A instancias del arzobispo fray Payo Enríquez de Rivera y del Conde de Santiago, quien donó este sitio, en 1674 llegaron a México, los religiosos de la Congregación Hospitalaria de Belem. El hospital empezó a funcionar al año siguiente con tres salas; una para indios, negros y mulatos; otra para españoles y, la tercera, para sacerdotes.

Entre 1731 y 1732, se estrenó el claustro, una amplia enfermería y una escuela. Para dar mayor capacidad al hospital, adquirieron, en 1753, varias casas del Mayorazgo de Urrutia y dos baños; encargaron las obras al maestro de arquitectura Lorenzo Rodríguez, quien las concluyó en 1768.

Al suprimirse las ordenes hospitalarias, en 1821, alojó a la compañía Lancasteriana, al Colegio Militar, al "Establecimiento de Ciencias Médicas" y, desde 1836 hasta 1861, a las religiosas de la Enseñanza Nueva. En 1894 se vendió a particulares. Actualmente el espacio es ocupado como sede del Museo Interactivo de Economía.

Por su parte, el templo formó parte del convento y hospital de San Francisco Javier de Betlemitas. La primera piedra la colocó el protector de la fundación fray Payo Enríquez de Rivera y quedó bajo el patronato de Manuel Gómez.

El templo actual se edificó en 1753, inmediato al primitivo. Quedó hundido media vara, en 1771 al colocarse el empedrado de la calle, por lo que se subieron todos los altares y se recortó el retablo mayor, en su segundo cuerpo.

La torre fue demolida en 1822 y, en 1860, se cerró al culto; época en que la Compañía Lancasteriana inauguró en su recinto la biblioteca "Cinco de Mayo", para resguardar los volúmenes de los conventos suprimidos, colección que más tarde se trasladó a la Biblioteca Nacional (1890), cuando el edificio fue adquirido por el periodista Filomeno Mata.

Al quedar en 1892, obstruido su acceso principal, por orden del propietario del atrio, se abrió otro por el lado del presbiterio. Fue adquirido en 1925 por la Secretaría de Educación Pública y, desde 1964, alberga el Museo del H. Colegio Militar.