Templo de la orden de las carmelitas descalzas, construido entre 1678 y 1684 bajo la dirección del arquitecto Cristóbal de Medina Vargas, a expensas del capitán Esteban de Molina Mosqueida y de su esposa Manuela de la Barrera, ellos donaron 350 mil pesos para dicha construcción. En septiembre de 1684 el templo fue bendecido y dedicado a Nuestra Señora de la Antigua. Para las portadas el arquitecto usa columnas salomónicas, características del primer periodo del barroco en la ciudad de México. El templo presenta la disposición tradicional de los conventos de monjas novohispanos, con doble portada. Al interior de la nave se proyectaron dos capillas, la más importante dedicada al Señor de Santa Teresa, que tiene una de las cúpulas más importantes de la ciudad.

La imagen venerada en esta capilla llegó en 1621 al convento; se dice fue traída de España en 1545 y que fue puesta por el mecenas Alonso de Villaseca en el Templo del Real de Minas de Plomo Pobre, cerca de Ixmiquilpan.

Para el siglo XVII, por encontrarse deteriorado el Santo Cristo, el arzobispo Pérez de la Serna lo trajo al Palacio Arzobispal; al marcharse para España, lo dejó en el convento de Carmelitas de San José, colocándosele en una capilla interior. En 1684, cuando Esteban de Molina construía el nuevo templo, se le dio una capilla frontera a la puerta principal. El Cristo de Ixmiquilpan fue perdiendo con el tiempo su nombre y se le empezó a llamar "El Señor de Santa Teresa".

En febrero de 1798 se empezó a construir una nueva capilla, a instancias del doctor Manuel Flores, en el mismo lugar que la anterior. Fue construida por el arquitecto José Antonio González Velázquez, primer director de arquitectura de la Real Academia de San Carlos. El interior fue ornamentado con pinturas de Rafael Ximeno y Planes. Fue hasta el 17 de mayo de 1813 cuando la bendijo y dedicó el arzobispo Bergosa y Jordán.

Debido al terremoto acaecido en 1845, se desplomó la cúpula, gran parte de la bóveda, y del ábside, la imagen del Señor de Santa Teresa se deterioró, y se perdieron las pinturas de Ximeno; fue reconstruida por el arquitecto Lorenzo de la Hidalga y decorada por el pintor Juan Cordero.

El mismo año del terremoto, el Santo Cristo fue restaurado por el maestro en escultura Francisco Terrazas. La capilla fue nuevamente dedicada en 1858.

Con las Leyes de Reforma, se procedió a la exclaustración de las monjas y el convento fue fraccionado. Sobre una parte de su claustro y habitaciones se construyó el actual Palacio de la Autonomía de la UNAM, donde aún pueden verse algunos restos arqueológicos del antiguo convento.

A principios del siglo XX el templo y capilla fueron destinados para albergar la imprenta del Diario Oficial y Archivo de la Secretaría de Hacienda. El Santo Cristo permaneció en su capilla hasta agosto de 1930, y al quedar clausurado el templo se le trasladó a una de las capillas de la Catedral.

El templo fue restaurado y rehabilitado para ser usado como sala de exposiciones de arte contemporáneo, conocido actualmente como Ex-Teresa Arte Actual, dependiente del INBA.

El templo fue declarado monumento histórico el 9 de febrero de 1931.