Este Palacio fue mandado construir, hacia 1760, por el capitán sevillano Adrián Ximénez de Almendral, maestro, patrón y veedor en el arte de platería y de segunda esposa María Antonia Azorín. La obra se atribuye al arquitecto Lorenzo Rodríguez. En 1769, se celebró en la capilla u oratorio de la mansión la boda de la primogénita María Manuela Ximénez de Almendral y Azorín con el Secretario del Secreto del Santo Oficio de la Inquisición, Adrián Ximénez de Almendral mandó fabricar un pequeño palacio para que sirviera de habitación a su hija. En 1833, la casa fue rematada por el concurso de acreedores de las propiedades de los doctores José Manuel y Miguel María Abad Ximénez Azorín, nietos del difunto platero. Esta grandiosa construcción se dividió en dos, la casa principal de la calle de Manrique 4, que daba vuelta a la calle de la Canoa, la compró el minero de Guanajuato José Miguel Septién en 34 mil pesos, y la casa contigua a la principal, o pequeño palacio de la calle de Manrique 5, la adquirió el coronel Antonio Alonso Terán. En 1852, la casa principal fue vendida por los hijos de Septién a Tomás López Pimentel, casado con Mariana de Heras Soto y Rivaherrera, de ahí que el nombre de la casa conocida como la de los Pimenteles cambió, desde principios de este siglo, por el de casa de los condes de Heras Soto. Su hija Concepción Pimentel de Mier y Celis Heredó este palacio en 1906, su hija Mariana Mier, casada con Eustaquio Escandón y Barrón, dispuso al morir que la mitad de sus cuantiosos bienes se dedicaran a obras de beneficencia, fundándose la Beneficencia Privada Mariana Mier. Más tarde la casa fue rentada a los Ferrocarriles Nacionales de México, y fue utilizada como bodega del Express. En 1940, el patronato de la Beneficencia vendió el palacio a la Compañía Mexicana de Inversiones en 240 mil pesos, y ésta a su vez lo vendió, en 1972, a las autoridades del Departamento del Distrito Federal, emprendiendo unos años después su restauración y adaptación para albergar las oficinas del Centro Histórico de la Ciudad de México. La casa numero 5 de la calle de Manrique, hoy República de Chile, fue habitada, entre 1865 y 1869, por el historiador y hombre de letras Joaquín García Icazbalceta; posteriormente después de haber tenido diversos usos, permaneció cerrada y abandonada hasta que en 1978 pasó a ser propiedad de la Dirección de Bienes del Departamento Central, que se ha encargado de su restauración.
Fue declarado monumento el 9 de febrero de 1931.

Ostentó primero el nombre de Casa de Manrique y la Canoa, y de finales del siglo XIX hasta la tercera década del XX, el de Casa Pimentel. La prosapia intrínseca y la belleza del inmueble lo hicieron adquirir el título nobiliario y el apellido de los conde de Heras Soto, las razones obedecen a que dos autores aseguran que ahí nació el conde Manuel Heras Soto, lo que dio lugar a que en 1931 cuando fue declarada monumento se le denominara bajo el título de tan insigne personaje; aunque otros investigadores indican que el conde incluso no vivió en la palaciega casa, pues en el Archivo General de la Nación hay "un documento importantísimo en el ramo de padrones que es prueba irrefutable de que en la primera década del XIX no habitan en la esquina de Manrique y de la Canoa ninguna persona de nombre de Heras Soto".
El palacio comienza a mencionarse en los libros de algunos viajeros "y en las primeras obras descriptivas de la ciudad, las citas más antiguas referentes al edificio, como la de [Manuel G.] Revilla en 1876, se concretan a una breve descripción y en contados casos algunos autores como [Manuel] Romero de Terreros, esbozan, basándose exclusivamente en la similitud estilística, una hipótesis sobre el arquitecto realizador". Hasta el momento no se cuenta con ninguna prueba documental de la paternidad del edificio, los especialistas indican que debe tratarse de arquitectos de la talla de Francisco Guerrero y Torres o Lorenzo Rodríguez, "basado en similitudes arquitectónicas, que el autor pudo ser el mismo de la casa de los Mascarones y solamente dos afirman que es obra de don Francisco Guerrero y Torres. Sin embargo en los datos bastante completos que se tiene sobre este arquitecto, autor de obras tan famosas como la Capilla del Pocito o el Palacio de los condes de Calimaya, no se ha encontrado ningún documento que se refiera ni ligeramente al Palacio de Manrique y la Canoa".
A la par de los rescates se han perdido elementos de su decoración neorrenacentista, aunque esto no reduce el valor artístico del palacio, así por ejemplo uno de los elementos de la ornamentación del exterior, ubicado en la esquina, muestra un detalle único en las construcciones de la ciudad, "se trata de un niño sosteniendo una canasta de frutas pisando la cabeza de un león".
La casa número 5 de la otrora calle de Manrique, hoy República de Chile fue habitada, entre 1865 y 1869, por el historiador, escritor, filólogo, bibliógrafo y editor mexicano Joaquín García Icazbalceta, quien también era pariente de los condes de Heras Soto. Más tarde fue rentada a los Ferrocarriles Nacionales de México, y fue utilizada como bodega del Exprés, compañía dedicada al depósito y entrega de mercancías dependiente del ferrocarril. Tras diversos usos, el palacio cerró sus puertas. Fue declarado monumento histórico el 9 de febrero de 1931.
Posteriormente, la compañía Mexicana de Inversiones, S.A. lo compró, el 30 de diciembre de 1941, a la Fundación Mariana Mier de Escandón, por la cantidad de 240 mil pesos, y ésta a su vez la vendió en 1972, al gobierno de la ciudad para albergar ahí el Archivo Histórico del Ayuntamiento de México, el cual preserva la documentación de la Ciudad de México de 1522 a 1928.
El 13 de enero de 1975 se inicia una de las remodelaciones más importantes y mejor concretadas, trabajo que corrió a cargo de tres notables especialistas: del arquitecto Ricardo Prado Núñez, el arquitecto Luis Ortiz Macedo, quien fue el asesor, y la reestructuración que corrió a cargo de Samuel Ruiz. El equipo de trabajo valoró la situación del inmueble que a simple vista se encontraba en lamentable estado pero con base en los estudios, el deterioro del palacio iba más allá de los muros, por lo que reforzaron "la cimentación original con un emparrillado integral de cemento armado, que corrigió los hundimientos diferenciales del terreno y permitió una gran solidez al desplante del edificio en todas sus partes […] La totalidad de las techumbres del palacio fue realizada por medio de losas de cemento armado, se colocaron plafones de viguería y tablas, suspendidos de losas para no desvirtuar el sentido original […] Otro criterio afortunado que se aplicó durante la restauración consistió en no modificar la dimensión de los espacios constructivos del inmueble, conservando las amplias salas de la planta baja, transformadas parcialmente para alojar los almacenes del Exprés, y los salones de la planta noble y entresuelos se acondicionaron para obtener los espacios que requerían las instalaciones del Archivo Histórico." El palacio abrió nuevamente sus puertas en 1978 (Prieto 1979: 02).

El inmueble fue restaurado para albergar el "Consejo del Centro Histórico de la Ciudad de México". El partido arquitectónico original se rescató casi en su totalidad.

La Antigua Casa de los Condes de Heras y Soto se encuentra dentro del perímetro A de la Zona de Monumentos Históricos del Centro Histórico de la Ciudad de México (López 1980:9-35).