A fines del siglo XVI, en 1590, funcionó como hospicio de misioneros dieguinos. En el siglo XIX Tlalpan formaba parte del Estado de México, por lo que de 1822 a 1830 fue Palacio de Gobierno del Estado de México, habitada por Lorenzo de Zabala, antes de que la capital y los poderes se trasladaran a Toluca. Posteriormente, fue Casa de Moneda, creada por Decreto del Congreso de Estado de México, comenzando sus labores el 23 de febrero de 1828. Durante su funcionamiento como Casa de Moneda se acuñaron un total de: 203, 544 pesos en oro y 959,116 pesos en plata. Sin embargo, la Casa de Moneda de Tlalpan, costó mucho dinero al Estado de México, pues según la contabilidad de la Tesorería de Estado, el total de pérdida fue de $149,764.93 pesos, por lo que el Congreso decretó en julio de 1830, el cese de las actividades (Rodríguez y Rodríguez 1984: 83-86).

Durante 1856 a 1858, en la Antigua Casa de Moneda de Tlalpan se instaló el cuartel de las tropas juaristas en la guerra de Reforma de 1856 a 1858. En este inmueble se hospedó varias veces la emperatriz Carlota Amalia de 1865 a 1866. Posteriormente, durante la Revolución, fue ocupada como cuartel de las tropas zapatistas (1914-1915) y finalmente, como cárcel Municipal (1921-1924). Luego se ocupó nuevamente como cuartel para vigilar la carretera a Cuernavaca a partir de 1935. Fue restaurada en 1938 ya que se encontraba en estado ruinoso (información de infografía en el inmueble).

En 1932 el inmueble Casa de la Moneda fue declarado Monumento Histórico por el Depto. de Monumentos Artísticos, Arqueológicos e Históricos de la SEP, dicha declaratoria incluye la iglesia, las capillas y el ex convento franciscano (Bassols 1932: s/f).

En 1957, luego de su restauración y ampliación, con apoyo de Santiago Galas Arce, se instala en el edificio la Escuela Secundaria Diurna no. 29 "Miguel Hidalgo y Costilla" (Orozco 1997; 8) terminándose en 1970 (S. Espinoza M).

Este inmueble es monumento histórico de acuerdo a los artículos 35 y 36 fracción I de la Ley Federal sobre Monumentos y Zonas Arqueológicos, Artísticos e Históricos publicada en el Diario Oficial de la Federación, el 6 de mayo de 1972, que establece: "por determinación de esta Ley son monumentos históricos: Los inmuebles construidos en los siglos XVI al XIX, destinados a templos y sus anexos; arzobispados, obispados y casas curales; seminarios, conventos o cualesquiera otros dedicados a la administración, divulgación, enseñanza o práctica de un culto religioso; así como a la educación y a la enseñanza, a fines asistenciales o benéficos; al servicio y ornato públicos y al uso de las autoridades civiles y militares y las obras civiles relevantes de carácter privado realizadas de los siglos XVI al XIX inclusive" (Ley Federal sobre Monumentos y Zonas Arqueológicos, Artísticos e Históricos 1972: 9).

El inmueble está enlistado en el Decreto de Zona de Monumentos Históricos de Tlalpan (Decreto por el que se declara una Zona de Monumentos Históricos en la Delegación de Tlalpan D.F. 1986: 22).