principal y las laterales se sabe que fueron levantadas
entre 1750 y 1753 terminándose el conjunto el 3 de agosto de 1793. El terreno posterior al templo se destinó para cementerio que funcionó desde mediados del siglo XVIII hasta la segunda década del XX.

En el año de 1767 llegó al conjunto el religioso fray José Morales de la Orden de los Predicadores para solicitar la autorización de fundar un hospicio; una vez autorizada se construyó el edificio a un costado de la capilla del Cristo del Señor de la Clemencia. Los padres dominicos lo tuvieron en uso, sin embargo, nunca llegó a ser de su propiedad; desafortunadamente para 1788 ya no era atendido por los frailes y fue en decadencia (Alejo 2009: 76, 77).

Durante el siglo XIX el edificio del hospicio fue destinado a escuela parroquial y en 1908 se construyó el Hospital de San Vicente de Paul, el cual fue demolido a finales del siglo XX.