El pueblo de Chochones fue el primer asentamiento de la ciudad, se ubicó en tierras baldías, a espaldas de donde se construiría el Templo de San Francisco. Sin embargo, su población se vio diezmada por las enfermedades y las epidemias; con su desaparición llegaron las familias españolas de los labradores del valle, repoblándose posiblemente a partir de 1615. Hacia 1626 ya existía una capilla franciscana cuya congregación dependía de la parroquia de Acámbaro.

Con la obtención de la categoría política como pueblo de San Andrés de los Chochones, los labradores del valle solicitaron la erección de la parroquia, pero la antigua capilla no cumplía con los requisitos para administrar con solemnidad los sacramentos. El 13 de junio de 1638, don Juan Gómez Bermejo, vecino del pueblo de Chochones ofreció una sala nueva de 28 varas de largo frente a la iglesia vieja, a cambio de este sitio, solicitó las ruinas de esta antigua capilla y 200 pesos en oro común, seis meses después, el 28 de diciembre de 1638, los hermanos de la cofradía del Santísimo sacramento emitían una declaración manifestando que, la nueva capilla cumplía con los requerimientos y por tanto, podía erigirse en parroquia.

Esta iglesia se dedicó el 30 de noviembre de 1638, fecha de la festividad del Santo Patrono del pueblo de Chochones, el glorioso apóstol San Andrés.

Fue en esta iglesia donde se celebró también en abril de 1644, la misa de acción de gracias con motivo de la fundación de la ciudad de Salvatierra. Años después, los Franciscanos vendieron a los hermanos de la Tercera Orden este sitio para que construyeran el actual templo de San Antonio. Por fin, el 2 de febrero 1643, el obispo de Michoacán, don Marcos Ramírez de Prado erigió el curato, asentándose el 8 de febrero de ese año, la primera partida de bautismo en el libro de registro de mulatos, indios y negros, y el guardián del convento fray Diego Díaz, recibió el nombramiento de primer cura ministro de doctrina. El domingo 4 de diciembre de 1645, se celebraron por primera vez en esta parroquia confirmaciones. El partido de la nueva parroquia del pueblo de Chochones estaba integrado por los pueblos de Urireo, Eménguaro, Tarimoro, y todas las haciendas y rancherías situadas desde el cerro de Culiacán, siguiendo la rivera del río hasta Chamácuaro, Parácuaro y la sierra de Agustinos.

El actual templo y convento de San Buenaventura se edificó en varios solares entregados en calidad de donativo por don Juan Izquierdo, en ese tiempo teniente de alcalde mayor en Chochones. Su construcción provocó muchas presiones que recibieron los religiosos Franciscanos de parte de los comisionados del virrey, para someterse a las Ordenanzas sobre la fundación de conventos e iglesias, de lo contrario sería demolido.
Ante tal situación, los vecinos piadosos se comprometieron a entregar 500 pesos de oro común para su construcción, el Cabildo en apoyo a los religiosos, les otorgó una merced el 1 de enero de 1657, de una calera y cuatro caballerías junto al arroyo de Tarimoro a cambio de celebrar solemnemente y a perpetuidad cada año la fiesta del apóstol San Andrés. La merced fue confirmada por el Duque de Alburquerque y virrey de la Nueva España, el 16 de abril de ese año. La obra se terminó muchos años después, el convento en 1720 y el templo mayor en 1743. Funcionó como parroquia hasta la secularización del curato en 1767 (Alejo 2009: 42-44).

En la tercera década del siglo XVIII el convento custodio temporalmente la Imagen de Nuestra Señora de la Luz, mientras le era construido su propio templo al centro de la ciudad (Alejo 2009: 46).

Durante la Reforma el convento fue desalojado y destechado por completo, quedó desocupado por 40 años, después de ese tiempo fue conocido el templo como “Las Ruinas de San Francisco”, sin embargo, cuando los padres franciscanos regresaron a sus actividades se dedicaron a reconstruirlo con ayuda de los feligreses hasta darle su actual apariencia (Ayuntamiento de Salvatierra 2018).