1.El Arq. José Gutiérrez fue el encargado de la reconstrucción de la Catedral.
Se ornamentaron los colaterales del inmueble y las torres, con la imagen de San Miguel y Santiago Apóstol. El temblor de 1818 derribó las torres y el Arq. Manuel Gómez Ibarra las remodeló al estilo del obispo Aranda. La cúpula dorada es del mismo arquitecto.
En 1818 el temblor derribó las torres. En 1827 el Arq. José Gutiérrez cambió el coro al ábside de la Iglesia.
El obispo Pedro de Ayala colocó la primera piedra el 31 de Julio de 1561, y su costo fue, según la Real Cédula de Felipe II, por terceras partes entre la Caja Real, los indios y los encomenderos. En 1618, sin haberse decorado en su interior, se abrió al servicio de los fieles, dedicando la iglesia bajo el título de la Asunción. El obispo Manuel de Mimbela la consagró en 1716.
Durante el gobierno del ilustrísimo señor Garabito, la catedral se ornamentó con su crujía y los colaterales. Los elementos neoclásicos son del Arq. José Gutiérrez y tiene reformas de Gómez Ibarra. Terminado en el S. XX por Antonio Arróniz. Tuvo atrio amplio obra del arzobispo Pedro Espinoza (1863-1866).
2. La primera iglesia de la ciudad se dedicó a San Miguel Arcángel según el voto que formularon los vecinos para tenerlo como patrón, pues gracias a su intervención rechazaron a los naturales cuando éstos atacaron la ciudad en el año anterior. Ese templo, al que se conoció como "la iglesia chica", hizo las veces de catedral durante los obispados de Gómez Maraver y de Pedro Ayala aunque una segunda obra, el "xacal grande de tres naves", se comenzó a construir en 1565; esta edificación impulsada por el obispo Ayala, fue igualmente sede provisional que se incendió en el año de 1574.
Es probable que la elevación de la catedral de Guadalajara, ya con la designación de la ciudad como capital del reino de Nueva Galicia, sede de la Audiencia y de las cajas reales, calidad que tuvo Compostela hasta 1560, pues en ese año se recibió al tercer obispo efectivo, Francisco Gómez de Mendiola, y porque en 1574 hubo dos obras de catedrales simultáneas: la reparación del "xacal grande" y la del espacio definitivo.
El proyecto de la catedral debio realizarse en España hacia 1568. La "traza", en la que no estaban previstas las torres, sólo incluía la planta de tres naves; al parecer la solución de las portadas no fue adoptada sino en el momento mismo de la construcción. El nombre del autor no trascendió y es prácticamente imposible que haya sido Martín Casillas, como afirman varios estudios, puesto que su contacto con Guadalajara no ocurrieron antes de 1585.
El primer maestro mayor de la obra fue Diego de Espinosa, alarife que logró un importante avance y cuyo trabajo se juzgó cuando un poco antes de 1599 el oidor Palma de Mesa solicitó la intervención de Martín Casillas para que opinara sobre las labores constructivas en general y acerca de las posibilidades que se presentaban para la realización de las techumbres. Después de algunas dificultades los trabajos estuvieron bajo el mando de Casillas por lo menos desde el año de 1602 y hasta su conciliación en 1618.
Casillas propusó la construcción de bóvedas góticas, de una sola clave, con nervios, cruceros y rampantes para las naves laterales y de terceletes en la central; al hacerlo, respetó las diferentes tendencias y la importancia de algunos elementos que se desarrollaban en España: los apoyos entre las naves de la catedral de Guadalajarason pilares cruciformes que llevan medias columnas de fuste estriado y capitel toscano coronado por una sección de entablamento, como los que hizo Diego Siloeé en la catedral de Granada. Siloeé estuvo en Italia y el modelo del que probablemente tomó el elemento que cubre la distancia entre los capiteles y las cubiertas pudo ser el diseño de Brunelleschipara las iglesias de San Lorenzo y Santo Espíritu de Flyorencia.
Este rasgo, que es un segundo entablamento a modo de cimacio, se convirtió en el más representativo de la catedral tapatía y la fuente principal de las influencias que este edificio ejerció sobreotras muchas construcciones religiosas en todo el occidente de nuestro país.
La dedicación de la catedral se celebró el día 19 de febrero de 1618 bajo el título de La Asunción de Nuestra Señora; al abrirse al culto, el recinto no tenía sus objetos y decoración definitivos; los altares eran modestos y al volumen le faltaban las torres, el adorno de las fachadas y varias ventanas. Las tres portadas fueron proyectadas por Martín Casillas, quien subrayó cierto efecto de claroscuro así como los aspectos simbólicos que vinculaban objetos en número de tres con círculos, con el fin de hacer ostensible la relación entre el misterio de la Trinidad y la representación medieval de lo perfecto.
La catedral se finiquitó a lo largo de muchos años y con las aportaciones de diversa naturaleza: en 1667 se terminó el retablo principal y antes de 1689 las torres de los campanarios, que tuvieron dos cuerpos, uno de planta cuadrada que parcialmente perdura, y el segundo un segundo de planta octagonal y remate como de media naranja. El edificio catedralicio fue consagrado el 22 de octubre de 1716. Un plano de la catedral, levantado en 1743, ubica el presbiterio como se ha conservado y señala a la capilla del Señor de las Aguas como sagrario, al tiempo que ya acusa la localización y los titulares de los altares laterales y de los órganos.
La obra del Sagrario se inició en 1808 y las obras del siglo XIX, en general, son las que confieren al edificio su actual fisonomía. Varios trabajos se realizaron para satisfacer necesidades y otros para reparar daños causados por los sismos. En 1932 se estrenó el coro, el remate de la portada se concluyó en 1853 y las torres en julio de 1854.
Fue declarado monumento el 20 de abril de 1943.