2. Una vez erigida esta Diócesis el año de 1863 por la Bula Deo Optimo Maximo de S.S. Pío IX, fue constituida Catedral la iglesia parroquial de Santiago, de la cual fue trasladada a la de San Francisco el 25 de Julio de 1865, de allí fue llevada a la Congregación de 1911, en la que permaneció hasta el 15 de agosto de 1920, día en que, por gestiones del Excmo. Y Rvmo. Sr. Dr. D. Francisco Banegas, se llevó definitivamente a la de San Felipe Neri. / El P. Ruiz, en la ceremonia de la consagración del nuevo altar, el día 25 de marzo de este año, festividad de la Anunciación de la Santísima Virgen María, las describió brevemente ( cfr. Boletín Eclesiástico de mayo, pág. 131 y 132 ). Terminadas esas obras, con la colocación del pavimento de mármol en todo el interior, lo bendijo nuestro Prelado el día de Pentecostés. Una nueva cripta, muy decente, fue bendecida e 30 de julio, después de un solemne funeral ofrecido en sufragio de las almas de los seis Sres. Obispos difuntos que han gobernado esta Diócesis desde su fundación, cuyos restos mortales fueron llevados a esa cripta y sepultados después de la bendición de ella. / A lo dicho por el P. Ruiz añadiremos que en general se ha hecho un trabajo de revalorización de los elementos arquitectónicos y constructivos que ya tenía nuestra catedral desde su construcción, como limpiar toda la cantería tan abundante como la de otras iglesias de esta ciudad, y toda ella artísticamente labrada; proveerla de una sede digna para el prelado y una elegante sillería para los Sres. Canónigos y Mansionarios, de un altar labrado en un solo block de mármol, puesto de cara al pueblo, y de un mobiliario mas sencillo, dando con todo lo hecho la impresión de mas amplitud y sobriedad. / A nuestro humilde juicio, salvo meliori, ganaría en unidad y cuadraría mejor con lo que han sido nuestras iglesias coloniales, si de la sede hacia arriba se llegara algún día a construir un retablo de cantera, que hiciera juego con los dos de los altares laterales, en lugar de los repisones que sostienen las tres hermosas esculturas, los cuales resultan pesados y no dicen con el estilo general de la iglesia. Tomado del libro “Templos de la Ciudad de Querétaro”.
2. "Este templo fue bendecido por el Cura D. Miguel Hidalgo y Costilla en 1800. Son muy hermosos su Dolorosa, obra de D. Mariano Arce, y el órgano, obra de J. M. Suárez." Tomado del libro " Las Calles de Querétaro "
2. "La fundación del oratorio y Congregación de San Felipe Neri principió en el año de 1755 por el P. Fr. Martín de San Cayetano y Jorganes, y habiéndose depositado las licencias respectivas, merced a los esfuerzos del conde de Revillagigedo, virrey de México, se dijo en este templo la primera misa el 21 de noviembre de 1763. Como la primera iglesia era sumamente chica, empezó a construirse la grande el 8 de diciembre de 1786, contribuyendo D. Melchor Noriega, caballero de la orden de Santiago, con veinte mil pesos. Muerto este caballero, quedó la obra en suspenso por algunos años, hasta que Doña María Cornelia Codallos dejó gran parte de sus bienes para la conclusión, que se verificó en 1804. El P. Fr. Dimas Diez de Lara fue el que se entendió directamente con la obra y el que mandó construir un rico tabernáculo de alabastro y piedra jaspe, para el altar mayor... generalmente se creé que el órgano de su coro es de los mejores que hay en esta ciudad. El resto del edificio, como todos los que se destinaron para servir de cuarteles, está sumamente destruido y nada contiene digno de especial mención." (sic) Tomado del libro "Guía del Viajero en Querétaro".
2. Los trámites para conseguir el establecimiento del Oratorio se iniciaron desde 1757, cuando el padre Martín de San Cayetano Jorganes, de la villa de San Miguel el Grande, dió poder a Juan José de Eguiara y Eguren, canónigo de la catedral metropolitana, para impetrar la licencia real y papal para la fundación. Antes de expedirse una licencia se solicitaban informes al virrey, al obispo y a las distintas comunidades religiosas de la localidad donde se pretendía establecer la nueva congregación, para saber si causaría beneficio u ocasionaría algún perjuicio económico a la población civil o a la religiosa.
La bula papal de 16 de mayo de 1760, permitió al padre Marcos de Ortega establecer el Oratorio de San Felipe Neri en esta ciudad, lo que se verificó en 1763. Se justificaba la fundación, según el informe del virrey
...por la virtud, aplicación y esmero con que los padres de el Oratorio de San Felipe Neri de otros lugares se aplican a la conversión de las almas y aumento, sin pensionar a la ciudad ni a las religiones mendicantes, por mantenerse de las capellanías que obtiene, e irse aumentando considerablemente aquella ciudad...
El arzobispo decía:
...por dedicarse los padres de este instituto infatigablemente al púlpito y confesionario, entregándose noche y día al auxilio de los enfermos en casas y hospitales, y con más particularidad en tiempo de pestes y epidemias, como se reconocó el año de 1737, en que llegó el celo de estos padres a sustentar más de mil enfermos diariamente, habiendo confesádose en su iglesia el año santo más de cuarenta mil personas sin que jamás la conducta de alguno de ellos haya merecido la más leve censura.
Al igual que las demás órdenes religiosas establecidas en la Nueva España, fabricaron un pequeño templo para las celebraciones litúrgicas, mientras se construía otro de mayores dimensiones, de materiales resistentes y donde pudiese caber la mayor parte del pueblo.
En 1766 las monjas de Santa Clara les vendieron unas casas en la calle del convento de San Francisco que va para el camino de Celaya (Madero) esquina con el callejón de la ayuda de parroquia del Espíritu Santo hacia el río (Ocampo), cuyo primer frente tenía 38 varas y el del callejón 56, en la cantidad de 1,700 pesos. En este terreno se construyó el edificio nuevo. Años más tarde se consulta al arquitecto Ignacio Castera para la distribución espacial del templo. Él envió una carta en 1786 donde establecía las dimensiones y proporciones convenientes para una iglesia "particular", como llamaba a las de su tipo, para diferenciarlas de las catedrales y de las parroquias. Las medidas que da Castera se acercan mucho a las del edificio actual.
Uno de sus principales benefactores fue Melchor de Noriega y Cobielles, quien erogó más de veinte mil pesos en la construcción del edificio. Se colocó la primera piedra el 8 de diciembre de 1786.
El 16 de mayo de 1800 se trasladaron a su nueva casa los miembros de la Congregación, aunque todavía no estaba terminada. En 1805 se concluyó el templo, fue dedicado el día 19 de septiembre por el presbítero Dimas Díez de Lara, quien entre limosnas y rifas dio cumplimiento a la obra. Como en toda celebración de este tipo hubo una solemne procesión. La encabezaron los indios, le siguieron las distintas comunidades religiosas, con la imagen cada una de su santo patrón, después el clero que llevaba al Santísimo bajo de palio y al final el Ayuntamiento. Los oratorianos que esperaban en el atrio de San Felipe, al venir hacia ellos la procesión le salieron al encuentro en la segunda calle de Santa Clara. Los días posteriores hasta el octavo fueron de liturgias, fiestas y juegos pirotécnicos.
Durante más de cien años estuvieron los oratorianos en su casa y templo, hasta 1916, se cuenta que hasta que murió el último, lo cual quiere decir que esta comunidad dejó de renovarse. Sin embargo al igual que las demás congregaciones religiosas ésta tuvo que abandonar temporalmente su templo hacia 1860, para cumplir con lo estipulado en las Leyes de Reforma. En 1864 volvieron los religiosos a ocupar su casa y a celebrar en el templo, así lo permitió el malogrado emperador Maximiliano de Habsburgo. Vivieron entonces cuatro sacerdotes y un evangelista, según la carta del presidente del Oratorio, Antonio María Luna, al gobernador de la mitra:
La iglesia está abierta, el convento está muy destruido, casi en estado de ruina, no se cuenta con recurso alguno para su reparación pues no hay ni para lo muy necesario para el culto, porque lo que se colecta cada mes de la suscripción que a este fin hay, por la piedad de algunos particulares, es muy insignificante, teniendo por lo mismo que hacer muy grandes sacrificios esta congregación, puesto que sus individuos están también en la miseria.
Durante el sitio de la ciudad el convento fue convertido en cuartel. En 1894 se restauró el interior del templo ...al estilo de la época, haciendo magnífico efecto el dorado sobre la bruta cantera, seguramente Valentín Frías se refiere a los retablos neoclásicos, cuya piedra de cantería hoy se ve limpia. El mismo autor dice que fue la señora Galeana quien costeó los gastos de aquella renovación.
En 26 de enero de 1862, por la bula Deo Optimo Maximo, el papa Pío IX creó la diócesis queretana. Ejecutó la erección Jesús Díez de Sollano el 7 de febrero de 1864. Se estableció la sede primero en la parroquia de Santiago, luego en el templo de San Francisco y más tarde en el de La Congregación. A partir del 15 de agosto de 1920 este templo se consagró como tal, donde hasta hoy continúa la cátedra del obispo, no sin haberse ya pensado en construir un edificio ex-profeso. Afortunadamente el deseo que se tuvo en 1911 de derribar el templo de Santa Clara para edificar la nueva catedral, fue sólo un intento fallido. Para levantar un edificio moderno nunca será necesario derribar un monumento histórico-artístico, testimonio de una cultura pretérita, como lo es el de Santa Clara, habrá siempre otros espacios por utilizar y algún freno para controlar esos impulsos destructivos.
Texto: Mina Ramírez Montes. 1999.
Declarado monumento histórico el 21 de febfrero de 1936.
Incluido en el listado de declaratoria de zona de monumentos historicos de la Ciudad de Querétaro de Arteaga, publicado en el Diario Oficial de la Federación el 30 de marzo de 1981.

Declarado monumento el 21 de febrero de 1936.