La Ciudad de México en el siglo XVI estaba dividida en cuatro barrios que correspondían a los primitivos calpullis mexicas. Esta manzana se localiza en el antiguo barrio de San Sebastián Atzacoalco. A finales del siglo XVIII la manzana en donde se encuentra este inmueble era la número 2 del cuartel 4. La calle de Licenciado Primo Verdad llevaba el nombre de callejón o cerrada de Santa Teresa debido al templo y conjunto conventual que se ubica en la misma calle.

Hacia el año de 1530, fray Juan de Zumárraga inició la construcción de este palacio arzobispal en el sitio que ocuparon las casas llamadas de Medel; además, adquirió dos casas más, contiguas a éstas. Durante los siglos XVIII y XIX, fue objeto de múltiples modificaciones y reparaciones; se amplió en el año de 1720, por el arzobispo José Lanciego y Eguiluz, quien dos años después también mandó construir la cárcel para delincuentes.

Entre los años de 1730 y 1747, el arzobispo Vizarrón y Eguiarreta llevó al cabo la reedificación total del inmueble, separando cada uno de los tribunales, colocándose en el interestípite del lado izquierdo de la fachada una frase inscrita en latín que significa: "He aquí que todo se hace nuevo".

En el último tercio del siglo XVIII, el inmueble fue objeto de otras modificaciones, también se le anexó una casa contigua. En la prisión eclesiástica murió el licenciado Primo de Verdad y Ramos en 1808, quien fuera detenido por haber sido partidario de las ideas del movimiento independentista.

A mediados del siglo XIX, este edificio pasó a ser propiedad nacional; en 1861, conforme a las Leyes de Reforma, fue vendido en su mayor parte.

Durante el segundo Imperio volvió a tener su función original. Sin embargo, cuatro años más tarde, con el restablecimiento de la República, el resto del inmueble fue vendido; ahí se alojó la Contaduría Mayor, la Pagaduría de Pensiones y parte del Archivo de Hacienda; a estas oficinas, nueve años después, se agregaron las de Administración General del Papel Sellado y las Pagadurías de las Clases Pasivas.

Casi a finales del siglo XIX fue reconstruido el pórtico. Para 1936, el inmueble fue adjudicado a la Secretaría de Guerra y Marina.

El inmueble ha sido objeto de múltiples restauraciones, que le han permitido recuperar su antiguo esplendor, además de haber descubierto restos de edificaciones prehispánicas. Actualmente es sede cultural de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público.