El Barrio de San Juan, así como el de Santo Domingo, fueron los primeros asentamientos urbanos de naturales que hubo cuando se dio inicio el crecimiento de la ciudad. Su fundación data de 1659, sin embargo, la construcción del templo se inició en 1667, cuando el obispo de Michoacán, fray Marcos Ramírez de Prado, otorgó la licencia para edificar una capilla dedicada a San Juan Bautista, patrono del barrio. La capilla medía quince varas de largo por seis de ancho, con techos de vigas de madera y muros de cal y canto encalados, en el altar labrado cantera se colocó la imagen de San Juan. La actual iglesia se terminó en el año de 1735; algunos muros de la capilla original pasaron a formar parte del actual crucero y la sacristía.

En el año de 1682 se colocó en la capilla de San Juan, la imagen del Señor del Socorro. Según las crónicas, en 1682 se celebró una junta de república de indios vecinos del barrio para solicitar una imagen de Cristo Crucificado, una vez hechas las diligencias preliminares, resolvió de acuerdo con unos escultores entrar al monte inmediato en busca de madera para su talla, salieron cuatro indios separadamente a practicar la diligencia, al día siguiente, volvió uno de los enviados con la noticia de haber hallado un árbol de corcho o de patol, alto y parejo, con ramas gruesas y en postura adecuada para tallarlo. En vista de la noticia, salió otro grupo de indios, hallando el árbol de píe y derecho que se mantenía en tierra con tan sólo dos raíces superficiales, comenzaron a descortezarlo y conforme lo hacían, fueron descubriendo la imagen ya formada y perfecta del Crucifijo. Los escultores declararon que la imagen era tan perfecta, que no era menester más que ponerle la encarnación (Alejo 2009: 75-76).