2. Charo es un asentamiento, posterior a la Conquista, de indígenas matlatzincas traídos de Toluca por Cortés. El sitio fue descrito por Basalenque como "una pintura de un paisaje flamenco". Los agustinos adquirieron los derechos espirituales sobre el pueblo en 11550, y el primer prior fue el fraile Pedro de San Jerónimo. La primera iglesia provisional fue construida en un barranco llamado Los Capulines, donde se estableció posteriormente la Capilla de los Santos reyes. Una segunda iglesia fue edificada en el lugar que ocupaba en 1729 la capilla de la Magdalena Penitente. Finalmente, el convento fue erigido en la cima del Monte de San Miguel. De este edificio, Pedro de San Jerónimo hizo levantar los muros de la iglesia hasta el nivel de las ventanas y el claustro, decorado con pinturas de los santos de la orden, así como con un paisaje de las montañas de Numidia. La sacristía estaba cubierta con una bóveda. También se construyeron un refectorio, una portería, un antecoro, un dormitorio y seis pequeñas celdas; todo muy simple y de un solo piso, como en Tiripitío, y aún subsistía en 1729. La iglesia original fue cubierta provisionalmente con un techo de madera.
El segundo ministro, fray Francisco de Acosta (muerto en 1606 o 1607), cubrió la iglesia con una bóveda de cañón de la iglesia, exceptuando la bóveda de nervadura del santuario, la cual fue concluida en 1629 por fray Lucas de León. Otro participante en esta campaña constructiva fue fray Diego de Soto (muerto en 1635), responsable de la construcción del segundo piso del convento. También se construyó una torre en fecha anterior a 1653.
En 1661, durante el gobierno del mismo Basalenque, un temblor tiró la torre de la iglesia junto con la bóveda del coro. El quinto prior, Simón Salguera, fue responsable de la ampliación de la celda prior, la realización de altar, el dorado de la iglesia y la reconstrucción de las partes dañadas por el terremoto de 1661. Finalmente, fray Matías de Palacios reconstruyó la torre de mampostería poco antes de 1729. En ese año Escobar escribió la Americana thebaida en Charo. La iglesia resultó muy dañada por el temblor de 1858. De acuerdo con la información local, la torre actual fue reconstruida en 1901-1906.
Declarado monumento el 2 de octubre de 1941.