La orden reformada de los carmelitas llegó a la Nueva España en el año de 1585 y a la ciudad de San Luis Potosí en 1743. La provincia de San Alberto, designó a Fray Nicolás de Jesús María como comisario para atender lo relacionado con la fundación del templo y del convento de la Orden del Carmen. Los gastos de dicha fundación se le atribuyen a Don Nicolás Fernando de Torres, quien en 1732 legó la mitad de sus bienes, para la obra. Entre sus pertenencias donadas se encontraban las haciendas de Pozo y Peotillos. A la muerte de don Nicolás Fernando de Torres, sus restos fueron enterrados en el presbiterio de la iglesia (Martínez 1986: 412).
El 29 de enero de 1749 se inició la cimentación del templo bajo las órdenes de fray Juan de los Reyes. Para 1758, el prior fray José de San Ambrosio hizo una descripción del avance de la construcción del convento, el cual estaba constituido por 35 celdas, varias oficinas y un recinto de cinco bóvedas al sur del templo. El 14 de octubre de dicho año se dio la orden para mudarse al nuevo convento. En este año también se terminó de construir el oratorio, el cual contaba con un retablo dorado dedicado al Niño Jesús.
El templo fue concluido el 15 de septiembre de 1763, y el 13 de octubre del mismo año, el templo y convento fueron bendecidos, la misa de celebración se llevó a cabo por el prior del convento de San Francisco, fray Joaquín de Bocanegra, a quien el provincial carmelita fray Juan de los Reyes cedió el honor. El día 15 de octubre se realizó la dedicación al Carmen con una misa celebrada por el fraile franciscano. En 1782 se edificó una librería por iniciativa de fray Francisco de San Pedro y se construyó la portería al poniente, haciendo escuadra con la fachada del templo,
En 1856 los conjuntos conventuales y templos fueron modificados por promoción del gobernador Anastasio Parrodi. Así, el convento del Carmen fue mutilado, con la demolición de los arcos, la balaustrada del atrio y las bardas, para abrir la calle de Villerías. Un año más tarde la huerta fue adjudicada al Ayuntamiento y en 1859 se convirtió en la alameda. Por lo cual se demolieron las bardas y las diferentes entradas que se encontraban en la huerta, los estanques piscícolas y otras construcciones ubicadas en ella; en julio de ese mismo año, los carmelitas abandonan el templo y convento. (Sistema de Información Cultural: 1)
En este año el ministro de guerra y general en jefe del ejército el general Santos Degollado, quien se encontraba de paso por San Luis, autorizó concediendo que el inmueble fuera transformado y ocupado como el palacio de justicia y penitenciaría. Fue demolido de igual forma el altar principal y posteriormente Francisco Eduardo Tresguerras construyó el actual, el cual ha sido definido como estilo neoclásico, siendo el prior fray Gregorio de la Asunción.
Para 1880 el convento fue ocupado como cuartel; haciendo uso del inmueble por los soldados de infantería y artillería de las fuerzas de San Luis. En 1881 nuevamente fue alterado el conjunto en la zona del claustro, para dar paso a la calle de Iturbide. En 1886 el obispo Ignacio Montes de Oca y Obregón mandó construir junto al templo el colegio del Sagrado Corazón (hoy México), institución bajo el resguardo de las Madres Josefinas.
En 1889 el área que quedó cercana a la calle de Iturbide fue demolida y vendida en tres lotes. El templo y convento quedaron en forma aislada ya que se iniciaron los trabajos de demolición que aún quedaban en la parte sur, para iniciar la construcción del teatro de la Paz.
En acta del 1 de marzo de 1923, la casa cural le entregó el inmueble a la delegación federal de salubridad pública, la que destinó la planta baja para sus oficinas. Por contrato del 6 de octubre de 1928 se rentó el segundo piso a la logia Mariano Arista. Posteriormente se entregó al gobierno del estado el Colegio del Sagrado Corazón, para que se formara un asilo infantil.
De 1993 a 1996 se realizaron trabajos de restauración en las azoteas del camarín, el templo, oratorio, el sagrario y las cúpulas.

Con relación al convento, el tercer nivel fue agregado por las monjas josefinas, quienes continúan con su custodia desde la segunda década del siglo XX, además de la mitad oriente del primer nivel; mientras que la planta baja y segundo nivel fue ocupado por las oficinas de la Secretaría de Salud hasta 1993, ya que en este año fue reubicada, quedando los recintos en desuso. El 11 de junio de 1998 fue publicado en el Diario Oficial de la Federación, un acuerdo secretarial (Secodam) el cual destinó el ex convento del Carmen, al servicio del Gobierno del Estado de San Luis Potosí, a efecto de que fuera utilizado como un museo de arte virreinal. (Sistema de Información Cultural: 1)

Información Histórica; Guillermo Analco Reyes