En 1531, durante la época de la Encomienda, Hernán Cortés edificó al lado de la capilla que años atrás había construido el padre Melgarejo sobre los restos del centro ceremonial y de tributo tlahuica (1325 a 1521 d.C.) esta mansión señorial fortificada, que fungió como sede oficial del Marquesado del Valle de Oaxaca (INAH 2021: 3). Para dicha construcción se utilizaron parte de los materiales derivados de la destrucción del Tecpan indígena de Cuauhnáhuac sobre el que se desplantó la edificación virreinal.

En 1529 Cortés logró el Marquesado de Oaxaca ante el Rey de España y en 1531 se mudó a esta edificación en Cuernavaca, con su esposa doña Juana de
Zúñiga (Martinez 1990: 901).

Posteriormente, creó un gigantesco anexo que unificó ambas construcciones. La obra se terminó en su etapa principal en 1535 y es una de las edificaciones civiles más antiguas que se conservan en México. Su tradición como centro de recolección, motivó su elección por los conquistadores poco después del sitio de Tenochtitlan, construyéndose entonces el núcleo original del Palacio de Cortés: cuatro cuartos con una terraza de arcadas.

El cuerpo principal del palacio se edificó con dos galerías, de cuatro arcos en sus dos niveles en la parte occidental y habitaciones en las alas Norte y Sur. La torre de vigilancia se anexó tras el nombramiento de Hernán Cortés como Capitán General y Gobernador de la Nueva España. La primera ampliación se realizó entre 1531 y 1535, cuando Cuernavaca era ya cabeza de su señorío.

El palacio debió haber contado en ese tiempo con habitaciones, galerías, patios, cuadras, huerta, bodega para los tributos y al frente de la casa el patio de armas rodeado por un muro con almenas y torreones, donde estaba esculpido el escudo de Cortés. Su capilla contaba entre otras joyas con “una cruz dorada con un crucifijo e su pie de plata, e dorado todo, que dijeron ser hecho de indios” y las paredes de la casa se encontraban cubiertas -casi por completo- por 21 tapices.

La segunda etapa de su construcción, que ha quedado en su parte central hasta hoy en día, es de 1536. Se construyó una loggia flanqueada por dos alas laterales paralelas, algo poco común en Europa antes del siglo XV (Thiemer 2009: 92).
Ya en 1536 se había construido el pórtico frente a la entrada principal, así como los arcos frente a las salas centrales del segundo piso, en los cuales se observa un trabajo muy fino de la ornamentación, que había quedado en las manos de los artesanos autóctonos, mientras que el plano de construcción es típico del estilo europeo (Thiemer 2009: 92).

Después de la muerte de don Hernán, su hijo Martín heredó la propiedad como parte del Marquesado del Valle. Por las excavaciones arqueológicas se sabe que entre los años de 1629 a 1747 el edificio sufrió un creciente abandono, fue usado como herrería, curtiduría y taller de textiles. Tras una inspección realizada por los fiscales de la Corona, se ordenó su reparación. Hubo tres proyectos realizados por los arquitectos Ildefonso Iniesta Vejarano, Gregorio Cayetano Durán y Miguel Espinosa de los Monteros. Por los vestigios encontrados es probable que la propuesta de Durán haya sido la que se ejecutó.

Más adelante, el palacio cumplió las funciones de cuartel y de cárcel, contando entre sus prisioneros mas célebres al mismísimo don José María Morelos y Pavón en el año de 1815. Es posible también que haya sido usado como residencia oficial de los alcaldes mayores de la Villa.

Francisco Leyva, primer gobernador constitucional del Estado, ordenó hacia 1872 la ampliación del ala norte y transformación de la escalera y otras modificaciones de acuerdo al gusto neoclásico francés, tan de moda por esos años. El arquitecto e ingeniero civil Manuel Sánchez Facio dirigió los trabajos.

Para la tercera década de 1900 el edificio funcionaba como sede del gobierno estatal de Morelos (Angulo 1974), y mostraba decoración que eventualmente se habría realizado desde 1872. Si existían restos de pintura debajo de secuencias pictóricas en el lugar pertenecientes a momentos del virreinato, éstas fueron destruidas y esto pudo haber pasado en otros inmuebles (González 2019: 4).

Los temblores y el tiempo fueron minando el inmueble, que siguió en obras durante el régimen del general Díaz. El coronel don Manuel de Alarcón encargó algunas modificaciones, entre ellas la del torreoncillo circular de 15 metros de altura que ocupa el ángulo noroeste del edificio.

El general Calles promovió su compostura en 1928, y en octubre de 1929 el embajador de Estados Unidos en México Dwight Morrow, le encargó a Diego Rivera realizar un mural en el Palacio de Cortés, con la condición de libertad creativa.

Fue con la intermediación de William Spratling, que el embajador pudo ponerse en contacto con el artista y así comisionó a Rivera por la cantidad de 12000 dólares, para la ejecución del mural, con esa cantidad se compraron materiales y el salario del ruso Victor Arnautoff quien fue asistente directo del pintor; hasta ese momento fue el pago más elevado que había recibido Rivera por una obra para el gobierno mexicano (González 2019:3).

El mural “Historia de Morelos, Conquista y Revolución” fue realizado entre el 2 de enero y el 16 de septiembre de 1930. Durante el tiempo de elaboración Diego Rivera y Frida Kahlo vivieron en la casa de Morrow que era conocida como “Casa Mañana”.

El mural se ubica en el segundo piso del patio arcado, está elaborado con la técnica fresco sobre muro directo, tiene medidas de 6 metros de alto por 37.93 metros de ancho; “la obra se divide en dos franjas horizontales jerárquicamente ordenadas en la parte superior, y ocupando tres cuartas partes de los muros se desarrollan siete temas claramente diferenciados en frescos polícromos, a pesar de que Diego distinguiría su obra distribuida en dieciséis paneles; en la franja inferior que ocupa una cuarta parte de los muros, se muestran 11 recuadros solucionados con trazos generales con poco detalle elaborados como grisallas” (González 2019: 4).

El primer tema es una escena de batalla entre los ejércitos de españoles y tlaxcaltecas en contra de los mexicas; el segundo es la toma de Cuernavaca por los españoles, se observa el derribo de un amate sobre la barranca de Amanalco por donde ingresa el ejército hispano-indígena, al frente va un indígena con vestimenta de coyote; el tercero proyecta el saqueo a los indígenas; el cuarto es la construcción de la mansión señorial fortificada que mandó a levantar Cortés, así como el proceso tributario; el quinto representa la conversión de las comunidades indígenas, los abusos del clero que recibe riquezas, tributos y veneración por parte de la nobleza indígena y fray Toribio de Benavente Motolinia adoctrinando a la comunidad; el sexto tema es la presencia de la Inquisición y el séptimo la revolución campesina dirigida por Zapata (González 2019: 4).

Cuando Diego Rivera ya había finalizado su obra, Elizabeth Cutter Morrow pidió al artista recrear un fragmento del mural para regalárselo a su esposo en enero de 1931, para lo que Rivera creó un panel móvil de cemento donde llevó a cabo una reproducción de una sección del mural, se proyectó la parte donde una mujer y una niña entregan tributo a los españoles.

En 1949 se le agregó un cuerpo de oficinas y entre 1971 y 1973 el INAH desarrolló un proyecto para intentar recobrar la forma básica que tenía el edificio en el siglo XVI, en el cual se utilizaron técnicas arqueológicas especiales para un edificio virreinal.

El 1° de febrero de 1974, el Palacio de Cortés fue inaugurado como “Museo Cuauhnáhuac”, después de un intenso período de trabajo de casi tres años, dividido en tres principales etapas en las que colaboraron diversas personas e instituciones, tanto oficiales como civiles.

La primera etapa correspondió a la explotación y restauración del edificio […]; la segunda corresponde a la planeación y montaje museográfico como reflejo de los resultados de las investigaciones realizadas por el personal que compone el Centro Regional del I.N.A.H, y la tercera, a la animación del museo a través de exposiciones temporales y actividades de difusión, en las que se incluyen conferencias, visitas guiadas, películas y otras actividades […]” (Angulo 1979).

Diversas fuentes mencionan a este inmueble como el monumento que concentra el más rico y complejo legado histórico y artístico que describe e ilustra el devenir del estado de Morelos en su interior, cimientos y muros.