La fundación de esta misión data de 1740 por el padre Lambert Hostell, sin embargo, desde tiempo atrás en 1721 el padre Clemente Guillen estableció en este mismo lugar un pueblo de visita dependiente de la misión de Nuestra Señora de Los Dolores. Entre los misioneros que aquí vivieron destaca Juan Jacobo Baegert, quien junto con los pobladores de estas tierras levantaron el templo durante los años de 1753 a 1761. El padre Baegert es autor de la crónica misional "Noticias de la península americana de California", obra de consulta obligada para un acercamiento al pasado misional.
Con la expulsión de los jesuitas en 1768, el visitador José de Gálvez convirtió esta misión en propiedad privada y la entregó al soldado Felipe Romero quien estableció aquí una explotación ganadera.
En este lugar aún se guardan los vestigios de una pequeña red de canales que sirvieron para irrigar los cítricos, las higueras, la caña de azúcar y las plantaciones de vid.
La región de San Luis Gonzaga es poblada ahora por muchos de los descendientes de los primeros colonos que sirvieron a la misión. (Información tomada de los archivos de Centro INAH Baja California Sur).

Este inmueble es monumento histórico de acuerdo a los artículos 35 y 36 fracción I de la Ley Federal sobre Monumentos y Zonas Arqueológicos, Artísticos e Históricos publicada en el Diario Oficial de la Federación, el 6 de mayo de 1972, que establece: “por determinación de esta Ley son monumentos históricos: Los inmuebles construidos en los siglos XVI al XIX, destinados a templos y sus anexos; arzobispados, obispados y casas curales; seminarios, conventos o cualesquiera otros dedicados a la administración, divulgación, enseñanza o práctica de un culto religioso; así como a la educación y a la enseñanza, a fines asistenciales o benéficos; al servicio y ornato públicos y al uso de las autoridades civiles y militares y las obras civiles relevantes de carácter privado realizadas de los siglos XVI al XIX inclusive” (Ley Federal sobre Monumentos y Zonas Arqueológicos, Artísticos e Históricos 1972: 9).

El 8 de Julio de 1959, la Secretaría de Educación Pública emitió un documento en el que se declara “Monumento Histórico” todos los edificios religiosos de propiedad Nacional construidos entre los siglos XVI y XIX (Torres 1959: f. 6).