El convento de la orden franciscana (dedicado a su fundador), que fuera la primera orden religiosa de la Nueva España y la más importante de la ciudad, así como el primer centro educativo y cabeza de la Provincia del Santo Evangelio, llegó con el tiempo a ser un complejo conjunto arquitectónico del cual, actualmente, sólo se conservan restos del antiguo convento, de la portería, del claustro principal (hoy Templo Metodista), los restos de la capilla del Calvario (hoy librería del Fondo de Cultura Económica) y el templo de San Francisco con la capilla de Balvanera.

Su fundación se remonta a 1524, con la llegada de la primera misión franciscana conocida como de "Los Doce", miembros de la Orden de Frailes Menores de Observancia, encabezados por fray Martín de Valencia, quienes venían provistos de la bula omnímoda que contenía, además de amplísimas facultades eclesiásticas, un mandato apostólico para establecer la Iglesia en México. A este grupo se le unió el lego fray Pedro de Gante, quien había arribado un año antes. Se instalaron provisionalmente en una casa situada en la manzana que forman las actuales calles de Justo Sierra, Guatemala, del Carmen y Argentina; mientras construían su convento, a expensas del conquistador Hernán Cortés.

En 1525, tomaron posesión del sitio que les asignó para la fundación de su monasterio, en donde había estado la "casa de las fieras" del emperador Moctezuma. En este mismo año edificaron la iglesia, la primera que hubo en México y a la cual, más adelante, se denominó "iglesia grande"; el presbiterio estuvo cubierto de bóveda, obra de un cantero castellano.

En 1527 se derrumbó y, por órdenes del presidente de la Primera Audiencia, Nuño Beltrán de Guzmán, fue reconstruida, alargándole su coro por medio de arcos.

Fue reedificada una vez más, en 1590, por el arquitecto fray Francisco de Gamboa; quedó concluida en 1602, aunque, por las constantes inundaciones que sufría la ciudad, se fue deteriorando.

Anexa al templo estuvo la primera capilla fundada, hacia 1527, por fray Pedro de Gante, llamada San José de los Naturales, y que contó con siete naves; fue reconstruida a fines del siglo XVI o principios del siglo XVII por fray Francisco de Gamboa. Gante fundó también una gran escuela a espaldas de ésta, la que dirigió por más de cuarenta años, dedicada a la enseñanza de estudios primarios para niños, así como artes y oficios para adultos.

La construcción del Hospital de San José de los Naturales se inició en 1553, tuvo su origen en la Real Cédula de Carlos V, de 1541, que ordenaba la fundación de estas instituciones en los pueblos de indios.

El convento primitivo del siglo XVI, contiguo al templo, constaba de: un pequeño claustro con celdas, un aljibe y un apartamento para el Comisario General"; la enfermería y el noviciado fueron construidos a expensas de fray Juan de Zumárraga, en 1548.

Todo esto fue demolido en 1649 por el fraile Buenaventura de Salinas, quien fabricó la enfermería y un "claustro nuevo".

En 1701, éste último fue objeto de una serie de importantes obras, en las que intervinieron el cantero Antonio de Rojas, quien se comprometió a labrar cuatro lienzos para el claustro alto, con las mismas columnas, arcos y piedras con que contaba el bajo; la obra se terminó en diciembre de ese año y se dedicó a la Inmaculada Concepción de María al año siguiente.

Los arquitectos Feliciano Cabello, Diego de los Santos y Manuel Martínez de Herrera, previa inspección, determinaron la necesidad de la construcción de un nuevo templo, obra que se inició el 4 de noviembre de 1710, bajo la dirección de los dos primeros arquitectos. La "iglesia vieja" quedó como capilla dedicada a San José.

Entre los maestros que intervinieron se cita al cantero Lucas Gómez; al maestro Mateo Pinos, a quien se contrató para la manufactura del colateral mayor, obra que dejó sin terminar, prosiguiéndola el ensamblador y ebanista Juan de Rojas, que también fabricó la sillería del coro; y el carpintero de lo blanco, Juan de Castañeda, armó la cimbra de las bóvedas, dejó terminadas las tribunas y el antepecho del coro.

La obra fue entregada perfectamente acabada el 3 de diciembre de 1716 y la bendijo el arzobispo José Lanciego y Eguiluz. Por esos años, el arquitecto Pedro de Arrieta construyó la escalera principal del convento.

En 1722, el Hospital Real de Indios sufrió un severo incendio, el que se propagó hasta el Coliseo, situado en un patio del hospital. En 1726 se inició su reedificación, y la portada fue colocada hasta el actual Eje Central Lázaro Cárdenas. Al parecer, el arquitecto Jerónimo de Balbás intervino en el proyecto de la iglesia de este hospital.

A mediados del siglo XVIII, el convento contaba con nueve dormitorios, trescientas celdas distribuidas alrededor de dos claustros, dos refectorios con capacidad para quinientos religiosos y una sala de profundis; tenía cuatro escaleras principales, una dedicada a San Buenaventura, que en su primer descanso tenía una puerta que comunicaba con la capilla de Aránzazu; las otras tres, una a la sala de profundis, otra a la antesacristía, con ramales para el claustro principal y el cuarto de lectores, y la última, ubicada en el segundo claustro, conducía al dormitorio de los Comisarios Generales.

El convento franciscano contó con las siguientes capillas: la de San José de Belem o de los Naturales, fundada en el siglo XVI y suprimida como parroquia en 1769, al ser demolida se construyó en su sitio la capilla de la Tercera Orden de los Servitas, dedicada en 1806; la de la Tercera Orden de San Francisco, dedicada a San Luis Rey de Francia que fue rehecha y dedicada en 1727; la de San José de los Españoles, construida a expensas del gremio de los panaderos -al poniente del atrio-, la cual a finales del siglo XVIII tomó el nombre del Señor de Burgos.

En 1629, Cristóbal de Zuleta mandó construir, a su costa la capilla de la Purísima Concepción adosada, por el lado de la Epístola, al templo grande de San Francisco. Los vascos edificaron dos capillas a Nuestra Señora de Aránzazu (Francisco I. Madero 11); una, en el interior del convento "en el descanso de la escalera principal" y, otra mayor, en el atrio, obra de fray Juan Camacho, de la Provincia de San Diego, dedicada en 1688. La capilla de la Segunda Estación subsistió hasta el siglo XVIII y formaba parte de las catorce del Calvario, que ocupaban el centro de la actual Avenida Juárez y llegaban hasta el Convento de San Diego.

La de San Antonio de Padua construida en 1741, sobre la capilla de San Diego de Alcalá, llamada en el siglo XIX de los Santos Lugares, y a adosada al templo mayor por su extremo norte, se edificó en 1791; la capilla de Balvanera y que actualmente se llama de Nuestra Señora de Guadalupe, conserva un retablo churrigueresco que perteneció a Santa Catalina de Siena.

El 8 de diciembre de 1783, se estrenó el altar mayor de la "iglesia grande", inspirado en un alzado de Jerónimo Antonio Gil, época en que los altares barrocos fueron sustituidos por neoclásicos. A mediados del siglo XIX, el convento ocupaba una muy extensa superficie, limitada al norte por la calle de San Francisco (Francisco I. Madero), al poniente, por la Avenida San Juan de Letrán (Eje Central Lázaro Cárdenas), al sur, por la calle de Zuleta (Venustiano Carranza) y al oriente, por casas particulares; además de otras dependencias que estuvieron fuera de estos límites.

En 1856, al ser descubierta en este convento una conspiración contra el gobierno, el presidente Ignacio Comonfort expidió un decreto suprimiendo a la Orden y disponiendo la apertura de una calle, que lo dividió en dos partes, prolongando el callejón de Dolores hasta San Juan de Letrán, demoliendo los edificios y ocupando los terrenos para su "utilidad pública".

Este decreto suprimió el convento y declaró bienes nacionales, los que hasta entonces le habían pertenecido, exceptuando la iglesia principal y las capillas.

Por estos años, la huerta fue fraccionada para viviendas. El arquitecto y agrimensor Manuel María Delgado, dirigió la demolición del edificio, para unir las actuales calles de Independencia y 16 de Septiembre.

En virtud de las gestiones de algunos liberales, los franciscanos regresaron nuevamente al convento, en la parte que les fue designada por las autoridades, conservándose aún, para esta época, once de sus capillas. A raíz de las Leyes de Reforma, la Orden fue suprimida definitivamente.

En 1861, la "iglesia grande" quedó cerrada al culto, fue desmantelada destruyéndose parte de sus retablos, así como las tribunas y la sillería del coro; varias de las pinturas que poseía fueron trasladadas a la Academia de Bellas Artes.

Por esa fecha se inició también la demolición de otra parte del convento y de la capilla de Los Servitas, para prolongar la calle de Betlemitas (hoy Gante); se bajaron las campanas, el convento fue dividido en doce lotes, que se remataron en pública subasta; el lote formado por el claustro y la antesacristía fue adquirido por Eulalio Degollado, quien, en 1864, vendió una parte a Juan Perrot. En 1866, Giuseppe Chiarini determinó instalar un circo en el claustro, abriendo una comunicación hacia la calle de Gante, estas obras fueron realizadas por el arquitecto Luis G. Carrillo, utilizando la iglesia como caballeriza de este espectáculo.

Ante el fracaso de Chiarini, sus propietarios enajenaron la posesión a James Sullivan, quien, a su vez, lo vendió a la Compañía de la Iglesia Episcopal Metodista de Nueva York (Gante 5).

Por su parte la capilla de San Antonio y el Calvario fue vendida a particulares. El terreno donde se ubicaba la capilla de Aranzazu fue usado para edificar el Templo expiatorio de San Felipe de Jesús.

El conjunto del Templo y antiguo convento de San Francisco se encuentra dentro del perímetro A de la Zona de Monumentos Históricos del Centro Histórico de la Ciudad de México (López 1980:9-35).