Los daños que se aprecian a primera vista corresponden a grietas anteriores, algunas de éstas aumentaron y existen nuevas a raíz del sismo del 21 de enero del 2003.

Muros: Grietas inclinadas en muro sur oriente del segundo nivel del pórtico, y en el muro poniente, se aprecian tensores a base de tubos y soleras, en los muros poniente, oriente y sur en este en los extremos-. grieta en la parte media del muro derecho del tercer entreeje. Arcos: Grietas en dos de las dovelas del tercio medio, pérdida de mortero y ligera apertura entre las piezas que conforman los dinteles del segundo cuerpo de la portada principal. Bóvedas: Grieta longitudinal en la parte media anterior e inclinada en la parte media derecha del segundo entreeje del segundo cuerpo de la portada principal. Grietas longitudinal en la parte media posterior de la primer cláusula de la capilla izquierda, y grieta diagonal al centro del arco fajón que divide las bóvedas de la capilla derecha, la cual continúa hasta unirse con las nervaduras diagonales de ambas. Azotea: Se aprecian tirantes de acero en los ejes perpendiculares coincidiendo con el primero, segundo y tercer arco fajón. Grieta horizontal en el segundo y tercer eje perpendicular, grieta longitudinal paralela al muro oriente en la segunda y tercer cláusula. Cúpula: Grietas paralelas a las nervaduras excepto en la del lado norte, se aprecian también grietas longitudinales y centrales a los plementos, excepto en el lado noreste posterior, en el lado oriente las grietas longitudinales se duplican, y se unen a una grieta paralela a la cornisa del tambor, misma que abarca del lado oriente a la parte media oriente de la cúpula.

Este inmueble es monumento histórico por determinación de la Ley Federal sobre Zonas y Monumentos Arqueológicos, Artísticos e Históricos. El inmueble es uno de los ejemplos más importantes de la influencia estilística Neoclásica en Jalisco y a nivel Nacional.