El predio donde se ubica actualmente el Palacio Clavijero fue donado a la Compañía de Jesús en el año de 1581, donde se establecen los P. P. Juan Sánchez y Pedro Gutiérrez. La primera piedra del actual edificio fue puesta por el Obispo Fray Marcos Ramírez de Prado, el 2 de diciembre de 1660. Terminado éste fue ocupado por los Jesuitas, hasta el 25 de Junio de 1767 en que fueron expulsados de España y sus dominios por el Rey Carlos III. En este periodo funcionó como el Colegio de San Francisco Javier. A partir de 1773 el edificio, ya en propiedad del Estado Mexicano, ha tenido muy diversos usos, entre ellos, Colegio del Clero Secular, Cárcel Correccional para Sacerdote, cárcel en el periodo Independentista, en Agosto de 1824 se instaló el Congreso Constituyente del Estado Michoacano y Tribunal de Justicia, posteriormente regresó a manos del Clero Secular. Durante el Segundo Imperio fungió como depósito de municiones y cuartel de soldados. De 1869 a 1882 fue ocupado por el Colegio de San Nicolas; en 1885 pasa a ser Escuela Correccional de Artes y Oficios y, posteriormente, Escuela de Artes y Oficios Porfirio Díaz. Terminado el periodo revolucionario, se convierte en la Escuela Técnica Industrial Alvaro Obregón, mas tarde sus instalaciones pasaron a ser los talleres del Gobierno del Estado, que al ser localizados se convirtió en escuela primaria. El Gobernador Carlos Gálvez Betancourt dispuso que el edificio fuese restaurado, quedando en el estado en que se encuentra actualmente.
La procedencia de la Compañía de Jesús tuvo lugar en el último tercio siglo XVI por iniciativa de Ignacio de Loyola. La institución se aprobó en 1594 y sus miembros se dedicaron a educar varones y a la labor misional. Los jesuitas llegaron a la Nueva España en 1572. Se sabe que llegaron al obispado de Michoacán en 1574 y se establecieron en Pátzcuaro. Posteriormente, con el traslado de los poderes civiles y religiosos a Valladolid el Cabildo Eclesiástico solicitó el traslado de este colegio y comenzó a actuar en esta ciudad desde 1578 ocupando temporalmente de la dirección el colegio de S. Nicolás. En 1580 tomaron posesión de los terrenos para la fundación y acondicionaron en ese sitio unas instalaciones precarias. El terreno otorgado a los jesuitas respondió a las características propias de estas fundaciones: una ubicación estratégica del predio en esquina y muy cercano a la Catedral. La fundación jesuita de Valladolid prácticamente improvisada, durante largo tiempo quedó a expensas de las rentas de Pátzcuaro y sufrió en sus inicios la carencia económica debido a la competencia de las otras órdenes establecidas con anterioridad. Más tarde adquirieron numerosos bienes a través de donaciones y basaron su actividad económica en las transacciones y ventas de haciendas y propiedades, así como en la crianza de ganado. A fines del siglo XVI funcionaba una escuela de leer y escribir para niños españoles y de enseñanza doctrinal, a la que acudía también la población indígena. Posteriormente se consolidó un seminario para la formación de hermanos a los que se les formaba en lo espiritual y en lo intelectual. La información histórica señala que en su inicio el Colegio sustentaba entre 6 y 12 padres y sus actividades fundamentales - además de la enseñanza - fueron la predicación y la asistencia al confesonario. La construcción de este conjunto se inició con la obra del templo y tiempo después el seminario. De hecho, el templo quedó prácticamente concluido en el siglo XVII y estaba más al servicio de los religiosos que de la comunidad cristiana de la ciudad. A la fecha el templo ha cambiado su uso original a Biblioteca Pública, dependiente de la Universidad Nicolaita y en su interior se conservan volúmenes que formaron parte del convento franciscano de San Buenaventura, del propio Colegio Seminario y de la colección de Mariano de Jesús Torres. El claustro advierte dos etapas que son perceptibles en la fachada por la forma de sus ventanas. También es importante observar el sistema constructivo que en la planta baja se desarrolló con un sistema de bóvedas y en la planta alta con una viguería. La estructura que delimita el patio logra su unidad decorativa con el uso del barroco tablerado, similar al de la Catedral.

" La fachada del colegio está compuesta de tres tramos: el primer tramo está formado por dos niveles separados entre sí por una cornisa. La esbelta torre al extremo sur se integra totalmente a este primer tramo. Su cubo llega al segundo nivel del frontispicio y de ahí salen los dos cuerpos de la torre con su remate. En el primer cuerpo se aprecia un sencillo vano arqueado por cada cara, cuyas impostas se prolongan constituyendo el único elemento ornamental. Un friso resalta la cornisa volada de la cual sale el segundo cuerpo, más reducido que el inferior. La imposta en este segundo cuerpo se prolonga igual que en el piso inferior y sobre la cornisa se apoya el casquete semiesférico con su linternilla que sirve de base a la cruz de hierro forjado. Este primer plano sigue una rigurosa y organizada simetría. Al centro de la portada, limitada por dos jambas y platabanda tablereadas cuya clave se encuentra ricamente ornamentada. Encima de la platabanda se apoya un friso abultado. La cornisa está muy volada y sirve de apoyo a las dos pilastras que están a un lado de la ventana central. Estas pilastras dan la impresión de ser el soporte del entablamento barroco, del cual la cornisa superior se interrumpe al centro para dar paso a un imafronte mixtilíneo que antiguamente albergó una escultura y que en nuestros días contiene un escudo nacional republicano. Este eje central ordena la composición simétrica de la que hablábamos anteriormente. Cinco ventanas a un lado y cinco al otro lado en el primer nivel y éstas en eje con otras tantas en el piso superior. También se aprecian un par de gárgolas de sección poligonal por cada ventana. Las ventanas inferiores se localizan a mitad del muro con un marco de cantera sencillo. En las ventanas del piso superior se ven sus jambas y platabanda tablereadas. Bajo la repisa de cada una de ellas se dibuja una guardamalleta planimétrica. El otro tramo del frontis corresponde al patio secundario. La calidad de la sillería y la pobre ornamentación en relación en el primer tramo, se advierte de inmediato. Un vano en la parte superior sin guardamalleta forma el eje central, del cual se abren dos ventanas en el segundo nivel a cada lado de éste y cuatro en el primer nivel de las cuales las dos centrales son de vano mayor. También se localiza una pequeña puerta cerca del contrafuerte y una ventana en el entrepiso conjunto del cual rematan siete pináculos sobre la cornisa y siete gárgolas. Entre los dos tramos ya descritos hay uno intermedio el cual sirve de enlace entre las dos fachadas, éste lleva a un pasillo en el interior que comunica a los dos patios entre sí. Este ultimo tramo está formado por un solo cuerpo y tiene seis ventanas enrejadas. También se aprecia una cornisa barroca y bajo ésta ocho gárgolas. El interior del patio principal es de forma cuadrada y al centro tiene una fuente octagonal con dos copas y una esfera de remate. En el primer piso tiene cuatro corredores abiertos lo que contrasta con el segundo nivel en el cual se aprecia un muro con ventanas. Estos vanos están decorados similarmente a los de la fachada, jambas y platabandas con una doble cual, guardamalleta semicircular en la parte y inferior y una tapa de dintel. Las pilastras de abajo se prolongan hasta arriba, su capitel dórico sostiene el entablamento, en cuyo friso a eje con las pilastras se proyectan las gárgolas poligonales. Esta composición se repite rítmica y simétricamente en los cuatro lados del patio. El claustro bajo se cubre con bóvedas de arista, separadas por arcos fajones que se apoyan en el muro sobre capiteles ménsula. En los cuatro ángulos del claustro bajo, del pilar de esquina arrancan un par de arcos perpendiculares al muro. En el segundo piso, la pilastra se quiebra formando ángulo y sobre el capitel de la misma se apoya una gárgola. Las trece puertas del primer nivel tienen anchas jambas y platabanda con un rico moldurado y pedestales grandiosos, destaca la portada del Aula Magna más rica que las demás. Toda la planta baja en los espacios interiores, tiene bóveda de tres centros. La del Aula Magna se divide en tramos mediante un arco fajón con la clave marcada con follaje". (Ramírez 1981: 236).

1763. Colegio de los Jesuitas en Valladolid. “Los jesuitas gracias a su preparación e inquietudes intelectuales, se adhirieron sin dificultad a ...la búsqueda de de una metodología que impulsara el desarrollo de las ciencias en general y de la física experimental... este nuevo movimiento se inició primero en Europa y posteriormente en América.”
…”se incorpora …en 1763, …Francisco Javier Clavijero a la Cátedra de filosofía del Colegio de los jesuitas en Valladolid” Con él se produjo un …” nuevo espíritu Académico”.En 1766 dejó Clavijero, Valladolid …Las enseñanzas de Clavijero aportaron luces a los estudiantes en cuanto a la comprensión de la filosofía moderna su posición ecléctica refiere a Bacon, Descartes y Franklin.
1777. Juan Ignacio de la Rocha pastor de la Diócesis de Michoacán. “Hizo la …”visita pastoral del territorio, con el objeto de lograr una visión directa de su estado y problemas.” …Visitó hasta 1780 :Zinapécuaro, Acámbaro, Querétaro y san Miguel el Grande.1763. Colegio de los Jesuitas en Valladolid. “Los jesuitas gracias a su preparación e inquietudes intelectuales, se adhirieron sin dificultad a ...la búsqueda de de una metodología que impulsara el desarrollo de las ciencias en general y de la física experimental... este nuevo movimiento se inició primero en Europa y posteriormente en América.”
…”se incorpora …en 1763, …Francisco Javier Clavijero a la Cátedra de filosofía del Colegio de los jesuitas en Valladolid”
En 1766 dejó Clavijero Valladolid. Investigación Mtra. Concepción de Ita Martínez.