Al finalizar la sexta década del siglo XVIII arribaba a Salvatierra don José Ignacio de Polanco, un acaudalado español radicado en la ciudad de México con el propósito de comprar algunas haciendas y formar un mayorazgo amparado con una cédula real otorgada por el virrey don Pedro Cebrain y Agustín y para ese fin compró las haciendas de Santo Tomás, La Concepción y El Refugio (actualmente Santa María del refugio).

José Ignacio de Polanco, que era viudo, no tenía más herederos que su hija, Petra de Polanco, que había profesado con el nombre de Sor María Inés en el convento de las Clarisas Capuchinas de la ciudad de Santiago de Querétaro. Debido a que había hecho votos de pobreza, a la muerte de su padre, no pudo mantener su cuantiosa herencia, fue su deseo fundar un convento de su orden en la ciudad de Salvatierra en memoria de su padre.

Sor María Inés destinó 50,000.00 pesos para este fin y el resto de su fortuna para el convento de Santiago de Querétaro y buscó otros bienhechores para completar el costo de la obra. El capitán don Santiago Ginés de la Parada a quien Sor María Inés le encomendó los trámites y todo lo relativo a la construcción del convento, para lo cual proporcionó una fianza de 25,000 oro y 10,000 más para la manutención de dos capellanes.

La solicitud para la fundación fue aceptada por el rey don Carlos III quien dio su anuencia el 11 de octubre de 1767, ordenando al Virrey y a la Audiencia que se le otorgaran todas las facilidades para la nueva fundación. Los principales bienhechores fueron don Rafael Monterde, conde de la Presa de Jalpa, el bachiller don José Domingo de Orta y don José Luis Frias, éste último fue nombrado síndico del convento.

El proyecto original fue elaborado por don Joaquín de Heredia, arquitecto supernumerario de la corte de México y Académico de Mérito de la Real Academia de San Carlos, pero pronto fue modificado al estilo regional del barroco queretano, dado que la mayoría de los bienhechores eran originarios de esa ciudad (Orozco y Larrea s/a).

Debido a que el solar donde actualmente se asienta la obra era propiedad de los religiosos Carmelitas, don Santiago Ginés de la Parada tuvo que comprárselos en la cantidad de 300 pesos de oro común el 27 de septiembre de 1770.

Aunque para 1798 el convento no estaba completamente terminado, ya era habitable, por lo que la mañana del 11 de junio de 1798, salieron de Querétaro las primeras siete religiosas destinadas para la fundación de la nueva casa conventual. El monasterio se dedicó a la Purísima Concepción y el templo al Seráfico Padre San Francisco. El término de la obra concluyó hasta la primera mitad del sigo XIX, cuando se terminaron de construir las celdas de la planta alta y los últimos detalles del edificio, así como los altares de la iglesia y el coro bajo (Alejo 2009: 102).

Con la aplicación del las Leyes de Reforma, las religiosas Capuchinas fueron exclaustradas el 15 de marzo de 1863, dos años después que los religiosos Carmelitas, Agustinos y Franciscanos que habitaban en Salvatierra; al año siguiente se les permitió volver, sin embargo tuvieron que salir de nuevo en 1867 seguido de un destierro de quince años (Alejo 2009: 130).

En 1862 en virtud de las facultades para disponer de los bienes del clero, se cedió al Ayuntamiento las huertas del exconvento, y en 1886 se llegó al acuerdo de instalar en el edificio el Hospital Civil Manuel González; ese mismo año, con donativos de los señores Argomedo y de don Eusebio González (hijo), dueños de las fábricas textiles de Salvatierra, se trajo la Imagen de la Virgen del Rosario al templo de Capuchinas, culto que promovió el P. Cayetano Núñez al fundar la cofradía del Rosario (Alejo 2009: 144).
Nueve años después se instaló en las antiguas huertas el rastro municipal.

Ya en la cuarta década del siglo XX, con la cooperación de los empleados y obreros de la fábrica La Reforma, se realizó la decoración y el pavimento del templo; cinco años después, con motivo de la celebración del centenario de la fábrica, fue coronada la Virgen del Rosario por el obispo de Tacámbaro don Abrahán Martínez Betancourt (Alejo 2009: 176).

En 1946, al desocuparse la parte del exconvento en donde se encontraba el hospital, se instaló a su vez, la escuela parroquial para niños, que después tomaría el nombre de José María Morelos.

Entre 1961 y 1963 se demolió la vieja casa del capellán de Capuchinas, ubicada en la esquina norponiente de la manzana, donde funcionaba, desde el siglo anterior, la escuela primaria, para crear la plaza de la Hermandad (Alejo 2009: 176).