Los daños ocasionados por el sismo del 21 de enero del 2003 en el templo se presentan principalmente a primera vista en el primer entreeje y en la sacristía. Muros: Grietas en sentido vertical y ligeramente inclinadas que atraviesan el muro que divide el coro y la nave, en sacristía grieta vertical y ligeramente inclinada en el muro derecho del espacio.

Arcos: Grietas en la clave del primer arco fajón de la nave, y en la parte central superior de éste arco, colindante a la bóveda respectiva, se observó también grieta en el arco toral posterior de la cúpula, misma que sigue el perfil superior central de éste; se aprecia asimismo pérdida de mortero en juntas de las claves de algunos arcos fajones. Azoteas: En extradós de las bóvedas se tienen grietas diversas en las bóvedas de la antigua capilla del convento y en dos espacios colindantes a ésta.
Este inmueble es monumento histórico por determinación de la Ley Federal sobre Zonas y Monumentos Arqueológicos, Artísticos e Históricos. Se localiza en los municipios incluidos en la declaratoria de desastre natural publicada en el Diario Oficial de la Federación el martes 4 de febrero de 2003. El inmueble es uno de los ejemplos más importantes del Barroco Salomónico en Jalisco y a nivel Nacional.

Fue declarado Monumento Histórico el 22 de septiembre de 1945.