La fundación formaba parte de la provincia de Jilotepec. El pueblo fue por primera vez evangelizado hacia 1531, y por mucho años no tuvo iglesia permanente. La conversión formal fue encabezada por fray Lucas de Bárcena en 1577.
El claustro y la cruz del atrio son probablemente los únicos elementos del siglo XVI que sobrevivieron de este enorme edificio muy reconstruido en los siglos XVII y XVIII, con la posible excepción de una capilla consagrada a San Felipe que se desprende del muro norte como una capilla lateral edificada supuestamente en 1563. Ponce informó que el convento y la iglesia fueron terminados en 1585 y que el pueblo estaba formado en su totalidad por otomíes, aunque en 1569 los frailes residentes predicaban en náhuatl a una población de siete mil tributarios, distribuidos en veintiocho pequeños pueblos.
Declarado monumento histórico el 3 de mayo de 1944. (INAH-CNMH, 2000)

El templo actual data del siglo XVIII y fue edificado de 1753 a 1763, cuya construcción dirigió el Maestro alarife mestizo Antonio Simón. La secularización de la parroquia se efectuó el 14 de noviembre de 1753. Su advocación es a San Mateo. (2)

El historiador Manuel Toussaint cita que el templo: “Presenta planta de cruz latina con bóveda de cañón sobre fajones y cúpula octogonal a gajos y con linterna. En el interior conserva varios retablos churriguerescos y el exterior muestra una portada cubierta de relieves curiosos. La torre es esbelta, de tres cuerpos y de un estilo barroco también, curioso pero desproporcionado.

Sus portadas son parecidas tanto la principal que mira al norte, como la lateral que mira al poniente. Las puertas de ambas presentan dos finos trabajos de ebanistería, cuentan a la altura de sus impostas relieves de san Pedro y san Pablo en la principal y san Juan Evangelista y San Mateo en la lateral. Las puertas de ambas se abren en vanos de arco mixtilíneo en proporción 1:1.

Las dos portadas son de diseño parecido, y “se componen en tres cuerpos o registros y un remate a manera de frontón roto, y tres entrecalles verticales hasta el segundo nivel y una en el tercero. Sus ejes constituyen pilastras estípites muy geométricas y con distintos diseños en las calles laterales de ambas portadas, en sus registros encontramos nichos con imágenes de santos. Las del segundo cuerpo de la portada principal carecen de ornamentación, mientras que las correspondientes a la lateral presentan una decoración a base de floreros en relieve labrados en piedra blanca, motivo que se repite en la calle central y guarnece en un nicho una imagen de la Virgen del Rosario, esculpida en el mismo tipo de material. En la portada principal, ese mismo espacio lo ocupa una ventana mixtilínea con la imagen de la Asunción de la Virgen al centro. En el tercer nivel y en el remate de la portada principal se colocó un relieve con la imagen de san Mateo y otro de la Sagrada Familia, respectivamente; en la portada lateral un adorno floral ovalado y un relieve que presenta a la Santísima Trinidad.”

En el interior de la parroquia, presenta 16 ventanas de doble derrame, 8 a manera de lucernas en los gajos de la cúpula y una ventana coral. El coro se encuentra soportado por una amplia bóveda limitada por un arco rebajado.
Con respeto a sus bienes muebles: “colocados en los intercolumnios anteriores al crucero, se conservan dos retablos, que por su aspecto planimétrico son obras del anástilo. Se desconoce el año de su fábrica y el nombre de sus autores. Están dedicados a exaltar la Pasión de Cristo y los Misterios de la Virgen, mediante quince pinturas en cada uno que reproducen escenas alusivas a los dos temas. Presentan una composición muy similar; banco que sirve de soporte, un alto cuerpo dividido en tres calles verticales por delgadas estípites y un remate semicircular con copete, y dos ángeles portando una cornucopia. Los retablos serían totalmente planos si no llevaran adosados los estípites y las vitrinas centrales que han sido despojadas de sus imágenes originales; aun así, el juego de volúmenes tan del gusto del churrigueresco, se ha perdido. Los lienzos son de seis diferentes tamaños y formas: de líneas mixtas, rectangulares, ovalados, lobulados, cuadrados y de cerramiento lobulado. La poca ornamentación interior se distribuye en torno a los lienzos." (Vergara)

Durante el movimiento de independencia, Huichapan tuvo una relevante participación; durante uno de los enfrentamientos que se dio en esta ciudad, la torre del templo de San Mateo, se convirtió en el último reducto defensivo de los protectores de Huichapan, fue en este sitio donde perdió la vida el coronel Ledezma (Molina, 2016)