El conjunto de San Francisco se ubica en la parte media del cerro de San Miguel, su emplazamiento es de poniente a oriente. Éste fue uno de los sitios desde el cual los franciscanos llevaron a cabo su labor evangelizadora en la segunda mitad del siglo XVI. Dentro de la ciudad de Atlixco, además de este inmueble, encontramos una capilla de la Tercera Orden y el templo y antiguo convento de Santa Clara, que complementan los tres grupos formados alrededor de la prédica franciscana.

Este conjunto fue declarado Monumento Histórico el 5 de octubre de 1933. En el "Dictamen para fundar la declaratoria de monumento de la Iglesia y Ex-convento Franciscano de Atlixco, Pue.", que obra en el expediente del Archivo Histórico Jorge Enciso, de la Coordinación Nacional de Monumentos Históricos del INAH (foja 10), se consigna la siguiente información:

"DATOS HISTÓRICOS.- Convento de la Provincia del Santo Evangelio y de la advocación de Santa maría de Jesús, fundado a mediados del siglo XVI en Acapetlahuaca, barrio indígena de la VIlla española de Carrión, hoy Atlixco.- En 1585 el edificio estaba terminado.

DESCRIPCIÓN DEL INMUEBLE.- La iglesia es de una nave cubierta con bóvedas. Al frente hay una portada que conserva ligeramente modificadas las características de la época de su construcción. El campanario parece de fecha más reciente. El edificio está rematado por un pretil adornado con originales cruces.
A un costado se abre un importante portal en el cual hay un arco que parece haber sido de la primitiva capilla abierta.
El claustro se compone de dos cuerpos formados por arcadas rebajadas.
Anexa hay una capilla cuya portada muestra ornatos de ejecución indígena. Esta pequeña capilla está techada con una pequeña cúpula."

El documento está fechado el 5 de octubre de 1933 y firmado por el Jorge Enciso, representante de la Dirección de Monumentos Coloniales y de la República.