El inmueble comenzó su construcción en 1870 a petición de don José María del Refugio Guerra y Alba, segundo obispo de Zacatecas, con el fin de albergar el Seminario Conciliar Tridentino de la Purísima. El arquitecto don Sixto Espinoza fue el que realizó el trazo de la planta, esto por órdenes de quien sería el primer rector: don Agustín de Jesús Torres (Museo de Arte Abstracto Manuel Felguérez: 1). Entre algunos de los estudiantes del seminario se encuentra el poeta Ramón López Velarde, quien acudió entre 1900 y 1902.

El seminario funcionó como tal hasta 1924 cuando el 24 de junio fue ocupado y saqueado por las tropas villistas, posteriormente fue usado como cuartel militar y como vecindad hasta que finalmente cayó en desuso (Museo de Arte Abstracto Manuel Felguérez: 2).

Hacia 1964 el inmueble pasó por trabajos de rehabilitación pues se instaló una cárcel, de hombres y mujeres, que funcionó hasta 1995; dicha rehabilitación supuso grandes cambios en su estructura. Para 1995, el gobierno federal trasladó a los reos al nuevo CERESO de Cieneguillas y, en 1997, comenzaron los trabajos de restauración y adecuación del inmueble para instalar lo que sería la primera etapa del actual Museo de Arte Abstracto Manuel Felguérez (Museo de Arte Abstracto Manuel Felguérez: 4).

El Gobierno del Estado invitó a Manuel Felguérez a crear un museo con su obra por lo que, después de buscar un espacio adecuado, se eligieron las instalaciones del antiguo seminario, empezando así con los trabajos de rehabilitación que vieron fin en septiembre de 1998, cuando el museo abrió sus puertas (Museo de Arte Abstracto Manuel Felguérez: 5).
Un años después, en 1999, se entregó todo el inmueble para la ampliación del museo.

En 1993, la UNESCO inscribió en la Lista del Patrimonio Mundial al “Centro Histórico de Zacatecas” (UNESCO 1993); este inmueble se encuentra dentro del polígono que comprende dicha inscripción. Posteriormente, en 2010, este centro histórico formó parte de una inscripción más amplia que comprendió cinco sitios ya inscritos en la Lista del Patrimonio Mundial y otros 55 sitios más, situados en el llamado “Camino Real de Tierra Adentro”, cuyo trazo de 2600 kilómetros abarca poblaciones desde la Ciudad de México, en el centro del país, hasta Nuevo México en los Estados Unidos (UNESCO 2010).