El templo y ex convento de Santa Clara se ubica en la parte norte de la ciudad de Atlixco; junto con el templo de San Francisco y la capilla de la Tercera Orden, complementa los espacios religiosos de las tres agrupaciones fundadas alrededor de la figura del santo de Asís.

Presenta la disposición tradicional de los conventos de monjas novohispanos, con dos portadas laterales, y una sola nave.

El convento y su templo anexo fueron fundados el 2 de febrero de 1618 para uso de monjas clarisas de la orden franciscana en terrenos cedidos por el Lic. Antonio Pérez de las Casas, Marqués de Guadalcázar y presidente de la Real Audiencia, a pedimento de la Provincia del Santo Evangelio de México, hecha por Fray Alonzo de Paz Monte Rey, Procurador General el 27 de mayo de 1617.

El 10 de diciembre de 1862, el General González Ortega mandó desalojar 5 conventos de monjas para ocuparlos con artillería y municiones; no obstante las clarisas de Atlixco fueron expulsadas a Puebla hasta 1864. Con la llegada del Emperador Maximiliano de Habsburgo, fueron trasladadas al Convento del Carmen, donde estuvieron hasta 1868. El 2 de diciembre de 1886 se realizó la primera venta de una finca, a favor de Dª Adelaida Figueroa. La familia Pérez Figueroa adquirió la propiedad por eescritura de 4 de diciembre de 1906.

En 1908 D. Sixto Contreras compró a la familia Pérez Figueroa el predio conocido como Ex Convento de Santa Clara.

En 1914 las monjas compraron la casa anexa al templo de San Félix y el 10 de agosto de 1926 fueros expulsadas. El 13 de mayo de 1966 se nacionalizó el templo.

Única fundación de religiosas que hubo en esta localidad, realizada entre 1617 y 1618 con monjas del convento de San Juan de la Penitencia de México. La iglesia actual data de la segunda mitad del siglo XVIII. A principios del s. XIX templo y convento fueron dedicados al Corazón de Jesús. A raíz de la Reforma, la orden fue suprimida; quedando el convento como casa vecindad. Hacia 1989 se le conocía como la “Casa del Pueblo”.

El conjunto ha sufrido varias modificaciones a lo largo del tiempo; actualmente el claustro está ocupado por una escuela, mientras que el templo fue dividido, utilizándose la parte norte como sala de cine durante un tiempo; en estos momentos ese espacio está sin uso. La sección que continúa abierta al culto católico se encuentra al sur y sólo se accede a ella por la puerta del mismo lado. El interior se encuentra en malas condiciones, lo que ha afectado el estado de conservación de los bienes muebles.

Datos orales mencionan que la sección norte del templo fue convertido en cine y teatro en los años 40.