2.- Declarado monumento histórico el 18 de noviembre de 1935.
Incluido en el listado de declaratoria de zona de monumentos historicos de la Ciudad de Querétaro de Arteaga, publicado en el Diario Oficial de la Federación el 30 de marzo de 1981.
2.- Querétaro, pueblo conquistado evangélicamente por los franciscanos en el siglo XVI, dio cobijo posteriormente, en las primeras décadas de la siguiente centuria, a los carmelitas y a los dieguinos, y también a algunos clérigos, cuya presencia aún no se dejaba sentir entre la comunidad.
Por los años veinte una nueva orden religiosa pretendió establecerse en este lugar. Todo intento fundacional provocaba una competencia entre las órdenes ya existentes, sin embargo, los hermanos de Asís en quienes cabía la preeminencia, no se mostraron intolerantes ante la iniciativa de la Compañía de Jesús. En palabras de un jesuita, inscritas en la carta Annua más antigua del Colegio de San Ignacio, se colige que los frailes menores les ayudaron a conseguir sitio para su morada. Tal vez porque vieron en ellos a unos aliados, frente a los deseos de supremacía de alguna otra comunidad ya afincada en el pueblo o frente a la pretensión de otra que aún no lo estaba.
El 20 de junio de 1625, los miembros de la Compañía de Jesús, fundaron en tierras queretanas, fueron sus promotores los sacerdotes Pedro de Cabrera y Pedro de Egurrola. El trámite se inició siete años antes, después de un intento fallido del alférez Tomás Gonzalo de Figueroa en 1615, que murió antes de haber obtenido la licencia real. Al tiempo de la fundación era provincial Juan Laurencio y prepósito el padre Mutio Vitelleschi. El cuerpo colegiado recibió el nombre de San Ignacio, cuya advocación fue también la del templo.
Los señores Diego Barrientos y Ribera, alcalde mayor de esta ciudad y asesor del virrey marqués de Cerralvo, y su esposa María de Lomelín, fueron los principales patrocinadores del proyecto doctrinario y educativo de los jesuitas en esta ciudad. Más de un siglo después el pintor queretano, Miguel Vallejo Mandujano, inmortalizó a los patronos en un cuadro de grandes dimensiones que firmó en 1752. Aunque deteriorado, todavía se conserva en un anexo del templo actual, donde se ve a Barrientos togado, como doctor en leyes que fue, y a María vestida con suma elegancia como correspondía a su nobleza.
En 1659 se estaba construyendo la iglesia nueva por otro de sus grandes benefactores, el coadjutor Tomás Ramírez, hermano de fray Marcos Ramírez de Prado, que fuera obispo de Chiapas y Michoacán:

Tomás ...parece no vivía, ni se alimentaba de otra cosa que de estar siempre tratando en su entendimiento, obras insignes con que ilustrar las casas y colegios en que le ponía la santa obediencia.
Poseía el coadjutor un gran ánimo para realizar empresas grandes y difíciles, con una ínfima cantidad de dinero emprendió la construcción del templo, consiguió personalmente limosnas para continuarlo y terminarlo. Pero no se conformó con allegarse fondos, él mismo, sin ser facultado por ninguno de los gremios de albañiles o de arquitectos, dirigió los trabajos.
La obra, tal como se conoce actualmente, se desplanta sobre una cruz latina con su portada principal hacia el sur. En el transepto se yergue una cúpula sin tambor, con lucarnas mixtilíneas, rematada por una linternilla y en el sotocoro una bóveda plana. Al lado izquierdo de la entrada se ve la única torre de tres cuerpos, caso poco frecuente en los templos de la Compañía que solían llevar dos. En 1806 se adicionó a la nave una capilla, cuya advocación fue La Santa Escala, en su interior se puede ver ahora un lienzo de San Antonio firmado por Peralta en 1780. El interior de la iglesia ha sido muy modificado, en lugar de los altares barrocos encontramos ahora decoración art nouveau combinada con otros estilos poco ortodoxos. Parece deberse al sacerdote Grall, quien también decoró los templos de Santo Domingo y el seminario de El Pueblito, Conserva sólo las esculturas de santos de la Compañía sobre peanas. Poseyó, antes de la expulsión jesuítica, ocurrida en 1767, varios retablos de madera dorada. En 1689 Juan Caballero y Ocio contrató dos con el emsamblador Pedro Maldonado, el uno dedicado a Nuestra Señora de los Dolores y el otro a San Francisco Xavier, los cuales fueron terminados de dorar por Jacinto Nadal y José Rodríguez Carnero. En 1696 el mismo bachiller Caballero, contrató con Tomás Xuárez e Ignacio Xuárez de Córdoba, la hechura de otro colateral dedicado a la Virgen de Guadalupe, con tres cuerpos y remate. Actualmente permanecen algunos retablos neoclásicos, en el presbiterio con las esculturas de Santiago, La Inmaculada, San José y un Cristo, y en el transepto cuatro más del mismo estilo dedicados a la Inmaculada, a la Virgen de Guadalupe, a Nuestra Señora de la Luz y al Sagrado Corazón de Jesús.
La portada principal del templo está enmarcada por sillares de cantería. Se compone de dos niveles y se termina en un frontón trunco, en cuyo centro hay una cartela, donde debió haber estado el escudo de la casa de Loyola, y sobre ésta la cruz de caravaca. La ventana coral es de marco abocelado, con acodos en la parte superior. Flanquean el vano dos medias muestras estriadas de capiteles jónicos y dos esculturas de muy buena talla, albergadas en nichos. Las imágenes corresponden al fundador de la orden San Ignacio de Loyola, con el libro de las Constituciones en su mano izquierda, y San Francisco Xavier, uno de los primeros discípulos de Ignacio. En los extremos sendas cariátides con faldellín fitomorfo, que ayudan a cargar el entablamento y los pináculos. El arco de entrada es un medio punto, cuya clave es una cartela muy elaborada con la inscripción AD MAIOREM GLORIAM DEI, las enjutas se ornamentan con hojas de acanto y flores. Las impostas, donde descansa el arco son a su vez capiteles de las jambas. A los lados pilastras estriadas de capiteles compuestos, sobre éstas el entablamento, cuyo friso destaca por su abundante decoración vegetal.
Con vista al occidente hay otro acceso al templo, una portada muy bien elaborada, que acusa dos tiempos constructivos,
...existe entre el registro bajo y el remate una relación lograda con una modificación del vignolesco recurso de las aletas, que aquí se ha transformado en un elemento decorativo vistosísimo realizado con hojarasca y roleos
donde aparece al centro del segundo nivel la imagen de San Estanislao de Kotska. En el atrio hay una puerta que comunicaba, en tiempos de los jesuitas, con su propia vivienda, el colegio de San Ignacio.
La sacristía, muy espaciosa, se ubica al lado oriente del presbiterio, tres tramos la constituyen y varias claraboyas permiten su iluminación. Está decorada actualmente por lienzos de pintura del siglo XVIII, destaca sobre la cajonera uno de grandes dimensiones donde se ve a San Ignacio celebrando misa, sobre su cabeza una esfera de fuego. A su lado izquierdo miembros de la Compañía de Jesús (San Luis Gonzaga, San Estanislao de Kotska, San Francisco Xavier y San Francisco de Borja) y al lado derecho varios clérigos ancianos y uno joven frente a Ignacio. Hay una escena celestial en el nivel superior, donde se ve a la Virgen y a Cristo en un extremo y en el otro a Dios Padre, San José y ángeles que tocan diferentes instrumentos musicales. Hay cierta similitud de este cuadro con el grabado de Carlos van Mallery, del siglo XVII, titulado San Ignacio en Manresa favorecido con ilustraciones celestiales, inspirado en la vida del santo escrita por Rivadeneira.
El cuadro exhibe buen dibujo y animoso colorido, pero desafortunadamente carece de firma. Algunos detalles parecen datarlo hacia el primer tercio del XVIII, pero evidencia valiosas notas de la pintura de finales de la centuria anterior.
Arriba del anterior dos cuartos de punto unidos, obras del pincel de Noriega, procedentes de un retablo franciscano, se trata de dos muertes, la una de un fraile y la otra de un lego. En el lado poniente hay un lienzo que tampoco estuvo originalmente en este lugar, como lo demuestran los resaques en las orillas que se amoldaban a un capitel o a una cornisa. Es una de las pinturas más interesantes de Tomás Xavier de Peralta, firmada en 1756, se trata de una Alegoría de la Inmaculada donde la imagen mariana brota de las ramas que salen de los corazones de santa Ana y san Joaquín, pero hay un personaje novedoso, es el alma niña, la concebida sin mancha, que se desprende de las manos de Dios Padre y Dios Hijo, como si la estuvieran liberando para que encarnara, mediante la intervención de Joaquín en el seno de Ana. A su lado se encuentran personajes como Juan evangelista, escribiendo el Apocalipsis, un jesuita, un franciscano y el busto de San Juan damasceno, libros, cartelas y filacterias alusivas a la purísima concepción de María. En el costado sur está un Calvario firmado por Miguel Vallejo en 1770, queretano, al igual que Peralta. Existen además los siguientes: Adoración de los reyes, Virgen de Guadalupe, San Francisco de Asís, una Piedad, la Virgen de Aránzazu, una Inmaculada, la Virgen de la Luz, Santa Catarina de Alejandría, San José con el Niño y Santa Teresa de Jesús.
La sacristía tiene dos vanos, uno que comunica con el presbiterio y otro que conducía a un espacio entre lo público y lo privado, hoy es un recinto para guardar objetos de culto, en su exterior se enmarca por un portada de cantería labrada con muy buen gusto y de aquí parten dos escalinatas que conducen al segundo piso del claustro, hoy clausurado. En un cuarto contiguo a la antesacristía se encuentra, además de la pintura de los fundadores, un Cristo en escultura y un fragmento de un retablo de hacia 1770, con las imágenes pintadas de San Martín de Tours, San Juan de Dios, San Roque y en medio ángeles pasionarios.
La vivienda de los religiosos, el claustro contiguo al templo fue concluido en 1755. Es el de mayor interés artístico, consta de cuatro galerías. El cuerpo superior cerrado, muy sobrio en su orname