2. No se conoce la fecha exacta de su construcción. Se sabe que desde 1640 el capitán Antonio Maldonado en una petición hecha por poder dado por varios carpinteros y calafates, gestionó ante el obispo de Yucatán la fundación de una cofradía bajo la advocación de San José, la cual se aprobó en 1649, por lo que se intuye que su construcción fue posterior a esta fecha.(1)
Estos gremios constituyeron la cofradía de San José, fundada a mediados del siglo XVII, cuando en 1649 el obispo de Yucatán, don Juan Muñoz de Molina, aprobó los estatutos para su establecimiento y concedió el permiso para construir un templo bajo la advocación de San José.(2) La ermita fue construida con las limosnas que aportaban dichos gremios. Doña María Ugarte, rica vecina de la villa, ayudó a su conclusión y la alhajó convenientemente para la celebración eucarística.
Por cédula real de 30 de diciembre de 1714, se dispuso que tres religiosos de la orden de Jesús se trasladasen a Campeche a hacerse cargo de un colegio que se fundaría con bienes y capitales donados por los vecinos de la villa. Entre los bienes que se designaron se encontraba la pequeña iglesia de San José y los terrenos contiguos. En 1714, por cédula real fechada el 30 de diciembre de ese año, se autoriza la apertura del colegio de San José, dirigido por la orden jesuita, en honor al capitán José María Santillán.
Los religiosos derribaron la antigua iglesia, por ser pequeña e inadecuada y construyeron otra probablemente en 1716, a la cual trasladaron una imagen del santo patrono y la instalaron en la capilla adjunta.(3)
José de Santillán y su esposa fueron los primeros fundadores del colegio de San José (1714), institución que continuó favorecida por las donaciones Angel Rodríguez de la Gala, Pedro Nicolás Romero de Ribón y Ana María Aguilar.(4)
Los jesuitas sostuvieron un litigio por la posesión de la ermita con la cofradía de carpinteros y calafates, quienes alegaban, con justa razón, que ellos la habían construido. Sin embargo, un apartado del capítulo XXI de sus estatutos preveía la entrega de la ermita y lo que en ella se encontrara a la Compañía de Jesús en caso de que estableciera residencia en Campeche.
Durante algún tiempo los jesuitas compartieron la posesión de la ermita con la cofradía de carpinteros, hasta que el obispo Juan Gómez de la Parada decidió trasladar la cofradía de San José a la parroquia.
En la ermita de San José los jesuitas establecieron provisionalmente la escuela de leer y escribir y el Colegio de Estudios Menores. Construyeron su residencia durante la administración episcopal de Juan Gómez de la Parada (1716-1728). Poco a poco fueron adquiriendo las casas cercanas a ella para levantar un edificio que permitiera llevar a buen término los objetivos jesuitas, entre ellos, la difusión del catolicismo desde las aulas. La edificación de la iglesia se inició hasta 1735.
Con un donativo de monseñor Gómez de la Parada de $2000 que juntó el padre Castro Cid y otros $1000 que donó en materiales Andrés Bendito, se iniciaron los trabajos de construcción de la nueva iglesia. En un año de trabajo, Castro Cid levantó la capilla mayor o crucero, pero hubo de suspender los trabajos debido a la falta de recursos económicos. Pedro Lucena, sucesor Castro Cid, se limitó a sacar la piedra cantera para la cornisa con los $800 dados por el obispo Francisco Pablo de Matos. Posteriormente el cura Martín de Goenaga con $1,820 y tres reales donados por varios bienechores, puso la cornisa en el crucero e hizo las medias formas o puntos para recibo de las bóvedas. El padre Francisco Javier Yáñez construyó el resto de la nave, gastando en ello la cantidad de $6,000 que recolectó de las limosnas.(5)
La construcción de la iglesia fue interrumpida por el decreto emitido por Carlos III que expulsaba a la Compañía de Jesús de todos los territorios españoles. En Yucatán el decreto fue cumplido por el gobernador Cristóbal de Zayas Guzmán y Moscoso. El Colegio de San José cerró sus puertas el 6 de junio de 1767 al ser expulsados los jesuitas de nuestro país y embarcados junto con sus hermanos del Colegio de Mérida, con dirección a Roma el 12 del mismo mes.
El templo y el colegio pasaron a dominio del Ayuntamiento que, a su vez, dejó éstos al cuidado de un religioso secular, quien se encargó de la educación de los pocos alumnos que quedaron en el colegio.
En 1771 el cabildo Justicia y Regimiento de Campeche intentó reabrir el Colegio de San José encargándolo a los religiosos de la orden de San Francisco, pero no fue sino hasta 1799 que los franciscanos restablecieron el colegio y continuaron la construcción del templo. Para tal fin, se pensó en construir la cúpula de la iglesia que todavía no existía, para ello vino de Mérida el arquitecto Sanitelli, único constructor que había en esta provincia, pero por no llegar al precio no se construyó la cúpula. Sin embargo, en uno de los barcos que arribaron a este puerto, llegó el marino y arquitecto catalán Santiago Castell, apodado Roche quien ofreció sus servicios, que le fueron aceptados, quedando terminada la cúpula en el año de 1808.(6)
Ese mismo año Castelle construyó el púlpito, que era de "piedra cantera, revocada y cogida sus junturas con mezcla de yeso de castilla y pulimentada con tanta perfección, que representa ser una sola pieza de mármol deslustrado".(7) El atrio fue concluido en 1813.
Debido a la supresión de las órdenes mendicantes decretadas por las cortes españolas en el año de 1820, los franciscanos tuvieron que abandonar el Colegio de San José y la iglesia anexa, pasando a manos del Ayuntamiento los bienes patrimoniales de San José.
Miguel Antonio de Estrada dejó al morir $40,000 para la formación y sostenimiento de una escuela de primeras letras. Su hermano, albacea y el Ayuntamiento decidieron fundarlo en el local de San José. El 23 de diciembre de 1823, abrió sus puertas al servicio de la niñez campechana el colegio clerical de San Miguel de Estrada, siendo su primer rector el presbítero José María Marentes. El templo de San José sufrió algunas modificaciones durante el transcurso del siglo XIX. A fines de la tercera década del siglo Gregorio Jiménez, rector del colegio de San Miguel de Estrada, construyó la cúpula de la torre oriental, pero una bala de cañón disparada durante la guerra de 1840 destrozó el remate de la cúpula; por otra parte, en 1858 se instaló en la torre pequeña el faro de la ciudad.
El colegio funcionó de 1823 a 1859 pues con las leyes de Reforma el inmueble pasó a formar parte de la nación. Esto originó su extinción, por lo que el inmueble fue ocupado por el Instituto Campechano.(8)
El Instituto Campechano se crea mediante los decretos del 26 de octubre y del 31 de diciembre de 1856 que expidiera el gobernador del estado Pablo García.(9)
El 2 de febrero de 1859, fue inaugurado el instituto, empezando las clases al día siguiente con un total de 138 alumnos, siendo su primer rector Tomás Aznar Barbachano.
Al instituto acudían estudiantes de los estados de Chiapas, Tabasco y Veracruz, así como jóvenes de ciudad del Carmen que venían a terminar sus estudios preparatorios y con frecuencia a estudiar una licenciatura.
Entre 1861-1867 el instituto fue reconstruido, además se tomaron cuatro metros del atrio del templo de San José, adosándole a su portada parte del instituto.(10)
Pasaron 97 años para que el antiguo colegio fuera nuevamente modificado. El 2 de febrero de 1957, Alberto Trueba Urbina, gobernador de Campeche, inauguró las nuevas instalaciones de la escuela secundaria, ubicadas en el cruce de las calles 12 y 63. Un año después entró en funcionamiento el local de la recién creada Universidad de Campeche, ubicado en la calle 12, en el lugar que ocupara antiguamente el jardín botánico y la mansión Quintero. El instituto con sus escuelas quedaba ubicado en su antiguo edificio contiguo al ex-templo de San José.
Durante el gobierno de José Ortíz Avila se construyó un local expresamente creado para albergar las instalaciones universitarias, separando a la Universidad del Instituto Campechano. Actualmente este antiguo inmueble alberga ocho escuelas de educación superior.(11)
San José siguió al servicio del clero hasta 1914, año en que fue desocupado y convertido en la biblioteca del Instituto Campechano. Las campanas que se encontraban en la torre oriental fueron retiradas y todas las imágenes, cuadros, esculturas, ornamentos, útiles y trastos que contenían fueron trasladados a la iglesia catedral. Meses antes, el templo había sufrido el ataque de revolucionarios que causaron grandes destrozos, destacándose la destrucción del altar mayor y del sagrario de la capilla lateral que era de mármol y que tenía como fondo un antiguo lienzo al óleo.
En 1924 el templo fue puesto nuevamente al servicio del culto y las campanas volvieron a sus lugares originales. Se construyeron nuevos altares; el púlpito que había sido destruido fue reemplazado por uno de madera.
Por decreto presidencial en 1934 el templo fue retirado por segunda ocasión del culto religioso, convirtiéndolo posteriormente, en bodega del Banco de Crédito Ejidal.
Por mucho tiempo el edificio permaneció en el más completo abandono, hasta que el gobierno de Héctor Pérez Martínez lo rescató y restauró, para alojar al Museo Arqueológico, Etnográfico e Histórico de Campeche el 7 de agosto de 1941.
Quedan únicamente dos retablos, uno dedicado a la Virgen Dolorosa fechado en 1809, y el otro a la Guadalupana, aunque esto no se concluyó. Se cree que estos dos retablos fueron pintados por el italiano Francisco Zapari ya que en la fecha en que fueron pintados, éste se encontraba en Campeche.
Fue declarado monumento el 16 de abril de 1952.
Incluido en la declaratoria de zona de monumentos históricos de la ciudad de Campeche, publicada en el Diario Oficial de la Federación el 10 de diciembre de 1986.

3. Inscripción en alto relieve sobre el medallón a modo de clave en la portada principal: "JHS", otra al fresco: "IHS", y una más en alto relieve sobre la campana m