Como antecedente prehispánico del lugar en que se encuentra el Panteón de Dolores, los sitios de Acatitlán Coscacoacoaco localizados sobre Chapultepec y que llegaban más allá de Atzcapotzalco fueron conquistados por el rey Ahuizotl y más tarde el rey poeta Netzahualcoyotl y Moctezuma II los utilizaban como huerta y espacio de recreación. Después de la conquista pasó a manos de Cortés con sus mismos nombres y extensión. Parte de estas tierras fueron donadas para la fundación de pueblos y otras pasaron a ser propiedad de la ciudad de México. El Rancho de Coscacoaco ("barranca honda") se conoció también como Rancho Viejo porque fue el primer rancho fundado en América por Cortés. El sitio Coscacoaco se mercedó a Juan Ramírez de Cartagena y en 400 varas de él se fundó el Molino de pan de Nuestra Señora de Betlehem en agosto de 1725.
En 1733 el Molino de Belem y el sitio de Coscacoacoaco fueron vendidos a Juan Faustino de Mexía y más tarde, en 1742 se adjudican las tierras a la Compañía de Jesús. En 1781 pasan a manos de Juan José Oteiza y Vértiz; más tarde José María Fagoaga las adquiere; posteriormente Felipe Miranda Avilés las compró y después las vendió a la Sociedad Benavides de la Torre e hijo. José Inés de Salvatierra las obtuvo en 1861 y sus sucesores las vendieron a Enrique Gosselín en 1869. Finalmente, por remate judicial del 30 de enero de 1874 pasó a la Sociedad Benfield, Breker y Compañía.
La historia del Panteón es al mismo tiempo romántica y triste contada por el nieto del fundador, quien señaló:
William Stephen Benfield llegó a México en 1835 debido a que su esposa estaba muy enferma (de tuberculosis) y el doctor le recomendó venir a este país en donde por su clima y altura sería el único lugar en donde podría salvarse, objetivo que logró ya que murió casi de noventa años. Sin embargo, no todo fue alegría ya que a su llegada, en Veracruz su hijita adquirió el cólera morbus que asolaba a la población por lo cual murió. La tuvo que sepultar en la playa ya que no lo dejaron hacerlo en el atrio del templo porque era anglicano. Entonces prometió que formaría un panteón y que sus descendientes serían católicos. Al poco tiempo compró los terrenos del molino de Belém, en donde instaló una fábrica de papel de trapo como las que ya había fundado en Santa Teresa, Loreto y Peña Pobre. Fundó otras empresas como la fábrica de papel tapiz de Puerto Pinto, la fábrica de cartón de Puente Blanco y la fábrica de loza de Niño Perdido. Al retirarse de los negocios, se los dejó a su hijo Juan Manuel Benfield quien ya había nacido en este país. Juan Manuel formó la Sociedad Benfield, Brecker y Compañía con la cual en 1874 obtuvo licencia del gobierno para fundar un campo mortuorio en una parte del Rancho de Coscacoacoaco denominada "Tabla de Dolores", de donde obtuvo el nombre el Panteón. Fue inaugurado el 13 de septiembre de 1875, siendo el General Domingo Gayosso el primer personaje enterrado aquí. Al conceder la licencia, el gobierno estipuló, en su artículo 12, que el mejor lugar del mismo debería destinarse para enterrar mexicanos distinguidos que de alguna manera hayan dado prestigio a la patria; siendo éste, el origen de la Rotonda de los Hombres Ilustres. El primer personaje enterrado aquí fue el Teniente Coronel Pedro Letechipía el 21 de marzo de 1876.
En enero de 1878 el presidente de la República mandó un comunicado en el que señaló que como no se había cumplido con todo lo señalado en el contrato como las obras de las cascadas y el río, la concesión sería por 25 años. A pesar de ese comunicado, desde 1879 se había celebrado un contrato de compraventa entre el gobierno y la Compañía en el que el primero pagaría por el cementerio $130.000.00 en mensualidades de $1,500.00, el cual no se cumplió. En mayo de 1880 se modificó la escritura del año anterior, realizándose la definitiva, por la que se pagaron $66,500.00 por el panteón. Entonces, pasó a ser oficialmente dependencia del gobierno por escritura del 17 de mayo ante Notario Lic. José Villar y Marticorena en la que se asienta que el Panteón tenía una superficie de 1,000.000.00 de varas cuadradas (702,244.00 m2, considerando la vara a 0.738m).
En septiembre de 1879 se celebró un contrato para establecer un ramal de la vía del ferrocarril de Chapultepec al Panteón de Dolores. Tiempo después se estableció un ferrocarril interior para trasladar los cadáveres dentro del cementerio.
Algunos años más tarde, en 1892 el gobierno compró a Manuel Cuevas Rubio como gerente y representante de la Sociedad Cuevas y Velasco un terreno de 421,520.00 m2 que pertenecía al Molino del Rey, aumentando así la superficie del panteón a 1,120,416.00 m2.
Antes de vender el Cementerio la Sociedad había dado concesiones para establecer lotes dentro del mismo, por lo que el gobierno tuvo que aceptar las concesiones que había dado la Sociedad Benfield, Brecker y Compañía y empezó a otorgar otras. Algunos lotes han desaparecido y otros aún se conservan, entre ellos: Alemán, Italiano, Unión y Concordia, Colegio Militar, “Defensores de la República y sus descendientes, “Diputados Constituyentes, Asociación Nacional de Actores y Águilas Caídas, entre otros.
Poco a poco se fueron clausurando los panteones que existían en la antigua ciudad de México y los restos que quedaron en ellos se pasaron al de Dolores, entonces prácticamente se convirtió en el panteón general de la misma ciudad.
Durante muchos años, el Panteón de Dolores, fue como una gran comunidad donde algunos trabajadores vivían; había capilla, osario, oficinas, escuela, lavaderos, baños, dispensario, caballerizas, invernadero, garitones para vigilar las entradas, anfiteatro, etcétera, y hasta tuvo un ferrocarril de intercomunicación. Conforme fue creciendo la ciudad se fueron construyendo nuevos cementerios civiles, quedando el de Dolores como uno de los más antiguos y el de mayor extensión.
(Herrera 2007. pp. 14-27).
En el primero de septiembre de 1932 la Dirección de Monumentos Coloniales y de la República propuso en una junta se declarará Lugar de Belleza Natural al Bosque de Chapultepec, sin embargo, fue hasta el 29 de ese mismo mes que la proposición fue aprobada por unanimidad de los miembros de la Comisión de Monumentos y Bellezas Naturales. El inmueble está ubicado dentro del perímetro del área declarada Lugar de Belleza Natural, Bosque de Chapultepec, en la Ciudad de México (Enciso 1933).
El conjunto, junto con los monumentos funerarios del siglo XIX, son monumentos históricos de acuerdo a los artículos 35 y 36 fracción I de la Ley Federal sobre Monumentos y Zonas Arqueológicos, Artísticos e Históricos publicada en el Diario Oficial de la Federación, el 6 de mayo de 1972, que establece: “por determinación de esta Ley son monumentos históricos: Los inmuebles construidos en los siglos XVI al XIX, destinados a templos y sus anexos; arzobispados, obispados y casas curales; seminarios, conventos o cualesquiera otros dedicados a la administración, divulgación, enseñanza o práctica de un culto religioso; así como a la educación y a la enseñanza, a fines asistenciales o benéficos; al servicio y ornato públicos y al uso de las autoridades civiles y militares y las obras civiles relevantes de carácter privado realizadas de los siglos XVI al XIX inclusive” (Ley Federal sobre Monumentos y Zonas Arqueológicos, Artísticos e Históricos 1972: 9).
El Panteón Civil de Dolores se ubica dentro del polígono de protección del proyecto "Bosque, Cerro y Castillo de Chapultepec" considerado en la Lista Indicativa de Patrimonio Mundial, emitida por la UNESCO (UNESCO 2001).
Nota: En el Catálogo de 1999 se incluyó una ficha para describir la portada (No 090110590002); en la actualización de 2016 se decidió que esa información se incluyera en esta ficha, por lo que la anterior desaparece.