El convento de San Francisco de Puebla no tenía propiamente indios a su cargo pero se encargaban sus frailes de administrar los Sacramentos a los que se habían avecinado en las afueras de la ciudad, huyendo de los malos tratos de los encomenderos. (Códice Franciscano. 1569).
Según las Constituciones de la Prov. del Santo Evangelio, había en el convento de San Francisco de Puebla una gran enfermería a la cual acudían a curarse los frailes de todos los conventos de la Provincia del Santo Evangelio que quedaban más cerca de Puebla que de México.
A fines del siglo XVII había en ese convento, noviciado y estudios de Teología y moraban en él más de setenta religiosos. (Touusaint 1954: 105, 106)

Algunos autores difieren en la fecha de la fundación del convento, algunos mencionan que fue en 1531 y otros hacia 1535, sin embargo coinciden en que es el más antiguo de la ciudad de Puebla; fundada por la Tercera Orden de San Francisco siendo fray Toribio de Benavente quien colocó la primera piedra, construyéndose en el sitio conocido como El Alto y de acuerdo a las disposiciones arquitectónicas de la época.
En 1861, el templo y el convento fueron clausurados al culto, el primero ocupado por caballerizas del ejército y hacia principios del siglo XX el convento fue destinado como cuartel y hospital militar, posteriormente desocupado, en la actualidad es el Centro Escolar Aparicio.