El conjunto del templo y antiguo convento de San Agustín se encuentra ubicado en la parte sur de la ciudad de Atlixco, con un emplazamiento de poniente a oriente. La planta de la iglesia es de cruz latina con cúpula octogonal en el crucero y una torre ubicada al costado sur.

Aunque el templo tiene como patrona a Santa Cecilia, el programa iconográfico está dedicado principalmente a la vida de San Agustín y a la orden fundada en su honor.

Si bien la presencia agustina en Atlixco data del siglo XVI, el templo presenta características que lo hermanan más a los siglos XVII y XVIII. Los detalles históricos del templo y el convento se encuentran en sus fichas correspondientes.

Este conjunto fue declarado monumento histórico en 1949. Dentro del "Dictamen para justificar la declaratoria de Monumento de la iglesia de San Agustín y de las ruinas del antiguo convento del mismo nombre...", firmado por el entonces director de Monumentos Coloniales, Manuel Toussaint, se consigna la siguiente información:

"Se trata de un monumento barroco del Siglo XVII. Conserva la barda de su atrio almenada y con dos portadas de ingreso. Las del templo ofrecen el mismo estilo: barroco sobrio característico de mediados del Siglo XVII. La Iglesia ofrece planta de cruz latina con una cúpula en el crucero ricamente ornamentada con relieves.

Las ruinas del convento dejan ver un amplio claustro cuyas arquerías y pilares están edificados en ladrillo.

El plano que se presenta indica claramente la disposición del antiguo edificio.

Como existe el proyecto de reconstruir el claustro, es necesario declarar monumento todo el edificio a fin de que las obras que se hagan en él no se aparten del estilo primitivo."

La restauración de la que habla Toussaint se realizó de manera adecuada, por lo que el inmueble presenta una imagen mejor de la que él debió conocer.