En la época en que fue guardián del convento el presbítero Rafael Hernández se retocaron los altares.

Los retablos fueron restaurados por el tallista Simón Cázares.

La construcción se efectuó con el apoyo económico de la devota familia vizcaína de los Basauri, que residida en la ciudad. donó grandes cantidades de dinero para poder levantar la iglesia. Esta iglesia formó parte del conjunto arquitectónico del ex convento de San Francisco.

Fue declarado Monumento Histórico el 8 de noviembre de 1932.

En la capilla de Aranzazú de Guadalajara se emprendieron algunos trabajos de restauración en sus retablos y tres pinturas. Es interesante recordar que es la única de las seis capillas que hubo en el atrio de convento de San Francisco que subsistió.

Construida entre 1749 y 1752, con una sola nave divida en cuatro tramos cubierta con bóvedas decoradas con nervaduras de complicado diseño, conserva en el testero un magnífico retablo de madera tallada y dorada de la segunda mitad del siglo XVIII dedicado a la Virgen de Aranzazú, con estípites muy ricos y finamente labrados, que limitan tres entrecalles con repisas piramidales que soportan esculturas de arcángeles y santos talladas y estofadas.

Al lado de la Epístola está el retablo de San José, de talla tosca pero con un diseño excepcional, a base de peculiares estípites, donde la pirámide tiene en su parte más ancha el busto de un santo, y más que cubos, son elementos circulares con una cera de Agnus y capiteles corintios; cornisas altas salientes con elaborados soportes con molduras muy retorcidas, cubos barroquísimos y querubines. En cambio, el retablo del lado del Evangelio, dedicado a la Virgen de los Dolores, con un cuerpo y remate, divididos en tres entrecalles por estípites, tiene una talla muy pobre, con pinturas de San Juan Evangelista y la Magdalena.

Las pinturas restauradas fueron dos grandes lienzos modernos colocados en los muros del presbiterio: La muerte de San Francisco y San Francisco y Jesús con la Virgen María, además un Árbol Genealógico de la Orden de San Francisco gran óleo sobre tela del siglo XVIII, con un buen número de imágenes, distribuidas con la tradicional composición del tema, firmado por "Arellano f.". Podría tratarse del pintor Antonio de Arellano, quien documentalmente figura en la ciudad de México de 1693 a 1711, pero también de José de Arrellano, que tiene un cuadro firmado en 1770, o bien Manuel de Arellano, que en documentos aparece trabajando en México de 1692 a 1721, quien al parecer es hijo de Antonio.
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