La primera información de esta propiedad data del 3 de julio de 1543, cuando Antonio de Mendoza primer Virrey de la Nueva España hizo merced a Bernardino del Castillo, conquistador y antiguo criado de Hernán Cortés, para que en tierras de los Canales y Topilejo asentara una estancia o una hacienda de labor. Durante el siglo XVI y parte del XVII sus propietarios acumularon numerosos gravámenes que fueron minando su economía. Un ejemplo de ello fue en 1607 cuando las religiosas del Convento de la Limpia Concepción demandaron judicialmente al matrimonio formado por Juan de Jaso el viejo y María Ponce de León, por no haber cubierto los réditos de un censo impuesto en una propiedad de poca extensión llamada Peña Pobre.

La hacienda ocupó una parte del sur de la Cuenca de México y su importancia radicó en poseer numerosos manantiales que, aparte de cubrir sus necesidades, abastecieron a otras propiedades vecinas. Como todas las propiedades de los alrededores fue pasando por numerosas manos; en 1636 era propiedad de María de Riego y Mendoza, al cabo de diez años fue de Diego Martín del Río y por último Juan Núñez Cedeño. Ellos anexaron tierras vecinas, principalmente las del Ajusco, de tal forma que la hacienda acumuló grandes extensiones de tierra.

Desde la creación del Marquesado del Valle, fueron numerosas las concesiones de los manantiales de Peña Pobre que se hicieron sin permiso del propietario, de tal forma que en tiempo de sequía los manantiales no alcanzaban a cubrir las necesidades de la misma hacienda. En los años siguientes, la Hacienda de Peña Pobre continuo cambiando continuamente de propietario. De Leonor de la Mota Osorio, paso a Petronila de Acosta y por azares del destino fue donada a la orden de los Carmelitas descalzos de convento de San Sebastián quedando incorporada a las numerosas propiedades que poseían en San Angel. Fue vendida en 1695 a Jerónimo González de Alarcón que de inmediato la amojono para delimitar la propiedad y protegerla de posibles invasores. Al conocer la situación los Carmelitas se enfurecieron y lo acusaron de apropiarse de una gran extensión de tierras. Los naturales del barrio de San Pedro Tzoncuicuilco también protestaron por considerar propios algunos terrenos como el sitio de ganado menor localizado en tierras de Totacalco entre el Sacahuizco y Zacatepeque que pertenecía a Peña Pobre.

Después paso a Nicolás López de Mayorga y después a Juan Antonio de Urrutia quien quería asegurar el abastecimiento de agua de los manantiales que provenían de Peña Pobre a otra hacienda de su propiedad, San Juan de Dios alias la grande. Posteriormente Antonio Coto compró la hacienda de Peña Pobre y en 1702 fue vendida al capitán y comerciante Tomas Rodríguez de la Fuente, quien dedicó poco tiempo a la hacienda pero logro realizar una importante anexión: el rancho de Tepeticpan. Al fallecer se realizo el avalúo de todos sus bienes y se hizo un balance de las ganancias que había generado. La situación de la hacienda se torno difícil y sus herederos prefirieron venderla al contador Antonio de Quevedo quien disputó con Gerardo Moro un pedazo de tierra conocido como la mina de Gueycalco, que colindaba con el cerro del Zacaltepetl, el pedregal y el río de la Magdalena. Desde su formación ningún propietario había delimitado la propiedad, hasta que la familia Quevedo acordó con Juan de Padierna y Gerardo Moro hacer una zanja para establecer legalmente los limites de sus propiedades por la negligencia de las autoridades no prospero esta petición y los problemas continuaron. Así paso Peña Pobre a las manos de Joseph de Orozco.

La hacienda de Peña Pobre fue vendida el 21 de octubre de 1743 a Bartolomé de Pico y Palacio. Comprendía una casa de vivienda con siete piezas, troje, corrales, ranchos de gañanes, y caballerías de tierra. La capilla poseía, un cristo crucificado, lienzo, estampas italianas, casullas, manteles bordados y misales. Pocos años lo conservo y por los gravámenes y falta de descendencia paso otra vez al juzgado de obras pías y capellanías, el cual destinó parte del usufructo al hospicio de San Antonio Abad. Después quedo sucesivamente en manos de José Mateos de Villanueva, de Maria Simona Sopeña y Velarde, de José Antonio de Sopeña y de Ana Maria del Osio viuda de Jacinto Rodríguez, a finales del siglo XVIII, paso a manos del comerciante francés Jorge Hourat. Para asegurar su permanencia por ser extranjero castellanizo su nombre desde que se embarco a la nueva España. En su nueva residencia fue conocido como José García y desempeño el puesto de teniente del regimiento provincial de las milicias de Toluca. En 1793 compro la hacienda de Peña Pobre, el rancho de nuestra señora de la Merced y las tierras de Tepeticpan. Sin embargo se inclino mas por las actividades militares que por las de la hacienda, por lo que a los 5 años vendió estas propiedades a Joaquín de la Peña.

En los primeros años del siglo XIX España fue invadida por Napoleón; la Nueva España se resintió con la caída del virrey Iturrigaray y con lo que acontecía en la península, provocando gran cantidad de preocupaciones entre los dueños de fincas rústicas y urbanas. En 1808 Roque Amado compró la Hacienda de Peña Pobre, pero la gran extensión de la propiedad impidió que tuviera un alto rendimiento, por lo que prefirió venderla a Manuel José Anza. Al adquirirla aceptó los numerosos contratos de arrendamiento de las tierras y ranchos. A causa de los robos y escasez de agua, se produjeron pérdidas en las cosechas y ganado, y sumado a los asaltos se volvió un problema de seguridad del sur de la capital, en esta situación José María Fagoaga.

La familia Fagoaga compró en 1826 a María Manuela Primo de Rivera viuda de José María Anza la hacienda de Peña Pobre y el Rancho de la Merced en 23 mil pesos. Dicha familia reunió importantes propiedades entre las que se encontraban las haciendas de San José, la Blanca y la Ascensión de Cristo Nuestro Señor, además de los ranchos de San Andrés Tulpa y San José Buenavista, unas casas en San Agustín de las Cuevas y en la Ciudad de México en las calles de Moneda, Puente de Leguizamo y en el Arzobispado. Al enviudar José María Fagoaga, la fortuna de su esposa fue heredada por partes iguales a sus cuatro hijas dando preferencia a sus hijas mayor y menor por encontrarse solteras.

La hermana menor heredó una parte de Peña Pobre, pero cambió los lujos y comodidades que proporcionaba por una vida austera y de sacrificio, uniéndose a la orden de las Hermanas de la Caridad; su hermana mayor donó la Hacienda de la Ascensión de Cristo Nuestro Señor, perteneciente a la jurisdicción de Tacuba.

En 1828 se anexó el sitio llamado Huejutengo que lindaba con los alrededores de Peña Pobre; al principio se arrendaron las tierras de Peña Pobre y el Rancho de la Merced, por lo que en 1845 la vendió en 23,000 pesos a Guillermo Esteban Benfield. La primera piedra de la fábrica fue colocada el 18 de julio de ese mismo año; lográndose el primer papel el 19 de enero de 1846. Al parecer no había instalada ninguna máquina para elaborarlo, pues sólo había dos molinetes de cilindro de cuatro proyectados en total, por medio de los cuales se producía el trapo. Producían 45 resmas (aproximadamente 22,500 hojas) diarias de papel corriente de tamaño común (32 x 45 cms); y la elaboración del papel fino se reservó para la fábrica de Belén, también propiedad del Sr. Benfield.

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