En este lugar durante 140 años, se instauró el Convento de las Monjas Agustinas Recoletas de Santa Mónica, fundado en 1719, el cual quedó vacío en 1860.

En 1860, las religiosas fueron exclaustradas por el gobierno y el edificio fue subastado. El convento permaneció abandonado hasta que en 1868 fue puesto en subasta pública. El humanista y filántropo, Dionisio Rodríguez, lo adquirió para cederlo en comodato a la Arquidiócesis de Guadalajara, que lo ocupó para que funcionara como seminario hasta el año de 1891, fecha en que inicia su demolición.

De lo que fuera el conjunto conventual agustino del Templo “Santa Mónica”, queda hoy día únicamente el templo y la sacristía.

En 1892, el arzobispo Pedro Loza y Pardavé, al encontrar que el inmueble se encontraba muy deteriorado: la techumbre de viguería arruinada y ante lo grandioso que resultaba la reparación total de la misma, pensó en construir un edificio con otra tecnología y con otros recursos.

Ante ello, consideró oportuno que se realizara este trabajo y puso la obra a concurso, ganándola el ingeniero Antonio Arróniz Topete, quien hizo un diseño que fue aplicando de manera gradual, desde 1892, de manera que los seminaristas pudieron continuar usándolo hasta la demolición total en 1898. El edificio fue concluido en 1902 y fue inaugurado el 18 de octubre de este mismo año.

En 1902, los seminaristas fueron reintegrados al edificio, el cual además de ser un conservatorio para la formación de líderes espirituales, contaba con una de las bibliotecas más grandes de la ciudad (con alrededor de 15 mil ejemplares); laboratorios de biología, química y física; y el primer Observatorio Astronómico que hubo en Guadalajara.

Sin embargo, el 8 de julio de 1914, cuando las obras aún no se habían terminado por completo, bajo el comando del Ejército Constitucionalista, Álvaro Obregón tomó la ciudad y el Seminario se convirtió en un cuartel.

Fue Cuartel General de la XV Zona Militar hasta el 2011 año en el que se instaló el Museo de Arqueología de Occidente, con piezas prestadas por el mismo Instituto Nacional de Antropología e Historia, mismas que fueron retiradas y salvaguardadas una vez que existió el cambio de giro a oficinas gubernamentales.

En el 2012, deja de ser museo, instalándose en él, las Oficinas Gubernamentales de la Secretaría de Cultura Estatal.