El 22 de mayo de 1826, en la Ciudad de Comitán, Don Casimiro Pérez donó un solar para construir un oratorio público en honor al Patriarca San José. El 18 de abril de 1827, dieron la licencia para dicha construcción el Obispo Don Vicente Zapata y el secretario del H. Ayuntamiento, Don Marcial de Campo Seco.

Para dar permiso para la construcción del oratorio (ermita y cementerio), firmaron el acuerdo Don Manuel Urbano y Don Marcial de Campo Seco, a expensas y devoción del ciudadano Casimiro Pérez, quien la realizó para poner en ella la imagen de San José, talla de madera, misma que aún se conserva en la actualidad en el templo.

El cura Don Juan Paniagua informa, con fecha 6 de julio de 1855, que “en Comitán hay cuatro templos que son: el de Santo Domingo de Guzmán, que es el principal; el común y auxiliar de éste, que es el de San Sebastián; la Ermita de Jesús de Nazareno propiedad particular de Doña Micaela Gordillo y la Ermita de San José, propiedad de los herederos de Don Casimiro Pérez: su esposa doña Sebastiana Román, sus hijas Carmen y Josefa Pérez y el presbítero Don Miguel Pérez”.

En el año de 1902, cuando el volcán Santa María hizo erupción, no sólo en Guatemala sino también aquí, fueron tan fuertes los temblores que el oratorio se cuarteó y tuvo que demolerse. Para construir el templo que hoy existe se hicieron los trámites necesarios y el día 1 de septiembre de 1910, se colocó la primera piedra, siendo Obispo el Ilustrísimo Señor Don Francisco Orozco y Jiménez; y siendo Cura y Párroco de Santo Domingo, Don Delfino Corzo.

La señorita Rosa Román, se abocó a la tarea de construir el templo y, para ese caso, contrató al señor Trinidad Abarca, que era albañil. Se conjugaron dos estilos en la construcción. Esto se debió a que de unas fotografías se sacaron la fachada que es gótica (o neogótica) y la cúpula románica, dándole con esto el privilegio de ser la única con estas características en el estado de Chiapas. Fue objeto de obras de reparación en 1945. En 1980 se encontraba en obra, debido a que un rayo derribó el remate de una de las agujas de la torre.

La imagen de San José, que hoy se venera en el altar mayor, fue traída de la ciudad de México por la señora Eliezer Armendáriz. Los vitrales fueron donados por los Señores Abelardo Cristiani y familia, Elías Cordero, Raimundo Guillén, Alfonso Gordillo, Adolfo Nájera, Eliezer A. Vda. De Culebro, Don Mariano Armendáriz del Castillo, Margott W. de Armendáriz del Castillo y familia y el doctor Octavio Esponda y familia.

El mes de febrero del año de 1983, fue colocado el órgano electrónico traído de la ciudad de México. Cabe decir que fue la primera iglesia, en esta ciudad, que tuvo piso de mosaico; el cual fue traído del estado de Puebla.

Inmueble incluido en el Decreto de Zona de Monumentos Históricos en la Ciudad de Comitán de Domínguez, Diario Oficial de la Federación (Zedillo, 2000:93).

El 8 de Julio de 1959, la Secretaría de Educación Pública emitió un documento en el que se declara “Monumento Histórico” todos los edificios religiosos de propiedad Nacional construidos entre los siglos XVI y XIX (Torres 1959: f. 6).